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万見
- PDB-6qhd: Lysine acetylated and tyrosine phosphorylated STAT3 in a complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qhd
タイトルLysine acetylated and tyrosine phosphorylated STAT3 in a complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
  • Signal transducer and activator of transcription 3
キーワードTRANSCRIPTION / Lysine Acetylation / DNA Binding / Post Translational Modification / non canonical Amino Acid
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / radial glial cell differentiation / retinal rod cell differentiation / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration / T-helper 17 type immune response ...RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / radial glial cell differentiation / retinal rod cell differentiation / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration / T-helper 17 type immune response / Signalling to STAT3 / negative regulation of inflammatory response to wounding / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / primary miRNA binding / response to leptin / interleukin-11-mediated signaling pathway / regulation of feeding behavior / sexual reproduction / T-helper 17 cell lineage commitment / intracellular receptor signaling pathway / cellular response to interleukin-17 / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / MET activates STAT3 / interleukin-2-mediated signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / interleukin-23-mediated signaling pathway / cellular response to leptin stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / Interleukin-37 signaling / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / astrocyte differentiation / Interleukin-23 signaling / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Interleukin-15 signaling / Signaling by Leptin / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / negative regulation of glycolytic process / growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / lncRNA binding / Signaling by ALK / temperature homeostasis / eating behavior / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / phosphorylation / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Growth hormone receptor signaling / signaling adaptor activity / energy homeostasis / cellular response to hormone stimulus / Interleukin-7 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of erythrocyte differentiation / Downstream signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of autophagy / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / mRNA transcription by RNA polymerase II / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Signaling by SCF-KIT / PKR-mediated signaling / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / cytokine-mediated signaling pathway / response to peptide hormone / negative regulation of inflammatory response / defense response / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of interleukin-6 production / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / protein import into nucleus / positive regulation of angiogenesis / nuclear receptor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production
類似検索 - 分子機能
STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain ...STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / p53-like transcription factor, DNA-binding / EF-hand / Recoverin; domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Murine adenovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Arbely, E. / Belo, Y. / Shahar, A. / Zarivach, R.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation807/15 イスラエル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Unexpected implications of STAT3 acetylation revealed by genetic encoding of acetyl-lysine.
著者: Belo, Y. / Mielko, Z. / Nudelman, H. / Afek, A. / Ben-David, O. / Shahar, A. / Zarivach, R. / Gordan, R. / Arbely, E.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 3
B: Signal transducer and activator of transcription 3
C: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,5424
ポリマ－147,5424
非ポリマー00
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area56240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.491, 175.491, 79.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 136 - 715 / Label seq-ID: 10 - 589

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 3 / Acute-phase response factor


分子量: 68256.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT3, APRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40763
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 5588.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Murine adenovirus 1 (ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 5441.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Murine adenovirus 1 (ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1m Bis-Tris pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 430759 / Num. obs: 56525 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.62 % / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 10.22
反射 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 8941 / CC1/2: 0.653 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BG1

1bg1


解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 51.55 / SU ML: 0.421 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.417 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34323 2781 4.9 %RANDOM
Rwork0.29391 ---
obs0.29651 53803 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 106.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.46 Å2-0 Å20 Å2
2--4.46 Å20 Å2
3----8.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8628 732 0 89 9449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0199618
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2321.89413137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.282320400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6651050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.1624.861397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.668151672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9951548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8622.4744236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8612.4734235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3763.6925271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3763.6935272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0862.3315382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0862.3315381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0613.4567866
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.14942.21239870
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.13942.15639851
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 34448 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.607 210 -
Rwork0.536 3992 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01-0.57351.09971.1258-0.40281.27410.10980.32660.0802-0.4069-0.0532-0.0775-0.02840.1808-0.05670.61720.01050.17970.5258-0.04531.4172-13.464-44.2447.178
22.0445-0.5854-1.15131.19420.42761.36540.12060.3506-0.1001-0.442-0.07770.08710.003-0.1973-0.04290.62580.0182-0.18180.52040.04931.4083-74.307-43.4797.199
31.35340.46150.21131.44420.35442.64810.0684-0.1155-0.0007-0.47910.0709-0.2591-0.0618-0.0152-0.13930.69240.1576-0.01550.34860.05441.5992-44.764-45.983.576
41.31940.3477-0.17872.978-0.91712.72950.0983-0.0693-0.0054-0.46790.03760.26210.0873-0.012-0.13590.63860.15690.02140.3305-0.05311.5037-43.014-41.8033.635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A136 - 715
2X-RAY DIFFRACTION2B136 - 715
3X-RAY DIFFRACTION3C1001 - 1018
4X-RAY DIFFRACTION4D1001 - 1018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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