PDB-6qot: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qot

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 23 (3-Amino-5-(4-methoxyphenyl)pyrazole)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qot.cif.gz	183 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qot.ent.gz	144.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qot_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qot_full_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示
XML形式データ	6qot_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	6qot_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qom-d 6qr8-d 6qok-d 6nw7-d 6qou-d 6qon-d 6qo6-d 6qoh-d 6qox-d 6qog-d 6qr3-d 6qo4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.291, 78.925, 87.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-6SD / 3-(4-methoxyphenyl)-1~{H}-pyrazol-5-amine / 3-(4-メトキシフェニル)-1H-ピラゾ-ル-5-アミン分子量: 189.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁N₃O
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→87.46 Å / Num. obs: 67132 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.24 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 25.5 / Num. measured all: 521377

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.62-1.71	7.6	0.746	74044	9685	0.813	0.286	0.8	2.6	99.9
5.12-87.46	7.1	0.024	16419	2327	1	0.009	0.025	74.2	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→57.06 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2143	3342	4.98 %
R_work	0.1831	-	-
obs	0.1847	67060	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.66 Å² / B_iso mean: 33.7893 Å² / B_iso min: 16.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.62→57.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3219	0	32	261	3512
B_iso mean	-	-	25.53	43.37	-
残基数	-	-	-	-	424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3360
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	4601
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	597
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.461	1215

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6181-1.6412	0.2665	147	0.2444	2624	2771
1.6412-1.6657	0.2595	147	0.2243	2582	2729
1.6657-1.6918	0.2553	137	0.2129	2633	2770
1.6918-1.7195	0.2404	140	0.2149	2627	2767
1.7195-1.7492	0.2542	147	0.2074	2623	2770
1.7492-1.781	0.2217	160	0.2039	2589	2749
1.781-1.8152	0.2401	127	0.1942	2633	2760
1.8152-1.8523	0.2088	124	0.1889	2630	2754
1.8523-1.8926	0.2195	130	0.1838	2657	2787
1.8926-1.9366	0.2084	118	0.1795	2648	2766
1.9366-1.985	0.2376	122	0.1767	2664	2786
1.985-2.0387	0.2401	112	0.1819	2647	2759
2.0387-2.0987	0.2165	125	0.19	2659	2784
2.0987-2.1664	0.2167	140	0.1899	2599	2739
2.1664-2.2438	0.2033	147	0.1861	2664	2811
2.2438-2.3337	0.2519	129	0.1792	2668	2797
2.3337-2.4399	0.1876	140	0.1809	2644	2784
2.4399-2.5685	0.2035	169	0.1819	2635	2804
2.5685-2.7295	0.239	152	0.199	2667	2819
2.7295-2.9402	0.2378	128	0.202	2673	2801
2.9402-3.2361	0.222	156	0.1962	2661	2817
3.2361-3.7043	0.2156	155	0.1844	2699	2854
3.7043-4.6666	0.1654	130	0.1568	2755	2885
4.6666-57.0951	0.2141	160	0.1751	2837	2997

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1684	-0.2211	-0.3695	0.1936	-0.4283	1.9157	0.0034	0.6651	-0.1271	-0.6602	-0.1393	-0.0362	0.2467	-0.2668	0.0781	0.3174	-0.0081	0.0171	0.391	-0.0095	0.2265	-32.3555	13.5374	-23.0076
2	1.5461	0.0206	-0.5812	0.828	0.297	1.9676	0.0471	0.1268	0.0375	-0.1617	0.0963	-0.0726	-0.117	-0.1505	-0.1145	0.2265	0.0083	-0.0079	0.2667	0.0184	0.2586	-36.605	19.1097	-14.3501
3	2.6062	-0.1723	-0.8772	0.3595	0.0338	1.8783	-0.0354	-0.0276	-0.0504	-0.0418	0.0385	0.016	0.0514	-0.0653	-0.0044	0.1748	-0.0152	-0.0012	0.1606	-0.002	0.1805	-28.0046	10.3967	-11.3175
4	5.3938	-0.2144	-0.0899	0.4929	-0.7477	2.3417	0.2214	0.0406	-0.7226	-0.1723	-0.3188	0.3401	0.4004	-0.076	-0.3659	0.3494	-0.022	-0.0581	0.1849	-0.1141	0.3903	-13.9017	0.6256	-25.2418
5	1.0749	-0.809	0.0519	2.7131	-0.1749	1.0847	0.0463	-0.0145	0.1498	-0.4685	0.0818	-0.3824	-0.1294	0.2144	-0.0287	0.3001	-0.036	0.0436	0.2392	-0.0211	0.2107	2.4276	4.6103	-41.3446
6	1.3604	-1.1377	-1.5628	2.3662	1.8634	1.9265	-0.1093	-0.2154	0.2061	0.2138	0.2061	-0.2151	0.1124	0.3436	-0.0408	0.234	0.0392	-0.0549	0.2851	-0.012	0.2304	2.752	2.1629	-24.4784
7	4.0806	1.2763	0.5066	4.659	0.4168	3.6993	0.1822	0.2569	0.4237	-0.1499	-0.236	0.7201	-0.2836	-0.7725	-0.0174	0.294	0.0734	-0.0301	0.3616	0.0408	0.3109	-18.5565	22.1576	-36.5128
8	1.4491	-0.1667	-0.7454	1.0444	0.7559	1.9076	0.04	0.0901	0.1263	-0.2164	-0.0053	-0.0246	-0.2051	0.0203	-0.0233	0.202	-0.0171	0.0066	0.1499	0.0054	0.179	-8.3134	17.3371	-30.2957
9	1.2837	1.4739	-2.1022	1.6705	-2.4341	3.6548	-0.1041	0.0227	0.1512	0.3836	0.0438	-0.2808	-0.853	-0.144	-0.062	0.3811	-0.0736	-0.0669	0.3338	0.0056	0.5211	-15.5946	27.3462	-8.761
10	1.9525	-0.4002	-0.7144	1.0285	0.3582	0.209	-0.16	-0.5552	0.3334	0.2736	0.1848	-0.1593	0.0211	0.0603	-0.0198	0.2719	0.0206	-0.0276	0.4514	-0.0746	0.2897	-23.027	19.4052	4.754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 62 )	A	20 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 155 )	A	63 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 181 )	A	156 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 203 )	A	182 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 48 )	B	0 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 49 through 155 )	B	49 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 156 through 181 )	B	156 - 181
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 182 through 231 )	B	182 - 231

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関連情報:EMDBヘッダ

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