PDB-6qon: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qon

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 17 (2H-1,3-Benzoxazine-2,4(3H)-dione)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qon.cif.gz	185.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qon.ent.gz	147.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qon.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qon_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qon_full_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示
XML形式データ	6qon_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	6qon_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qon	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qot-d 6qok-d 6qoi-d 6qre-d 6qoq-d 6nw7-d 6qoh-d 6qqx-d 6qou-d 6qr1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.020, 78.919, 86.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-J9W / 1,3-benzoxazine-2,4-dione / CSA 分子量: 163.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₅NO₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.81→86.84 Å / Num. obs: 47076 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.85 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 356747 / Scaling rejects: 175

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.81-1.91	7.7	0.899	6771	0.758	0.345	0.964	100
5.72-86.84	6.4	0.043	1643	0.998	0.018	0.046	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.81→56.332 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	2400	5.11 %
R_work	0.1745	-	-
obs	0.1763	47008	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.86 Å² / B_iso mean: 36.1155 Å² / B_iso min: 17.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.81→56.332 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3294	0	29	232	3555
B_iso mean	-	-	62.9	43.39	-
残基数	-	-	-	-	431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	4735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	618
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.676	1268

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.81-1.847	0.368	120	0.296	2597	2717
1.847-1.8871	0.2721	119	0.2367	2604	2723
1.8871-1.931	0.249	119	0.2122	2635	2754
1.931-1.9793	0.2303	117	0.1953	2597	2714
1.9793-2.0328	0.2429	127	0.1923	2601	2728
2.0328-2.0926	0.2075	124	0.1894	2611	2735
2.0926-2.1602	0.2332	127	0.1811	2598	2725
2.1602-2.2374	0.2015	147	0.1721	2613	2760
2.2374-2.327	0.1877	138	0.1746	2610	2748
2.327-2.4329	0.2204	147	0.1801	2601	2748
2.4329-2.5612	0.2064	160	0.1787	2601	2761
2.5612-2.7216	0.2296	143	0.1913	2617	2760
2.7216-2.9318	0.2208	146	0.1935	2607	2753
2.9318-3.2268	0.2228	134	0.1862	2661	2795
3.2268-3.6936	0.1853	153	0.1697	2635	2788
3.6936-4.6532	0.1759	190	0.1369	2655	2845
4.6532-56.3589	0.2078	189	0.1653	2765	2954

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1626	-0.1228	-0.0999	0.1339	-0.1388	0.5374	0.0633	-0.6693	0.0345	0.2087	-0.0632	0.0877	-0.0944	-0.1521	0.0002	0.2832	-0.0017	0.025	0.4026	-0.0029	0.2669	-32.5988	-13.5109	22.2444
2	1.5592	0.5497	0.6497	0.7252	0.1138	1.1495	0.025	-0.1398	0.0726	0.1433	0.046	0.0623	0.0509	-0.1968	0.0002	0.2123	-0.0015	0.0162	0.2373	0.0019	0.2218	-36.2344	-15.945	12.9786
3	1.2943	0.418	1.0462	0.0586	0.1435	1.3795	-0.0884	0.12	0.1283	0.0358	0.0439	-0.0878	-0.1167	0.1005	-0.0001	0.1999	0.0032	0.0006	0.1856	-0.0025	0.2385	-26.7001	-9.0259	8.7864
4	1.153	0.1228	0.2695	0.9068	-0.8213	0.7958	0.0283	-0.2638	0.1101	0.1729	-0.0685	0.0078	-0.0705	0.0132	-0	0.2458	0.0106	-0.0179	0.2602	-0.0582	0.2354	-20.4856	-9.0288	20.5138
5	0.7951	0.0509	0.1667	0.806	0.1668	0.2879	-0.0187	0.0531	-0.0829	0.1022	0.1057	-0.3095	0.0449	0.2051	-0.0001	0.2407	0.0007	-0.0008	0.2271	-0.014	0.2065	2.6593	-3.1616	31.6757
6	0.0033	0.0138	0.0093	0.1918	-0.1703	0.3296	0.0988	0.0185	-0.1627	0.1003	-0.2092	0.551	0.213	-0.4829	0.0002	0.3124	-0.0183	-0.0136	0.3424	-0.05	0.3583	-19.5184	-22.0778	32.315
7	0.0456	0.0137	-0.0212	0.0454	0.0593	0.109	0.5154	0.3884	0.1356	0.2336	-0.2345	1.1455	-0.0075	-0.8703	0.0008	0.5923	-0.0449	-0.0459	0.5593	-0.0127	0.7053	-23.9442	-31.8	24.6646
8	0.5618	0.0887	-0.1571	0.0897	-0.1573	0.2568	0.0045	-0.3473	-0.0619	0.5973	-0.1179	0.6298	0.3549	-0.4498	-0.0181	0.4119	-0.0544	0.0792	0.3923	0.0189	0.2923	-15.9359	-18.0068	43.2856
9	0.1039	0.0999	0.0382	0.0862	0.0559	0.0416	-0.0964	-0.0182	0.1894	0.1117	0.12	0.2427	0.1113	-0.0772	-0.0002	0.2976	0.007	-0.0638	0.2371	-0.009	0.2394	-7.593	-1.9967	39.9167
10	0.8623	0.3242	0.5012	0.5559	0.7605	1.0224	0.0638	-0.0205	-0.09	0.1266	0.0433	-0.0806	0.1149	0.017	-0.0001	0.2848	0.0117	-0.0141	0.2022	0.0024	0.2327	-7.6984	-20.0491	29.8965
11	0.1506	0.0672	-0.013	0.3514	0.2192	0.1405	0.0691	0.0023	-0.0679	0.2314	0.1427	-0.0165	-0.0057	0.1241	0.0002	0.2697	0.0295	-0.0298	0.2522	-0.0223	0.2746	-0.1245	-18.3045	33.0788
12	1.1012	-0.3907	0.5506	0.5394	0.0035	0.5961	-0.0057	0.0533	-0.0906	0.042	0.0619	-0.0287	-0.0007	0.0344	0.0002	0.2008	-0.0204	0.0259	0.2053	-0.0142	0.2278	-21.1633	-20.3003	12.6615
13	0.5472	-0.3939	0.4782	0.8615	-0.5417	0.2234	-0.1785	0.354	-0.134	-0.3466	0.1723	-0.176	-0.252	0.0168	-0.0066	0.1987	-0.0298	0.0744	0.4405	-0.1145	0.2584	-19.3074	-19.0034	-5.5389

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 17 )	A	0 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 83 )	A	18 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 131 )	A	84 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 132 through 178 )	A	132 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 227 )	A	179 - 227
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 0 through 17 )	B	0 - 17
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 18 through 29 )	B	18 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 30 through 48 )	B	30 - 48
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 49 through 62 )	B	49 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 115 )	B	63 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 116 through 131 )	B	116 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 191 )	B	132 - 191
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 192 through 231 )	B	192 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)