+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qn7 | ||||||
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Title | Structure of bovine anti-RSV hybrid Fab B4HC-B13LC | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / cattle antibodies / bovine respiratory syncytial virus / RSV / Fab / hybrid Fab | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Ren, J. / Nettleship, J.E. / Harris, G. / Mwangi, W. / Rhaman, N. / Grant, C. / Kotecha, A. / Fry, E. / Charleston, B. / Stuart, D.I. ...Ren, J. / Nettleship, J.E. / Harris, G. / Mwangi, W. / Rhaman, N. / Grant, C. / Kotecha, A. / Fry, E. / Charleston, B. / Stuart, D.I. / Hammond, J. / Owens, R.J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Mol.Immunol. / Year: 2019 Title: The role of the light chain in the structure and binding activity of two cattle antibodies that neutralize bovine respiratory syncytial virus. Authors: Ren, J. / Nettleship, J.E. / Harris, G. / Mwangi, W. / Rhaman, N. / Grant, C. / Kotecha, A. / Fry, E. / Charleston, B. / Stuart, D.I. / Hammond, J. / Owens, R.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qn7.cif.gz | 337.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qn7.ent.gz | 288.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qn7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qn7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25134.115 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22635.068 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20.0% w/v Polyethylene glycol 3350 0.2 M Ammonium Chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.96858 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96858 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→76.1 Å / Num. obs: 61135 / % possible obs: 95.7 % / Redundancy: 6.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Redundancy: 3.7 % / Num. unique obs: 2316 / CC1/2: 0.55 / % possible all: 72.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15→45.958 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→45.958 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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