PDB-6qov: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qov

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 25 (6-Phenyl-3-pyridinyl)methylamine)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6qov.ent.gz	145.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qov_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qov_full_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示
XML形式データ	6qov_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	6qov_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qov	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qo3-d 6qrb-d 6qr4-d 6qrg-d 6qqs-d 6qor-d 6qqt-d 6qr6-d 6qqq-d 6qol-d 6qr7-d 6qqy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.033, 79.041, 87.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JAH / (6-phenylpyridin-3-yl)methanamine 分子量: 184.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂N₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→79.04 Å / Num. obs: 76466 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.27 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 24.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.63	7.4	0.817	11022	0.8	0.318	0.878	99.8
4.89-79.04	7.1	0.022	2639	0.999	0.009	0.023	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→58.679 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	3718	4.87 %
R_work	0.1822	-	-
obs	0.1834	76389	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.85 Å² / B_iso mean: 30.4935 Å² / B_iso min: 15.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→58.679 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3192	0	28	286	3506
B_iso mean	-	-	20.95	40.28	-
残基数	-	-	-	-	419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3346
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.023	4587
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	595
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.279	1220

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5478-1.5674	0.2632	140	0.2524	2659	2799	100
1.5674-1.588	0.2917	131	0.2331	2674	2805	100
1.588-1.6098	0.27	116	0.2335	2653	2769	100
1.6098-1.6328	0.2398	127	0.2212	2654	2781	99
1.6328-1.6572	0.2469	117	0.2081	2668	2785	99
1.6572-1.6831	0.2478	152	0.1997	2665	2817	100
1.6831-1.7106	0.1998	133	0.2026	2635	2768	100
1.7106-1.7401	0.2275	151	0.1879	2660	2811	100
1.7401-1.7718	0.2071	143	0.1953	2656	2799	100
1.7718-1.8059	0.2049	127	0.195	2687	2814	100
1.8059-1.8427	0.2456	143	0.1788	2680	2823	100
1.8427-1.8828	0.2595	125	0.1823	2693	2818	100
1.8828-1.9266	0.2171	152	0.1799	2657	2809	100
1.9266-1.9748	0.2099	139	0.1741	2665	2804	100
1.9748-2.0282	0.2152	157	0.1737	2682	2839	100
2.0282-2.0879	0.191	112	0.1795	2676	2788	99
2.0879-2.1553	0.2133	143	0.1814	2657	2800	100
2.1553-2.2323	0.1974	134	0.1788	2700	2834	100
2.2323-2.3217	0.2073	150	0.1763	2689	2839	100
2.3217-2.4273	0.1895	152	0.1802	2670	2822	100
2.4273-2.5553	0.2036	152	0.1826	2689	2841	100
2.5553-2.7154	0.1898	146	0.1917	2708	2854	100
2.7154-2.9251	0.1934	128	0.2023	2718	2846	100
2.9251-3.2194	0.2562	148	0.194	2723	2871	100
3.2194-3.6852	0.1965	124	0.1791	2766	2890	100
3.6852-4.6427	0.1834	142	0.158	2771	2913	100
4.6427-58.7208	0.194	134	0.1765	2916	3050	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3041	1.492	-1.2089	3.4074	-1.3798	3.8313	0.1429	-0.5667	-0.1099	0.7004	-0.2443	-0.0278	0.0279	0.0801	0.0687	0.2513	-0.0251	-0.0034	0.3395	0.0147	0.2211	107.3923	92.6853	22.6614
2	2.716	0.44	-1.3248	3.9587	-2.2239	3.916	-0.0889	-0.3499	-0.2814	0.0788	0.0567	-0.1994	0.172	0.2713	0.0246	0.2138	0.0075	-0.0333	0.2937	-0.0146	0.2177	114.1414	94.1277	19.5993
3	1.5839	0.681	-0.5899	1.4555	-0.5704	2.0701	-0.0002	0.0395	0.0928	0.0537	0.0165	-0.0085	-0.1222	0.0982	-0.0454	0.1595	-0.0137	0.0068	0.1922	-0.0142	0.1852	109.7341	97.0508	6.3259
4	2.846	-0.4764	-0.7586	1.78	-1.5306	3.5498	-0.0835	0.0007	-0.331	-0.1109	0.0104	0.0763	0.418	-0.2342	0.0998	0.2122	-0.027	0.0112	0.191	0.0118	0.2308	95.0328	83.469	13.0394
5	2.7747	0.4436	-1.3022	0.4785	-0.1303	3.024	-0.039	-0.0591	0.13	0.261	0.0258	0.1083	-0.1991	0.0068	-0.0756	0.1567	0.0005	-0.0019	0.1897	-0.0174	0.1845	105.596	93.5174	11.7841
6	2.2637	0.0897	-1.2225	0.3136	-0.0375	1.7913	-0.0277	-0.009	-0.0262	0.0265	0.017	0.0272	0.047	0.0051	0.009	0.1626	0.001	-0.0096	0.1693	0.0046	0.1839	100.6941	90.4077	11.8235
7	5.1948	-0.9943	-0.8428	0.3816	-0.1169	0.5376	0.1254	-0.2193	-0.6921	0.2317	-0.2756	-0.1933	0.3062	0.1494	0.1234	0.3738	0.0022	-0.0764	0.2709	0.1068	0.3487	90.9116	79.6534	25.6361
8	1.7257	1.6656	-0.2754	2.7391	0.0999	1.8415	0.1225	0.0593	0.1656	0.372	0.0379	0.3313	-0.1965	-0.2666	-0.0626	0.2485	0.0347	0.0402	0.1897	0.0133	0.1949	72.5908	83.4843	41.1336
9	1.3859	0.7843	-1.081	3.6675	-2.6771	2.5641	-0.1142	0.2278	0.2126	-0.271	0.3029	0.3218	0.0871	-0.428	-0.1977	0.2335	-0.0415	-0.0432	0.2869	0.0232	0.2127	72.2871	81.0971	24.525
10	5.2541	-1.4254	0.0235	6.5938	-1.2105	4.2918	0.1535	-0.3045	0.1859	0.3373	-0.2267	-0.6744	-0.3492	0.7952	0.0604	0.3021	-0.062	-0.068	0.3366	-0.0557	0.2538	93.0489	100.2688	37.494
11	3.847	2.0089	-0.7316	3.3226	-2.1654	1.6501	0.0328	-0.1316	-0.5125	0.1638	-0.1388	-0.4157	0.0449	0.2144	0.1123	0.2505	0.0234	0.0351	0.2506	0.0414	0.2427	82.9004	80.9857	40.4384
12	1.2707	0.4317	-0.7828	1.285	-0.9045	2.227	0.0499	-0.0646	0.1339	0.235	0.0194	0.0699	-0.1964	-0.0175	-0.0699	0.1892	0.0229	0.0018	0.1544	-0.0021	0.1658	83.2767	98.3105	28.9663
13	1.4004	-1.486	-1.8274	1.5821	1.9455	2.4435	-0.0392	0.2817	0.2395	-0.083	-0.2134	0.2871	-0.443	-0.398	0.1255	0.2909	0.0223	-0.0479	0.3673	-0.0148	0.47	91.3019	104.9492	7.523
14	3.636	-0.7548	-0.117	1.9072	0.0008	1.64	0.0519	0.4376	0.3728	-0.3631	-0.0736	-0.0615	0.146	0.0561	0.0329	0.2359	-0.0186	0.0114	0.2911	0.0578	0.2357	108.482	102.0615	-6.4546
15	3.5491	1.1837	-0.9687	1.6789	-0.4352	0.445	-0.133	0.3919	0.2946	-0.2774	0.0992	0.2288	0.1425	0.2183	0.0136	0.2298	0.0112	-0.051	0.3804	0.04	0.2667	89.9426	96.0121	-3.402

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 48 )	A	20 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 115 )	A	101 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 155 )	A	116 - 155
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 180 )	A	156 - 180
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 181 through 203 )	A	181 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 48 )	B	0 - 48
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 62 )	B	49 - 62
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 63 through 155 )	B	63 - 155
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 156 through 182 )	B	156 - 182
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 183 through 203 )	B	183 - 203
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 204 through 231 )	B	204 - 231

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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