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- PDB-6qna: Structure of bovine anti-RSV hybrid Fab B13HC-B4LC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qna
タイトルStructure of bovine anti-RSV hybrid Fab B13HC-B4LC
要素
  • B13 Heavy chain
  • B4 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / cattle antibodies / bovine respiratory syncytial virus / anti-RSV B4 / anti-RSV B13 / hybrid Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Ren, J. / Nettleship, J.E. / Harris, G. / Mwangi, W. / Rhaman, N. / Grant, C. / Kotecha, A. / Fry, E. / Charleston, B. / Stuart, D.I. ...Ren, J. / Nettleship, J.E. / Harris, G. / Mwangi, W. / Rhaman, N. / Grant, C. / Kotecha, A. / Fry, E. / Charleston, B. / Stuart, D.I. / Hammond, J. / Owens, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust101122/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2019
タイトル: The role of the light chain in the structure and binding activity of two cattle antibodies that neutralize bovine respiratory syncytial virus.
著者: Ren, J. / Nettleship, J.E. / Harris, G. / Mwangi, W. / Rhaman, N. / Grant, C. / Kotecha, A. / Fry, E. / Charleston, B. / Stuart, D.I. / Hammond, J. / Owens, R.J.
履歴
登録2019年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: B13 Heavy chain
L: B4 light chain
A: B13 Heavy chain
B: B4 light chain
C: B13 Heavy chain
D: B4 light chain
E: B13 Heavy chain
F: B4 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,1489
ポリマ－194,0568
非ポリマー921
水91951
1
H: B13 Heavy chain
L: B4 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5142
ポリマ－48,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
2
A: B13 Heavy chain
B: B4 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6063
ポリマ－48,5142
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
3
C: B13 Heavy chain
D: B4 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5142
ポリマ－48,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
4
E: B13 Heavy chain
F: B4 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5142
ポリマ－48,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.440, 76.270, 130.030
Angle α, β, γ (deg.)89.66, 87.35, 88.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
B13 Heavy chain


分子量: 25837.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
B4 light chain


分子量: 22676.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28.0% w/v Polyethylene Glycol Monomethyl Ether 2000 0.1 M bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→65.9 Å / Num. obs: 49218 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.62→2.67 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Num. unique obs: 2446 / CC1/2: 0.521 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3386: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QN9

6qn9


解像度: 2.62→65.617 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 2230 4.53 %
Rwork0.2201 --
obs0.2214 49210 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→65.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13082 0 6 51 13139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54718235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2348008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.6770.37581640.35462906X-RAY DIFFRACTION98
2.677-2.73930.41511710.33732886X-RAY DIFFRACTION98
2.7393-2.80780.34041490.3212922X-RAY DIFFRACTION98
2.8078-2.88370.33551510.30352956X-RAY DIFFRACTION98
2.8837-2.96860.34971270.29082901X-RAY DIFFRACTION98
2.9686-3.06440.34611320.2972976X-RAY DIFFRACTION98
3.0644-3.17390.33681290.28462952X-RAY DIFFRACTION98
3.1739-3.3010.26671170.27112991X-RAY DIFFRACTION99
3.301-3.45120.341180.27122917X-RAY DIFFRACTION98
3.4512-3.63310.29211300.25593005X-RAY DIFFRACTION98
3.6331-3.86070.29891030.25322916X-RAY DIFFRACTION98
3.8607-4.15880.26161270.21922949X-RAY DIFFRACTION99
4.1588-4.57720.20981630.17882936X-RAY DIFFRACTION99
4.5772-5.23930.18321640.16542917X-RAY DIFFRACTION98
5.2393-6.60.22661330.18812964X-RAY DIFFRACTION99
6.6-65.63740.19441520.17752886X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8321-2.6479-3.02814.58280.78864.8033-0.0103-0.38860.43550.01150.0717-0.50510.05940.28720.01310.456-0.0374-0.06430.47310.04260.600413.293480.711858.6054
25.9645-0.89570.98637.73130.42766.0330.4261-0.6496-0.33320.76140.0813-0.48870.3281-0.1824-0.38930.6716-0.0406-0.00420.67480.11430.7692-2.188968.368686.0207
35.42931.0614-1.60227.68360.36764.52540.05240.0602-0.4198-0.156-0.15070.010.72580.13930.01970.79840.14080.05070.42440.03360.666117.072559.939254.5628
44.81740.2939-4.98312.052-1.13198.6109-0.2121-0.0562-0.4694-0.15990.01020.21990.5971-0.53480.28590.3546-0.09-0.02950.5650.01220.65520.238662.12669.7938
53.15240.33331.449110.1015-0.71853.5776-0.058-0.278-0.3401-1.61460.49521.00920.2473-0.628-0.53230.9034-0.1676-0.02570.82350.21990.7897-12.459557.345778.52
65.950.4766-1.42535.52962.82155.0829-0.4756-1.1877-0.83160.850.30740.12461.2489-0.1199-0.03060.88990.02830.00780.77350.02560.5686-8.2355-16.2594-4.1478
73.9242-3.58281.89414.8776-0.15076.20370.14490.59820.1413-0.50590.1662-0.55050.02940.8074-0.03680.5431-0.0240.02350.712-0.12560.4813-5.8208-13.0729-14.583
81.9145-0.98941.16662.90651.15924.637-0.51061.3773-0.7730.62470.9596-0.61040.65570.5743-0.45040.6716-0.0069-0.0250.8807-0.16380.535-2.3571-17.481-8.1345
97.01570.2108-0.67798.35362.09024.67-0.1354-0.17620.5211-0.03870.04331.7585-0.4206-0.7650.08680.60960.04480.00810.6834-0.08110.9023-17.6321-5.4392-12.6711
102.39170.80021.96471.5028-0.71914.05530.5938-0.1627-0.23350.94640.0598-1.00970.25340.6684-0.46050.99810.2072-0.29851.3429-0.11290.6849.2227-4.81315.7287
113.83521.67222.44566.34190.13852.45530.5793-0.1292-0.18430.777-0.2308-0.14570.16040.3075-0.41760.95310.0852-0.10380.9888-0.02560.52355.0054-1.648319.2801
124.2970.3941-1.544.10641.9893.9380.4361-0.33760.25460.60410.5735-0.5237-0.27430.6483-0.71521.7781-0.0358-0.33451.40770.03650.75510.9928-3.456429.2942
135.9117-0.33541.98226.48890.79843.37290.11170.60730.615-0.67540.0163-0.0516-0.76820.1597-0.03521.2116-0.10810.08780.78140.16210.7889-7.960710.5923-16.943
145.41131.68990.95628.23571.16723.0848-0.2138-0.47121.5956-0.3106-0.12331.3562-0.822-0.6079-0.10850.7680.0934-0.06450.736-0.09231.1807-15.90795.0452-8.7346
155.9338-1.29972.4374.5467-0.6035.38670.55120.06951.0411-0.6147-0.22190.3703-1.2137-0.26880.00881.1070.04640.05450.70710.07861.0326-11.895511.0307-11.3742
163.9281-1.11221.45432.7444-2.63252.498-0.29970.00380.6277-1.26020.05920.2134-1.2385-0.14390.40890.753-0.04840.05840.83650.02580.7599-3.84799.1853-7.688
173.37411.74941.02064.37350.34813.36270.4193-1.6335-0.18640.25660.1712-0.81340.23360.2215-0.16790.90370.0876-0.12131.3769-0.05910.43916.3443.030418.5209
184.83561.76820.88763.224-0.49242.0608-0.08250.2538-1.1076-0.3797-0.0003-0.283-0.27460.8917-0.13491.18910.0201-0.02411.4483-0.13730.692213.527310.03447.6043
192.3738-0.40261.25624.4774-0.54112.3995-0.03430.4810.0019-0.60080.1024-1.3468-0.45661.8765-0.31461.0248-0.09820.04931.8873-0.33610.802220.6969.287915.3643
208.32013.8175-2.06557.9605-0.56453.8111-0.2307-0.35780.46040.05090.11630.6088-0.0465-0.4320.08920.38950.042-0.04440.5475-0.12510.5532-30.929341.5719-20.427
214.9952.1583-4.51610.0263-5.65055.86290.46190.8906-0.1176-0.0401-0.01750.7857-0.1242-0.1795-0.41460.5701-0.0878-0.01560.69890.00270.5959-15.816732.0791-47.5261
227.8408-0.0057-0.49334.27192.01685.5060.3963-0.4305-0.60560.4494-0.1777-0.27540.5738-0.2242-0.16820.7877-0.1274-0.01640.61890.13440.8068-35.002420.4443-18.5374
234.9232-0.3345-4.18783.85650.36364.87-0.4734-0.1596-0.6264-0.1862-0.1422-0.21980.67190.20950.470.5657-0.081-0.18060.65950.08440.6178-14.545422.1175-36.2361
244.4816-0.65710.60478.5597-1.02295.3120.008-0.0929-0.3333-0.1355-0.4222-1.96350.5730.54130.44720.9140.01150.07680.68930.10911.0992-4.295420.2549-42.9412
258.20763.08770.51732.7355-0.96035.6380.24880.05910.24940.18610.3087-0.32290.1015-0.1707-0.43990.75340.1165-0.03850.4648-0.03130.890828.480223.468447.5253
264.27950.21990.86763.93340.20274.2621-0.08930.41110.43010.53220.5138-1.2051-0.00610.4848-0.41740.73380.1351-00.5718-0.06951.318234.270930.971845.585
274.46511.20570.98274.2857-1.11743.48710.23460.57060.2855-0.6410.3450.1553-0.69290.5504-0.47291.0187-0.2121-0.09961.2939-0.03270.710714.618534.556719.0672
283.8742-1.2776-2.54942.06952.25353.66970.88010.26980.5435-1.2212-0.1997-0.0846-0.08890.232-0.60910.9559-0.1993-0.0921.3364-0.02960.804516.744631.94912.0871
294.7304-0.43511.79616.0838-2.07942.4554-0.06920.1388-0.39770.62730.4488-0.6658-0.55450.1027-0.39370.95360.12080.08490.5801-0.06551.214734.743446.319347.473
305.20151.99364.11434.7251.97784.1575-0.52030.2839-0.00970.22040.4517-0.5873-0.6879-0.02990.14660.70420.12410.25950.63780.00170.82324.936145.64737.9047
314.98231.02072.81777.34991.41516.1101-0.5561-0.21240.2199-0.1210.00880.7955-1.1238-0.76170.65561.04040.0181-0.05811.1383-0.01250.55795.94245.949223.265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 139 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 140 through 240 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 3 through 92 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 93 through 130 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 131 through 213 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 2 through 33 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 34 through 72 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 73 through 90 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 91 through 126 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 127 through 174 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 175 through 223 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 224 through 238 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 3 through 33 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 34 through 62 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 63 through 92 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 93 through 115 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 116 through 141 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 142 through 173 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 174 through 213 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 2 through 139 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 140 through 235 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 3 through 92 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 93 through 152 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 153 through 213 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 2 through 90 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 91 through 139 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 140 through 197 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 198 through 236 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 3 through 62 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 63 through 130 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 131 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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