PDB-6qo6: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qo6

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 4 (5-Methoxybenzimidazole)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.745 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nvrSC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qom-d 6qoc-d 6qok-d 6qog-d 6qot-d 6qrg-d 6qoh-d 6qoj-d 6qoq-d 6qox-d 6qo3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.077, 78.772, 86.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-5OB / 5-METHOXYBENZIMIDAZOLE / 6-メトキシ-1H-ベンゾイミダゾ-ル分子量: 148.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 292 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→78.77 Å / Num. obs: 52140 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.55 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 395496 / Scaling rejects: 166

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.74-1.84	7.8	0.921	7493	0.75	0.353	0.987	100
5.52-78.77	6.6	0.04	1821	0.998	0.016	0.043	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.745→56.216 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	2574	4.94 %
R_work	0.1812	-	-
obs	0.1826	52072	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.06 Å² / B_iso mean: 39.1309 Å² / B_iso min: 20.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.745→56.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3208	0	22	251	3481
B_iso mean	-	-	35.38	46.64	-
残基数	-	-	-	-	422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3329
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	4559
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.651	1200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7445-1.7781	0.287	125	0.2622	2704	2829
1.7781-1.8144	0.3192	126	0.2446	2727	2853
1.8144-1.8538	0.2502	147	0.2304	2705	2852
1.8538-1.8969	0.2865	138	0.2126	2744	2882
1.8969-1.9444	0.2281	143	0.1949	2695	2838
1.9444-1.9969	0.2259	133	0.18	2742	2875
1.9969-2.0557	0.2006	163	0.1898	2695	2858
2.0557-2.1221	0.2167	143	0.1823	2733	2876
2.1221-2.1979	0.2175	142	0.1819	2723	2865
2.1979-2.2859	0.2283	130	0.1798	2753	2883
2.2859-2.39	0.2198	133	0.1794	2747	2880
2.39-2.516	0.1997	129	0.1891	2752	2881
2.516-2.6736	0.2371	144	0.1897	2740	2884
2.6736-2.88	0.2524	161	0.1987	2737	2898
2.88-3.1698	0.2028	144	0.1997	2782	2926
3.1698-3.6284	0.2303	157	0.1845	2771	2928
3.6284-4.5711	0.1757	165	0.1485	2803	2968
4.5711-56.2453	0.1838	151	0.1754	2945	3096

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5865	0.0657	-0.7475	3.4078	0.087	2.345	-0.0189	0.8159	-0.2664	-0.6331	0.0302	-0.2045	0.1339	-0.3871	-0.0042	0.3108	-0.0144	0.0137	0.4987	-0.0297	0.3232	-32.4466	13.757	-21.7451
2	1.8992	-0.0525	-0.5644	2.2692	1.2072	2.4385	0.0874	0.2415	0.188	-0.2142	0.0864	-0.0427	-0.2756	-0.172	-0.1102	0.2625	0.0359	0.0126	0.3198	0.0274	0.2796	-36.9216	19.737	-11.7598
3	2.8083	-0.6008	-1.2115	0.0743	0.1511	1.9301	-0.0858	0.0222	-0.236	-0.0562	0.0356	0.012	0.1157	0.0401	0.0203	0.234	-0.0181	-0.0003	0.2162	-0.0117	0.2732	-25.8545	9.6206	-11.4231
4	5.2888	1.6717	-0.0186	1.2315	-1.3979	2.8954	-0.0867	0.2555	-0.7062	-0.4672	-0.437	0.4291	0.3307	0.0084	-0.6923	0.3699	-0.0189	-0.0351	0.2181	-0.2467	0.4365	-11.1286	0.6859	-25.1538
5	1.1894	-0.5554	-0.061	1.359	-0.2085	1.2485	0.1396	0.1395	0.1375	-0.2448	-0.0199	-0.2554	-0.1303	0.2412	0.0025	0.3735	-0.0632	0.056	0.2971	-0.0176	0.2769	2.8189	4.4861	-41.1367
6	1.6519	-0.4091	-0.4375	2.2696	1.0483	0.8509	-0.0025	-0.2448	0.1149	-0.0915	0.122	-0.3489	-0.1229	0.1902	0.0145	0.2773	0.0357	-0.0331	0.3041	-0.0183	0.262	3.0495	2.2148	-23.8162
7	2.807	-0.0101	-0.8172	3.139	1.6231	2.8613	0.2757	-0.0487	0.3507	-0.0294	-0.555	0.7409	-0.4902	-0.6994	-0.0018	0.3772	0.0338	0.0148	0.3638	-0.0503	0.3433	-19.6111	21.9039	-32.3624
8	0.2624	-0.0437	-0.5475	0.0944	-0.008	1.2712	0.2395	0.0646	0.0478	-0.1181	-0.075	0.3183	-0.2507	-0.7481	-0.1394	0.7023	0.0948	0.2186	0.5796	-0.0756	0.712	-23.7401	32.0667	-24.3634
9	2.5032	-0.2692	-0.5411	3.3333	1.461	3.8336	0.1509	0.5832	0.1394	-0.7924	-0.188	0.1544	-0.5161	-0.5565	-0.054	0.4332	0.0534	-0.0411	0.4399	0.0162	0.3169	-15.8774	18.3119	-42.756
10	1.0444	-0.3541	-0.6892	0.9169	1.1623	1.3084	0.0332	0.1188	0.1311	-0.2359	0.0471	-0.1139	-0.196	0.0626	-0.0715	0.3357	-0.0149	0.035	0.2494	0.0042	0.2625	-6.8937	16.5117	-31.6117
11	2.7651	-1.1797	-0.7635	0.5238	0.0442	2.6483	-0.0061	0.0958	-0.1384	-0.1297	-0.0826	0.3869	0.0056	-0.1218	-0.0621	0.328	-0.0131	0.0175	0.2631	0.0179	0.2326	-10.1909	17.1393	-32.2369
12	1.1698	-0.4874	-1.1267	0.9493	1.3135	2.0311	0.1141	-0.0116	0.1356	-0.4716	0.0417	-0.2683	-0.2323	0.3415	-0.1303	0.3314	-0.0538	0.0668	0.2957	-0.017	0.3112	-0.1372	18.5514	-32.9533
13	1.7142	0.1401	-0.3005	2.1563	-0.1329	1.7174	-0.0197	-0.0464	0.0761	-0.2256	0.0247	0.1064	0.0213	0.0005	-0.0435	0.2727	-0.0024	0.0227	0.2629	-0.0213	0.2635	-15.6112	17.0577	-22.0233
14	0.9089	1.3531	-2.0323	1.9974	-2.9651	4.6103	-0.1205	-0.2063	0.3911	0.0939	-0.194	-0.342	-0.7746	0.0955	-0.1725	0.409	-0.0055	-0.0995	0.2571	-0.0306	0.4767	-15.7107	27.4534	-9.4865
15	2.1227	-0.3206	-0.4264	0.5724	-0.2159	1.5757	-0.0004	-0.4387	0.3811	0.2717	0.1077	0.177	0.1025	-0.0513	-0.0487	0.264	0.0267	0.0238	0.3906	-0.0818	0.2953	-32.9151	22.6353	6.2155
16	2.3125	-0.1379	-0.9801	0.7779	0.2903	1.5708	-0.0669	-0.6489	0.3484	0.1278	0.1126	-0.4558	0.0973	-0.1178	-0.0534	0.2249	0.023	-0.0633	0.4801	-0.0926	0.3114	-15.3286	16.9101	3.7418

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 17 )	A	0 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 73 )	A	18 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 155 )	A	74 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 182 )	A	156 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 183 through 203 )	A	183 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 228 )	A	204 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 17 )	B	0 - 17
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 18 through 29 )	B	18 - 29
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 30 through 48 )	B	30 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 100 )	B	49 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 101 through 115 )	B	101 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 116 through 131 )	B	116 - 131
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 132 through 155 )	B	132 - 155
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 156 through 181 )	B	156 - 181
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 182 through 203 )	B	182 - 203
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 204 through 231 )	B	204 - 231

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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