PDB-6qo2: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qo2

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 1 (1H-Indole-5-carboxamide)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qo2.cif.gz	182.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qo2.ent.gz	144.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qo2_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qo2_full_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示
XML形式データ	6qo2_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	6qo2_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrSC 6nw6C 6nw7C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qor-d 6qog-d 6qox-d 6qrg-d 6qoe-d 6qou-d 6qqu-d 6qqs-d 6qo3-d 6qo4-d 6qod-d 6qok-d 6qr4-d 6nw6-d 6qoj-d 6qqy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.416, 77.893, 87.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JAW / 1~{H}-indole-5-carboxamide / 1H-インド-ル-5-カルボアミド分子量: 160.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→87.11 Å / Num. obs: 58378 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 19.9 / Num. measured all: 445329 / Scaling rejects: 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.68-1.77	7.8	0.85	8392	0.756	0.32	0.909	98.7
5.3-87.11	6.5	0.032	2045	0.999	0.013	0.035	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.68→56.582 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1981	2967	5.09 %
R_work	0.1711	-	-
obs	0.1725	58314	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.25 Å² / B_iso mean: 34.979 Å² / B_iso min: 17.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.68→56.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3229	0	24	275	3528
B_iso mean	-	-	29.23	44.42	-
残基数	-	-	-	-	427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3375
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.004	4624
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.933	1222

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6762-1.7037	0.2885	119	0.233	2614	2733	98
1.7037-1.7331	0.2533	117	0.2322	2618	2735	99
1.7331-1.7646	0.3209	147	0.2274	2582	2729	99
1.7646-1.7985	0.2861	156	0.2165	2567	2723	99
1.7985-1.8352	0.238	141	0.1956	2568	2709	99
1.8352-1.8752	0.1891	143	0.1905	2606	2749	99
1.8752-1.9188	0.2134	131	0.1781	2600	2731	99
1.9188-1.9668	0.1954	145	0.1725	2582	2727	99
1.9668-2.0199	0.2193	142	0.1742	2600	2742	99
2.0199-2.0794	0.2042	148	0.1756	2619	2767	99
2.0794-2.1465	0.2111	139	0.172	2602	2741	99
2.1465-2.2232	0.1904	158	0.1695	2617	2775	99
2.2232-2.3122	0.2217	139	0.1677	2625	2764	99
2.3122-2.4175	0.2062	147	0.1648	2630	2777	100
2.4175-2.5449	0.1935	117	0.1704	2676	2793	100
2.5449-2.7044	0.1912	138	0.1772	2642	2780	100
2.7044-2.9132	0.2194	148	0.1887	2671	2819	100
2.9132-3.2063	0.2262	135	0.1858	2676	2811	100
3.2063-3.6702	0.2008	150	0.1667	2695	2845	100
3.6702-4.6237	0.1552	152	0.1402	2723	2875	100
4.6237-56.614	0.1833	155	0.1704	2834	2989	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0181	0.0105	-0.0062	0.0785	-0.037	0.1292	-0.1083	0.6358	0.02	-0.4239	0.0072	-0.0239	0.2377	-0.2136	0.0002	0.309	-0.03	0.0166	0.3792	0.0054	0.2606	-32.6743	13.4226	-22.438
2	0.0059	-0.0062	-0.012	0.0099	0.0134	0.0086	0.1264	-0.1691	0.0739	-0.1363	-0.0271	0.1021	-0.0292	-0.0586	-0.0002	0.6793	-0.1559	-0.0764	0.5082	-0.1	0.6134	-33.0892	1.2893	-31.0465
3	0.3759	0.275	-0.2101	0.1946	-0.2083	0.184	0.019	0.4041	0.1465	-0.1566	0.075	0.0574	-0.0433	-0.2898	0	0.2791	0.0298	-0.0086	0.3106	0.0202	0.2669	-40.5144	20.0177	-15.0732
4	0.4795	-0.1493	-0.2449	0.034	0.0263	0.5945	0.0046	0.0065	0.0685	-0.1004	0.0413	-0.0516	-0.0763	-0.071	-0.0001	0.2224	0.0061	0.0074	0.2407	0.004	0.2647	-34.6032	17.312	-6.2001
5	0.7922	0.1185	-0.1298	0.0008	0.1468	0.7837	-0.0666	-0.0361	-0.0428	-0.0243	0.0609	-0.0195	0.0481	0.0367	-0	0.2216	-0.0124	0.0197	0.2064	-0.0192	0.2453	-24.8405	8.8504	-12.1494
6	0.0006	-0.0128	-0.0425	0.0095	0.0276	0.0381	-0.0637	-0.1992	-0.0451	-0.0558	0.025	0.0319	0.0293	0.0269	-0.0001	0.2047	-0.0045	0.0036	0.238	0.0131	0.2357	-31.4221	9.0136	-2.6289
7	0.7154	0.1128	-0.3546	0.0834	-0.1921	0.2987	0.0297	0.1457	-0.0085	0.0197	-0.0622	0.1166	0.06	-0.0793	-0	0.2431	-0.0223	0.0046	0.2395	-0.0287	0.2301	-19.7377	9.0814	-20.1705
8	0.189	-0.1155	0.0531	0.1666	0.1003	0.089	0.0644	-0.0197	0.0661	-0.2652	0.0591	-0.1911	-0.1074	0.2597	-0.0001	0.3411	-0.0448	0.0379	0.2795	-0.0198	0.2525	2.3941	4.7537	-40.8082
9	0.3066	0.1551	-0.2168	0.0785	0.0485	0.0497	0.0253	-0.0964	0.1771	0.1475	0.1242	-0.4137	0.1308	0.2023	0.0001	0.2836	0.0361	-0.0474	0.3136	-0.0424	0.2434	2.6649	2.2309	-24.104
10	1.2814	0.4997	0.1511	0.6626	-0.3647	0.7485	-0.0395	0.1429	0.0785	-0.1503	-0.0534	0.437	-0.1546	-0.2236	-0.001	0.2772	0.022	-0.0218	0.2854	-0.0028	0.2462	-16.5254	17.7055	-36.5199
11	0.5862	0.0036	-0.3259	0.3471	0.3909	0.9974	-0.0064	0.0489	0.0943	-0.1959	0.057	-0.0269	-0.0759	-0.0041	0.0001	0.2577	-0.024	0.0136	0.2056	-0.0039	0.2271	-8.9555	19.6983	-27.0528
12	0.3353	0.2863	-0.1844	0.4417	0.0457	-0.1382	-0.0148	-0.3804	0.2067	0.166	0.0602	-0.0782	0.0296	0.0472	-0	0.2431	0.0168	-0.0215	0.3549	-0.0628	0.2818	-22.8904	18.8125	4.9407

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 18 )	A	0 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 29 )	A	19 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 48 )	A	30 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 115 )	A	84 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 131 )	A	116 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 132 through 180 )	A	132 - 180
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 181 through 203 )	A	181 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 228 )	A	204 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 182 )	B	63 - 182
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 183 through 231 )	B	183 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)