PDB-6qop: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qop

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 19 (5-fluoroquinazolin-4-ol)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.912 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6qop.ent.gz	143.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qop_validation.pdf.gz	470 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qop_full_validation.pdf.gz	473.1 KB	表示
XML形式データ	6qop_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	6qop_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qop	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qoj-d 6qoo-d 6qqv-d 6qos-d 5zhi-d 6qr7-d 5zhk-1 5zhj-1 5zhl-1 6qo3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.133, 78.896, 86.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JBQ / 5-fluoranyl-3,4-dihydroquinazolin-4-ol 分子量: 166.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇FN₂O
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→78.9 Å / Num. obs: 39857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 38.81 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 299713 / Scaling rejects: 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.91-2.02	7.7	0.776	5743	0.811	0.298	0.833	100
6.05-78.9	6.4	0.042	1405	0.999	0.017	0.045	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.912→58.213 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	2040	5.13 %
R_work	0.1899	-	-
obs	0.1916	39793	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.55 Å² / B_iso mean: 48.7523 Å² / B_iso min: 24.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.912→58.213 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3194	0	29	122	3345
B_iso mean	-	-	62.91	50.84	-
残基数	-	-	-	-	419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.024	4563
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.412	1201

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9119-1.9564	0.344	134	0.2843	2496	2630
1.9564-2.0053	0.3097	109	0.2474	2514	2623
2.0053-2.0595	0.2682	115	0.2315	2487	2602
2.0595-2.1201	0.233	120	0.2243	2497	2617
2.1201-2.1886	0.2761	132	0.213	2486	2618
2.1886-2.2668	0.2378	117	0.2088	2516	2633
2.2668-2.3576	0.2153	150	0.2002	2467	2617
2.3576-2.4648	0.2006	136	0.2007	2512	2648
2.4648-2.5948	0.2571	157	0.202	2466	2623
2.5948-2.7574	0.2705	139	0.2113	2500	2639
2.7574-2.9703	0.2346	146	0.2287	2502	2648
2.9703-3.2691	0.246	169	0.2033	2503	2672
3.2691-3.7421	0.2368	140	0.1856	2553	2693
3.7421-4.7144	0.1635	144	0.1537	2552	2696
4.7144-58.2399	0.2101	132	0.1733	2702	2834

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3811	-0.1436	2.2612	6.4412	0.2452	6.1678	-0.1431	-1.3152	-0.0092	0.1946	0.5421	0.0728	0.2149	-0.7895	-0.4214	0.3342	0.0174	0.0409	0.6639	-0.0372	0.2906	-32.8676	-14.0114	20.952
2	2.2035	4.2687	1.2066	8.6203	1.483	7.8588	1.5742	-1.5346	1.1183	0.3767	-1.8856	0.2448	-0.0751	-1.2096	0.4733	0.8555	-0.0195	0.2616	0.902	-0.076	0.9397	-32.4257	-4.0832	29.8093
3	6.8381	3.8413	3.2608	5.5136	1.9821	6.4975	0.2704	-0.6975	-0.3537	0.2884	-0.1347	0.4647	0.62	-0.8881	-0.1033	0.369	-0.1101	0.0226	0.4907	0.0883	0.2843	-40.599	-20.9982	14.6754
4	3.6577	1.9732	1.9794	4.6064	1.7849	4.5613	0.0452	-0.0112	-0.2094	0.1482	0.1457	0.0669	0.1651	-0.1694	-0.1693	0.2201	-0.0226	0.0038	0.3339	0.0421	0.2712	-34.4995	-17.2301	6.3914
5	6.4886	-2.7776	-1.3672	1.6835	0.8575	9.1787	-0.3232	0.1501	0.7108	0.0667	-0.0976	0.5034	-0.6204	0.4821	0.4615	0.3125	-0.0448	-0.0332	0.2372	-0.0311	0.3759	-20.0303	-4.3097	12.6536
6	4.665	1.2524	2.1095	1.5341	0.2338	4.4128	-0.0525	-0.1597	-0.0798	0.5723	0.1107	-0.3313	0.2721	0.0178	-0.0921	0.2872	0.0592	-0.0119	0.3418	0.0148	0.3065	-29.4867	-13.7408	11.0396
7	4.2763	1.6518	2.028	1.0729	0.8898	2.3569	-0.0759	0.3474	0.0752	0.0011	0.1289	-0.0321	-0.071	0.213	-0.0391	0.281	-0.0102	0.0475	0.2832	-0.004	0.2372	-26.5438	-12.4017	6.5318
8	3.2398	0.2162	0.0213	2.3236	2.0368	4.4603	-0.1658	-0.4433	0.0688	0.6254	0.3319	-0.1216	0.1996	0.3226	-0.0792	0.3554	0.0194	0.0264	0.4113	-0.0609	0.3189	-23.2214	-8.6832	21.5173
9	3.3089	-2.7268	0.03	2.5899	-1.0988	3.1953	-0.2009	-0.2959	0.5422	0.8514	-0.4339	0.4251	-0.6877	0.2646	0.2723	0.554	0.0027	0.0815	0.162	-0.252	0.5004	-10.9931	-1.0937	25.2815
10	3.962	0.1437	-0.1048	6.5178	-1.3706	2.6586	0.1354	-0.2659	-0.3986	0.6383	0.114	-0.7211	0.2815	0.4984	-0.1747	0.387	0.0593	-0.1009	0.3583	-0.0477	0.3312	2.9392	-4.8453	41.4445
11	2.4307	0.8879	1.5039	5.0906	3.7634	3.9516	-0.0222	0.2279	-0.0977	0.1092	0.1597	-0.2683	0.2167	0.3164	-0.145	0.3714	-0.039	0.0423	0.3799	-0.0441	0.3407	3.2129	-2.4518	24.147
12	2.5045	1.6937	2.4193	1.1267	1.5404	3.2877	0.2704	-0.071	-0.6077	0.2387	-0.0069	0.658	0.724	-0.4825	-0.0059	0.4818	-0.0724	-0.0617	0.4196	0.032	0.4539	-20.396	-23.0431	31.4179
13	3.0939	1.633	2.1353	7.5462	3.7182	5.3971	0.4603	-0.5348	0.0494	0.9372	-0.5351	0.2155	0.777	-1.0942	-0.1945	0.5209	-0.1315	0.007	0.5657	0.0613	0.4084	-17.4239	-21.5576	38.9053
14	1.8653	1.7941	0.2466	3.612	2.5502	2.3283	0.0926	-0.1591	-0.1816	0.2869	-0.0489	0.1792	0.3928	0.0497	-0.0606	0.4711	0.008	-0.1106	0.3781	0.0185	0.302	-6.7648	-14.1052	38.3259
15	2.8895	1.8753	0.7135	2.7064	1.3265	4.243	0.0559	-0.0542	-0.2521	0.0582	0.1191	-0.2168	-0.093	0.0234	-0.0789	0.3542	0.0503	-0.0803	0.3	-0.0081	0.3609	-8.159	-19.4751	24.6712
16	3.526	2.3762	1.9756	2.4614	3.0714	4.9267	0.1005	-0.0915	-0.4302	0.7102	0.0628	-0.3397	0.2225	0.4404	-0.3784	0.4386	0.0629	-0.1005	0.3894	-0.0382	0.4223	-0.0715	-18.8307	33.0234
17	1.6887	-0.2387	0.0413	1.9427	-1.6101	2.5324	0.1066	0.1307	-0.1677	0.1879	-0.068	-0.1802	0.1231	-0.076	-0.0196	0.2733	0.0044	-0.0102	0.3094	-0.0679	0.3601	-16.1853	-19.172	17.2653
18	5.2355	-0.2656	-1.4392	2.05	-0.3891	1.8799	-0.0659	1.3418	-1.0268	-0.3837	0.2628	0.4675	0.1595	-0.3187	-0.0048	0.3387	-0.0602	-0.0516	0.5784	-0.1646	0.4115	-33.6439	-22.4987	-6.8959
19	5.4515	-0.1798	-0.1621	2.3727	0.5213	1.4894	0.0138	0.5358	-0.3613	-0.4272	-0.0804	-0.1684	-0.1337	-0.4752	-0.0807	0.3382	0.0402	0.0536	0.5204	-0.0645	0.3682	-15.2695	-16.5815	-4.1183

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 14 )	A	0 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 30 )	A	15 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 48 )	A	31 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 115 )	A	101 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 141 )	A	116 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 142 through 155 )	A	142 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 156 through 182 )	A	156 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 183 through 203 )	A	183 - 203
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 0 through 19 )	B	0 - 19
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 20 through 48 )	B	20 - 48
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 49 through 83 )	B	49 - 83
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 84 through 115 )	B	84 - 115
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 116 through 131 )	B	116 - 131
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 132 through 183 )	B	132 - 183
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 184 through 203 )	B	184 - 203
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 204 through 231 )	B	204 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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