PDB-6qoe: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qoe

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 8 (3-[(2-thienylthio)methyl]benzoic acid)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.06 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qoe.cif.gz	177.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qoe.ent.gz	141.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qoe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qoe_validation.pdf.gz	693.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qoe_full_validation.pdf.gz	698.5 KB	表示
XML形式データ	6qoe_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	6qoe_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qo2-d 6qox-d 6qo4-d 6qr6-d 6qou-d 6qog-d 6qrg-d 6qor-d 6nw7-d 6qo3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.596, 79.739, 86.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JBB / 3-(thiophen-2-ylsulfanylmethyl)benzoic acid 分子量: 250.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀O₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.06→58.71 Å / Num. obs: 10264 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
3.06-3.22	8.1	0.788	1462	0.892	0.291	0.841	100
9.67-58.71	7.1	0.037	384	0.999	0.014	0.04	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Packing: 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.06→58.709 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2746	508	4.97 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1929	10225	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.99 Å² / B_iso mean: 48.7705 Å² / B_iso min: 20.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.06→58.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3203	0	16	1	3220
B_iso mean	-	-	77.07	30	-
残基数	-	-	-	-	424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.303	4577
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	598
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.596	1209

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0572-3.3649	0.376	132	0.2494	2380	2512	100
3.3649-3.8517	0.3444	88	0.1918	2427	2515	100
3.8517-4.8523	0.2158	151	0.1674	2395	2546	100
4.8523-58.7196	0.267	137	0.1789	2515	2652	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7196	-1.6575	0.2878	6.4878	-1.005	3.9184	-0.0681	-1.5691	-0.2085	1.4611	0.1707	-0.3377	-0.0674	-0.9424	0.0024	0.4259	-0.0721	-0.041	0.6923	0.0206	0.5264	-32.6451	-13.478	22.0363
2	3.1418	-1.1621	1.0508	8.1289	-0.5802	3.0389	0.239	-0.4256	0.3396	0.2401	-0.7198	-0.0013	-0.1777	-1.1036	0.0613	0.9758	0.1589	0.2619	1.245	-0.3505	1.4437	-32.8563	-2.939	31.8766
3	3.6868	2.277	1.7795	1.7879	1.15	3.0615	0.0998	-0.1413	-0.0248	0.2261	-0.0641	0.7952	0.1575	-0.3583	0.0635	0.4666	-0.0669	0.0387	0.5604	0.1668	0.5152	-40.8183	-20.752	15.2815
4	2.9205	0.8792	0.4197	1.5519	1.4628	3.3693	0.0457	-0.1736	-0.1577	-0.2664	-0.3023	0.6679	-0.15	-0.276	0.1428	0.2751	0.0161	-0.0218	0.342	0.0448	0.4382	-34.7467	-17.7787	6.6262
5	2.9395	-0.2126	-0.5073	1.0219	1.6004	3.4904	-0.2949	0.0421	0.4637	0.1353	0.1967	-0.2165	-0.246	0.2435	0.2011	0.3367	0.0724	-0.0553	0.4179	0.0497	0.3872	-24.5877	-8.3523	12.5115
6	2.0336	0.2257	0.3929	0.2049	0.6517	1.3146	0.0443	0.1215	-0.0274	0.0425	-0.0658	-0.1599	0.0052	0.1495	0.0389	0.3657	-0.0085	0.0016	0.2807	-0.0506	0.3252	-25.5476	-11.4978	11.8298
7	6.5976	-1.6687	-0.0228	0.6102	-0.137	0.5882	-0.1033	-0.2202	0.3665	0.4234	-0.3395	1.0598	-0.1503	-0.3273	-0.2021	0.4274	-0.0581	0.2554	0.4539	-0.1397	0.8863	-14.6309	-0.666	25.4366
8	1.425	0.83	0.5358	1.9738	0.955	1.2067	0.0193	0.1039	-0.2443	0.1311	0.2814	-0.1582	0.179	0.3795	-0.3038	0.3566	-0.003	-0.0562	0.4179	-0.0491	0.4229	2.9554	-3.172	32.0923
9	0.5478	1.3656	1.0758	4.6054	2.3426	2.3098	-0.0389	0.1015	-0.1267	-0.0857	-0.2266	1.8864	0.0677	-0.4441	0.0953	0.4932	-0.0371	0.0284	0.6033	-0.0672	0.434	-19.4424	-22.6613	32.536
10	2.6018	-0.8936	0.3887	2.2011	-1.486	2.2398	0.0493	-0.3126	0.1802	0.7332	-0.2846	0.6284	0.1391	-1.0273	0.164	0.3788	0.021	-0.0144	0.6361	0.0221	0.2707	-18.3584	-26.0369	35.422
11	2.5237	0.4718	2.0733	1.3438	1.5881	2.1669	0.0306	-0.2581	-0.0972	0.4148	0.02	-0.1249	0.3783	-0.1374	-0.0635	0.53	0.0487	-0.0409	0.3487	0.0231	0.36	-7.7278	-16.0355	34.0066
12	2.3822	2.0891	1.3958	3.126	0.5122	4.1927	0.2855	-0.0749	0.1471	0.3569	0.0214	-0.3546	0.2803	0.1835	-0.2535	0.4364	0.0162	-0.0992	0.2527	-0.0085	0.3931	-4.8699	-17.8627	33.0051
13	1.4332	-0.6779	0.0921	0.595	-0.9923	1.6395	-0.0499	0.2091	-0.2469	-0.0418	-0.0212	-0.1773	0.0857	0.1383	0.1161	0.3508	-0.0173	0.0203	0.3018	0.0035	0.3539	-15.899	-19.771	18.291
14	2.3679	-0.052	0.3948	1.4509	0.23	1.5964	-0.4756	0.5889	-0.5854	-0.3146	0.3468	0.0449	0.0052	0.1151	0.1261	0.461	0.0097	0.0538	0.5714	-0.1693	0.529	-26.0273	-21.8902	-6.2007
15	7.1338	3.291	-1.5055	6.6482	-3.2176	8.157	0.2677	-0.7018	1.0449	0.3717	-0.27	-0.9984	-0.5728	-0.2362	0.1416	0.3253	0.012	0.0033	0.3723	-0.0497	0.3389	-8.2148	-9.8664	1.6276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 17 )	A	-1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 29 )	A	18 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 48 )	A	30 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 115 )	A	84 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 155 )	A	116 - 155
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 181 )	A	156 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 182 through 227 )	A	182 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 0 through 22 )	B	0 - 22
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 23 through 40 )	B	23 - 40
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 41 through 100 )	B	41 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 101 through 131 )	B	101 - 131
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 183 through 222 )	B	183 - 222
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)