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- PDB-6qf5: X-Ray structure of human Aquaporin 2 crystallized on a silicon chip -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qf5
タイトルX-Ray structure of human Aquaporin 2 crystallized on a silicon chip
要素Aquaporin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human Aquaporin 2 / serial crystallography / XFEL / on-chip crystallization
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / lumenal side of membrane / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity ...cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / lumenal side of membrane / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity / metanephric collecting duct development / transport vesicle membrane / renal water homeostasis / cellular response to copper ion / actin filament organization / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. ...Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. / Burkhardt, A. / Lane, T.J. / Guenther, S. / Bergtholdt, J. / Schoen, S. / Tornroth-Horsefield, S. / Chapman, H.N. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 米国, 6件
組織認可番号国
European Research Council609920 ドイツ
European UnionHorizon 2020, No. 654220 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research05K2018-2017-06727MXD ドイツ
Swedish Research Council2010-5208 スウェーデン
Swedish Research Council2012-2849 スウェーデン
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: On-chip crystallization for serial crystallography experiments and on-chip ligand-binding studies.
著者: Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Komadina, D. / Fischer, J. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. ...著者: Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Komadina, D. / Fischer, J. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. / Burkhardt, A. / Lane, T.J. / Guenther, S. / Bergtholdt, J. / Schoen, S. / Tornroth-Horsefield, S. / Chapman, H.N. / Meents, A.
履歴
登録2019年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-2
B: Aquaporin-2
C: Aquaporin-2
D: Aquaporin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2837
ポリマ－100,9454
非ポリマー3373
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area31190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.200, 122.200, 94.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number77
Space group name H-MP42

-
要素

#1: タンパク質
Aquaporin-2 / AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD ...AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD / Water channel protein for renal collecting duct


分子量: 25236.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP2 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P41181
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M sodium chloride, 0.1M magnesium chloride, 22-25% PEG 400, cadmium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.367 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月13日 / Frequency: 120
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.367 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→37.38 Å / Num. obs: 14866 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 28.1 % / Biso Wilson estimate: 104.8 Å2 / CC1/2: 0.783 / R split: 0.437 / Net I/σ(I): 2.32
反射 シェル解像度: 3.7→3.76 Å / 冗長度: 17.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 1462 / CC1/2: 0.105 / R split: 1.538 / % possible all: 99.93
Serial crystallography measurementCollection time total: 0.5 hours / Focal spot size: 1 µm2 / Pulse duration: 60 fsec. / Pulse photon energy: 9.07 keV
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: on-chip crystallization / Motion control: Roadrunner II
Sample dehydration prevention: humidified helium stream in closed chamber
Sample holding: single crystalline silicon chip / Sample solvent: none, naked crystals / Support base: aluminum support
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 3377 / Frames total: 137476 / Lattices indexed: 2723

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155_9999精密化
Coot0.8.2モデル構築
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NEF

4nef


解像度: 3.7→33.892 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3357 1488 10.05 %
Rwork0.2818 --
obs0.2873 14805 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 232.76 Å2 / Biso mean: 105.453 Å2 / Biso min: 28.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→33.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6608 0 3 4 6615
Biso mean--130.65 77.61 -
残基数----901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7619277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041129
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4393880
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.7002-3.81940.42021270.40031110123792
3.8194-3.95580.40741320.32651219135199
3.9558-4.11390.33461320.298111921324100
4.1139-4.30080.3631400.288612171357100
4.3008-4.5270.29391370.273912141351100
4.527-4.80990.30481340.2612211355100
4.8099-5.18010.32471430.24512041347100
5.1801-5.69920.35191320.276912281360100
5.6992-6.51870.37691340.345912201354100
6.5187-8.19370.31631380.274812321370100
8.1937-33.89360.32051390.261412601399100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03330.0064-0.00950.0962-0.07940.1812-0.0459-0.04160.0361-0.2674-0.2360.0096-0.1305-0.2377-0.47531.09230.5497-0.22470.90111.5052-0.137253.578432.3754-7.3668
20.56430.1498-0.00430.42290.25690.2834-0.1107-0.0545-0.04750.0792-0.0599-0.0688-0.03420.0854-0.12540.52990.7416-0.2832.47260.22092.379827.36932.1186-1.0885
30.12180.14730.22270.1650.25910.3884-0.21420.04830.5645-0.61410.06140.9945-0.576-0.2437-0.05130.43870.11020.16130.72170.24790.877947.334325.97681.0929
40.466-0.34980.44912.79430.76880.92630.36820.070.07520.0447-0.0702-0.42820.35540.20550.31591.1906-0.01460.37380.26250.25361.750661.43336.4455.2407
50.0731-0.1275-0.28850.42680.49211.03940.19610.3216-0.0414-0.2315-0.28740.233-0.5521-0.5005-0.06321.85690.09340.26020.89150.33831.249752.188139.0467-7.4816
60.0334-0.02860.0090.0175-0.0038-0.0029-0.1318-0.18050.11820.10150.18150.1554-0.0227-0.1962-0.04491.5151.4458-0.52551.43080.49781.598432.421140.0679-8.2467
70.2231-0.1635-0.32640.4037-0.3351.72470.56060.06010.31110.18750.21910.2526-0.9407-0.05580.75270.90970.08150.12960.2803-0.29391.674846.238939.067713.152
80.1617-0.31360.05380.6086-0.08710.1926-0.0338-0.00050.14630.2256-0.0011-0.2127-0.0941-0.0397-0.0221.7937-0.1736-0.25451.5568-0.19430.536662.825219.92411.3296
90.09980.1142-0.15710.1107-0.15190.20480.2871-0.64620.61540.5530.04690.0818-1.027-1.07050.00770.81330.3044-0.05820.76440.04760.711643.521330.223710.2783
100.23980.193-0.19590.1648-0.20661.16260.16680.01610.36730.35670.6152-0.4413-0.2842-0.60530.80221.58210.0694-0.18530.48640.32371.772249.226643.13026.7968
110.49140.9707-0.03481.9165-0.0644-0.0011-0.106-0.1151-0.15850.07880.0179-0.33140.3050.5895-0.07091.9954-0.0958-0.44711.21980.0170.451171.009628.650322.5582
120.85480.22740.14841.84421.77381.8587-0.2879-0.5765-0.51661.99510.54720.79660.705-0.47340.57210.2476-0.17050.96950.6130.50191.240136.81180.162919.0754
130.4766-0.1631-0.65990.2422-0.11881.3918-0.63690.2684-0.5740.2185-0.33011.84530.2639-1.6425-0.06340.73150.04670.16571.0072-0.46231.917527.72141.28726.3438
140.3896-0.55060.12871.1818-0.22630.0414-0.62040.3711-1.26230.24270.28791.7150.0933-0.0418-0.03030.9211-0.08730.1991.2705-0.19171.460137.64823.11348.0378
150.8354-0.5351-0.29993.1121-1.50781.71450.4301-0.0254-0.62110.37110.32010.52630.3276-0.10640.880.7455-0.1386-0.2111.0557-0.32780.978137.6988-10.9984.4254
160.30370.5646-0.53291.8804-1.37941.12690.14180.5279-0.3663-0.7088-0.2408-0.20410.84590.8459-0.08240.598-0.0092-0.17691.5138-0.30910.693840.75511.1596-10.5454
170.62880.88610.02651.2927-0.20210.30920.14390.63450.8347-0.56680.26271.4421-0.064-0.50090.18610.94160.2351-0.32841.1131-0.19650.850439.35098.5698-9.7709
180.60910.2868-0.10552.84230.85041.48290.41981.28120.7965-1.3036-1.45371.339-0.9699-0.1027-2.13670.92830.6213-0.52191.2910.5495-0.049640.86918.9907-11.9557
190.54870.4523-0.3480.7424-0.08410.3934-0.2611-1.25790.71450.70450.2725-0.225-0.8946-0.40670.01381.03490.28510.16230.9265-0.1740.906247.243525.818523.8662
203.7183-0.35461.05930.5779-0.40250.50040.1999-0.5358-0.88740.5424-0.00510.9654-1.3781-0.78940.22111.77320.2380.32981.0457-0.5061.357939.824831.48829.8679
210.53510.06960.16140.2937-0.33460.5051-0.1504-0.49990.06360.60590.07220.6748-0.3746-0.99520.35510.74660.19641.26531.0839-0.72540.588939.617311.925728.8481
220.005-0.00690.00560.0049-0.00560.00650.2461-0.2091-0.24920.12010.0897-0.2630.12870.16230.00011.36290.32080.02771.2570.12751.349557.62657.048118.9016
230.3533-0.00690.10070.05450.24550.9505-0.3056-0.69790.59631.02130.29110.2887-1.0797-0.8763-0.06341.25330.36620.93660.8728-0.13671.3136.722822.795326.4644
240.0305-0.02-0.0230.2737-0.14760.2765-0.3263-0.17420.11420.1646-0.06510.1304-0.16220.0657-0.8572.66620.63411.68640.99080.49590.95144.03710.475634.5688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 32 )A5 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 40 )A33 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 63 )A41 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 83 )A64 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 84 through 107 )A84 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 108 through 117 )A108 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 118 through 148 )A118 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 149 through 159 )A149 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 160 through 179 )A160 - 179
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11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 222 through 232 )A222 - 232
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 5 through 106 )B5 - 106
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 107 through 148 )B107 - 148
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 149 through 193 )B149 - 193
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 194 through 238 )B194 - 238
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 5 through 31 )C5 - 31
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 32 through 107 )C32 - 107
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 108 through 226 )C108 - 226
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 7 through 82 )D7 - 82
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 83 through 126 )D83 - 126
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 127 through 148 )D127 - 148
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 149 through 159 )D149 - 159
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 160 through 200 )D160 - 200
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 201 through 226 )D201 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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