PDB-6qok: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qok

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 14 (Methyl 2-aminopyridine-4-carboxylate)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6qok.ent.gz	155.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qok_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qok_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	6qok_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6qok_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qog-d 6nw7-d 6nvr-d 6qot-d 6qo6-d 6qox-d 6qrg-d 6qon-d 6qo2-d 6nw6-d 6qoq-d 6qr4-d 6qqr-d 6qof-d 6qo4-d 6qou-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.702, 78.625, 86.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-J9T / methyl 2-azanylpyridine-4-carboxylate 分子量: 152.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→86.48 Å / Num. obs: 85093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.06 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 21.1 / Num. measured all: 646141 / Scaling rejects: 62

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
1.48-1.56	7.4	0.885	12271	0.745	0.346	0.952
4.67-86.48	6.7	0.033	2931	0.999	0.013	0.036

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→58.177 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1987	4248	5 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.1714	85011	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 292.23 Å² / B_iso mean: 30.3974 Å² / B_iso min: 12.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.48→58.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3291	0	32	334	3657
B_iso mean	-	-	45.62	41.48	-
残基数	-	-	-	-	431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.052	4716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	532
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6	1255

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.4756-1.4924	0.3318	130	0.3019	2653	2783
1.4924-1.5099	0.3228	130	0.2845	2674	2804
1.5099-1.5283	0.2914	141	0.2678	2626	2767
1.5283-1.5477	0.2703	138	0.2447	2682	2820
1.5477-1.5681	0.3102	151	0.233	2684	2835
1.5681-1.5895	0.2244	120	0.2143	2650	2770
1.5895-1.6123	0.2381	142	0.2058	2652	2794
1.6123-1.6363	0.2279	160	0.1986	2683	2843
1.6363-1.6619	0.2164	152	0.1932	2640	2792
1.6619-1.6891	0.2271	154	0.1886	2641	2795
1.6891-1.7183	0.2545	147	0.1896	2661	2808
1.7183-1.7495	0.2242	144	0.1839	2687	2831
1.7495-1.7832	0.2121	137	0.1787	2650	2787
1.7832-1.8196	0.2308	114	0.1763	2707	2821
1.8196-1.8591	0.236	109	0.1716	2713	2822
1.8591-1.9024	0.2148	132	0.1745	2674	2806
1.9024-1.95	0.1775	123	0.1615	2717	2840
1.95-2.0027	0.1791	150	0.1632	2673	2823
2.0027-2.0616	0.1858	147	0.1687	2692	2839
2.0616-2.1282	0.2137	144	0.171	2674	2818
2.1282-2.2042	0.1916	142	0.166	2675	2817
2.2042-2.2925	0.197	172	0.1655	2676	2848
2.2925-2.3968	0.2022	147	0.1668	2697	2844
2.3968-2.5232	0.177	149	0.1683	2690	2839
2.5232-2.6813	0.2061	146	0.1775	2697	2843
2.6813-2.8883	0.2164	145	0.1799	2731	2876
2.8883-3.1789	0.2025	129	0.1733	2750	2879
3.1789-3.6389	0.1848	146	0.1657	2750	2896
3.6389-4.5843	0.1497	150	0.1386	2763	2913
4.5843-58.222	0.209	157	0.1593	2901	3058

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6597	-0.4327	-0.2443	1.1315	1.6825	3.1815	0.0586	0.5053	-0.1579	-0.4481	-0.1752	-0.0836	-0.0024	-0.1246	0.0298	0.2143	0.0062	0.0156	0.3019	-0.0067	0.2098	-32.3354	13.5221	-22.327
2	0.0061	0.0033	-0.0135	0.017	0.0062	0.0211	0.0038	0.0066	-0.1914	-0.0769	0.0014	0.3735	0.125	-0.1345	0.0001	0.526	-0.0476	-0.0261	0.5844	-0.1851	0.6358	-32.9755	1.1124	-30.934
3	1.581	-0.1397	-0.0757	1.1905	0.5057	2.0968	0.0443	0.163	0.2229	-0.1195	0.0612	-0.1061	-0.2603	-0.0556	-0.0693	0.1779	0.0185	0.0171	0.2085	0.026	0.206	-36.5259	23.2957	-10.3346
4	1.7696	-0.5577	-0.8975	0.6132	0.2758	1.4402	-0.0442	-0.003	-0.1218	-0.0537	0.0284	0.0181	0.0638	-0.0426	0.0501	0.1615	-0.0107	0.0064	0.1556	-0.0033	0.1722	-28.9018	9.4155	-10.7143
5	1.3141	-0.1228	-0.6747	0.4465	0.1131	1.0131	-0.0216	0.019	-0.0694	-0.0192	0.0236	-0.0392	0.0209	-0.0256	0.02	0.1595	-0.0024	-0.0025	0.1565	-0.0102	0.1733	-25.2333	11.2191	-11.5693
6	1.6	0.889	-0.8242	1.1974	-0.3142	0.4998	0.0733	0.0729	-0.1312	-0.1643	-0.2255	0.1709	0.1993	-0.1881	-0.1935	0.3856	-0.0233	-0.038	0.3295	-0.1351	0.34	-19.4242	-0.737	-26.6589
7	1.3973	-0.4235	-0.5715	0.8341	0.5992	2.087	-0.1095	0.079	-0.0243	-0.2814	-0.0882	-0.0842	0.3077	-0.0304	0.0087	0.2453	-0.0334	0.0025	0.1645	-0.0222	0.14	-1.8405	4.5119	-36.355
8	0.9124	-0.5195	-0.2246	2.0582	-0.5399	1.0252	0.0424	0.0238	0.1326	-0.3722	0.1218	-0.375	-0.0487	0.1972	0.0018	0.2553	-0.0316	0.0388	0.2189	-0.0195	0.2193	4.7153	4.1599	-41.2038
9	1.1823	-0.6673	-0.8448	2.4222	1.907	1.9453	-0.0148	-0.1812	0.1136	0.1302	0.1462	-0.3202	0.0917	0.1732	-0.0247	0.2055	0.0295	-0.0302	0.2357	-0.0139	0.1739	3.0192	1.9825	-24.151
10	1.9016	-0.619	-0.6626	1.294	0.6038	1.4483	0.0562	0.18	0.0279	-0.1506	-0.147	0.3967	-0.2635	-0.2611	-0.0776	0.2375	0.0155	-0.0069	0.2323	0.0047	0.2044	-16.6168	17.9191	-36.0047
11	1.1222	-0.2571	-0.7824	0.62	0.4849	1.4914	0.0498	0.0194	0.1248	-0.1455	0.0241	-0.048	-0.1387	0.0229	-0.1049	0.1817	-0.0161	0.0088	0.1407	-0.0061	0.1708	-8.7619	19.66	-26.937
12	1.9796	-0.3184	-0.6987	0.5837	0.2851	0.3882	-0.1064	-0.3846	0.2675	0.1859	0.1491	-0.174	0.041	0.1325	-0.0596	0.1989	0.0135	-0.0322	0.2906	-0.0591	0.2258	-22.6231	19.6321	4.7023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 18 )	A	0 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 29 )	A	19 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 62 )	A	30 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 115 )	A	63 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 116 through 155 )	A	116 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 178 )	A	156 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 179 through 188 )	A	179 - 188
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 189 through 203 )	A	189 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 181 )	B	63 - 181
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 182 through 231 )	B	182 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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