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- PDB-1bg1: TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bg1
タイトルTRANSCRIPTION FACTOR STAT3B/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / PROTEIN-DNA COMPLEX / CYTOKINE ACTIVATION / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-10 signaling / MET activates STAT3 / Interleukin-37 signaling / Signaling by ALK / PTK6 Activates STAT3 / Interleukin-21 signaling / RNA sequestering activity / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling ...STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-10 signaling / MET activates STAT3 / Interleukin-37 signaling / Signaling by ALK / PTK6 Activates STAT3 / Interleukin-21 signaling / RNA sequestering activity / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-27 signaling / Interleukin-23 signaling / retinal rod cell differentiation / Interleukin-6 signaling / radial glial cell differentiation / Interleukin-35 Signalling / Downstream signal transduction / negative regulation of primary miRNA processing / Interleukin-7 signaling / Signaling by SCF-KIT / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration / PKR-mediated signaling / T-helper 17 type immune response / negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / negative regulation of inflammatory response to wounding / primary miRNA binding / response to leptin / sexual reproduction / interleukin-11-mediated signaling pathway / regulation of feeding behavior / CCR5 chemokine receptor binding / T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to interleukin-17 / interleukin-9-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to hypoxia / interleukin-2-mediated signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of stem cell differentiation / acetylation-dependent protein binding / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to leptin stimulus / astrocyte differentiation / postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of glycolytic process / regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / temperature homeostasis / eating behavior / positive regulation of ATP biosynthetic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / cellular response to cytokine stimulus / somatic stem cell population maintenance / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to organic cyclic compound / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / signaling adaptor activity / energy homeostasis / negative regulation of autophagy / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to cytokine / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / response to ischemia / Schaffer collateral - CA1 synapse / mRNA transcription by RNA polymerase II / modulation of chemical synaptic transmission / chromatin DNA binding / response to peptide hormone / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein import into nucleus / positive regulation of angiogenesis / nuclear receptor activity / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / response to estradiol / glucose homeostasis / regulation of cell population proliferation / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphatase binding / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex
類似検索 - 分子機能
STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT3, SH2 domain / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain ...STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT3, SH2 domain / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / p53-like transcription factor, DNA-binding / EF-hand / Recoverin; domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Becker, S. / Groner, B. / Muller, C.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional structure of the Stat3beta homodimer bound to DNA.
著者: Becker, S. / Groner, B. / Muller, C.W.
履歴
登録1998年6月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6572
ポリマ－73,6572
非ポリマー00
水2,774154
1
B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B)

B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,3134
ポリマ－147,3134
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.000, 174.000, 79.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Cell settingtetragonal
Space group name H-MI41

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 5441.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 18-MER CHEMICALLY SYNTHESIZED, ACTIVE FORM IS 17-MER DUPLEX WITH OVERHANGING ENDS
#2: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B)


分子量: 68215.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42227
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.77 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein-DNA solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.074 mMprotein1drop
220 mMHEPES1drop
3200 mM1dropNaCl
410 mM1dropMgCl2
55 mMdithiothreitol1drop
60.5 mMPMSF1drop
80.1-0.4 M1reservoirNaCl
95 mM1reservoirMgSO4
7DNA duplex1drop
1050 mMMES1reservoir
110.1 Mammonium acetate1reservoir
1210 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.987
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 56005 / Num. obs: 56005 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 273455
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
SHARP位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.25→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 2881 5 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs-55978 94.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4504 360 0 154 5018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.95
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.42.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.43
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.83
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it53.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.246
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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