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- PDB-6qj3: Crystal structure of the C. thermophilum condensin Ycs4-Brn1 subc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qj3
タイトルCrystal structure of the C. thermophilum condensin Ycs4-Brn1 subcomplex
要素
  • Brn1
  • Condensin complex subunit 1,Condensin complex subunit 1,Ycs4
  • Condensin complex subunit 2
キーワードCELL CYCLE / condensin SMC complex ATPase chromosome condensation loop extrusion
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / mitotic chromosome condensation / chromosome / cell division / chromatin binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Condensin subunit 1 / Condensin complex subunit 1, N-terminal / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1, N-term / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Condensin complex subunit 1 / Condensin complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hassler, M. / Haering, C.H. / Kschonsak, M.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2015-CoG 681365
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of an Asymmetric Condensin ATPase Cycle.
著者: Hassler, M. / Shaltiel, I.A. / Kschonsak, M. / Simon, B. / Merkel, F. / Tharichen, L. / Bailey, H.J. / Macosek, J. / Bravo, S. / Metz, J. / Hennig, J. / Haering, C.H.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Condensin complex subunit 1,Condensin complex subunit 1,Ycs4
B: Condensin complex subunit 2
C: Brn1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,9533
ポリマ－153,9533
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area51230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.615, 81.760, 132.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Condensin complex subunit 1,Condensin complex subunit 1,Ycs4


分子量: 130546.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類), (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0049230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SB82
#2: タンパク質 Condensin complex subunit 2


分子量: 21686.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0053810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SBJ6
#3: タンパク質・ペプチド Brn1


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 13% (w/v) PEG 8,000, 0.1 M ADA pH 7.1, 0.13 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→45.11 Å / Num. obs: 27912 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge F obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4321 / Rpim(I) all: 0.645 / Rrim(I) all: 1.1287

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3→45.11 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 1984 7.11 %
Rwork0.2305 --
obs0.2343 27912 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→45.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7700 0 0 0 7700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85410591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.384756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3039-3.38650.36351250.3281689X-RAY DIFFRACTION92
3.3865-3.4780.37631380.29891846X-RAY DIFFRACTION100
3.478-3.58030.34651480.2861833X-RAY DIFFRACTION100
3.5803-3.69580.31011370.26481863X-RAY DIFFRACTION100
3.6958-3.82780.34351460.24331831X-RAY DIFFRACTION100
3.8278-3.9810.25881460.22141859X-RAY DIFFRACTION100
3.981-4.16210.26011350.21121865X-RAY DIFFRACTION100
4.1621-4.38130.26041450.20051856X-RAY DIFFRACTION100
4.3813-4.65560.26341470.19841836X-RAY DIFFRACTION100
4.6556-5.01460.24831320.20791886X-RAY DIFFRACTION100
5.0146-5.51850.27281510.22651856X-RAY DIFFRACTION100
5.5185-6.31510.29751440.25481883X-RAY DIFFRACTION100
6.3151-7.94930.29611440.24641890X-RAY DIFFRACTION100
7.9493-45.11560.26751460.21221935X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.94 Å / Origin y: 48.2468 Å / Origin z: 40.8901 Å
111213212223313233
T0.4884 Å2-0.0768 Å20.0363 Å2-0.4267 Å2-0.026 Å2--0.3415 Å2
L0.4262 °20.0865 °20.1937 °2-0.6441 °20.2054 °2--0.2053 °2
S-0.042 Å °-0.0077 Å °0.1038 Å °-0.1124 Å °0.1011 Å °-0.1759 Å °0.1267 Å °0.0384 Å °0.0794 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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