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- PDB-6qbu: Crystal structure of Porcine Pancreatic Elastase (PPE) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qbu
タイトルCrystal structure of Porcine Pancreatic Elastase (PPE) in complex with the 3-Oxo-beta-Sultam inhibitor LMC188
要素Chymotrypsin-like elastase family member 1
キーワードHYDROLASE / Serine Hydrolases / Pancreatic Porcine Elastase / Inhibitor / 3-Oxo-beta-Sultams / Sulfonylation
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HVZ / PHOSPHATE ION / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Brito, J.A. / Almeida, V.T. / Carvalho, L.M. / Moreira, R. / Archer, M.
資金援助 ポルトガル, 5件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT)SAICTPAC/0019/2015 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT)PTDC/BBB-BEP/2463/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT)PEst-OE/SAU/UI4013/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT)SFRH/BD/100400/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT)IF/00472/2014 ポルトガル
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: 3-Oxo-beta-sultam as a Sulfonylating Chemotype for Inhibition of Serine Hydrolases and Activity-Based Protein Profiling.
著者: Carvalho, L.A.R. / Almeida, V.T. / Brito, J.A. / Lum, K.M. / Oliveira, T.F. / Guedes, R.C. / Goncalves, L.M. / Lucas, S.D. / Cravatt, B.F. / Archer, M. / Moreira, R.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin-like elastase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6176
ポリマ－25,9291
非ポリマー6885
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.548, 57.551, 74.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elastase-1


分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase

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非ポリマー , 5種, 217分子

#2: 化合物 ChemComp-HVZ / ~{N}-[[1-[(4-chlorophenyl)methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-2-hydrosulfonyl-2-methyl-propanamide


分子量: 356.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17ClN4O3S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 70% (V/V) MPD 10 mM KPi buffer pH 5.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→45.57 Å / Num. obs: 38592 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.38→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. measured obs: 6552 / Num. unique all: 1929 / CC1/2: 0.578 / Rpim(I) all: 0.446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180409データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
STARANISO1.10.15データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PHENIX(1.13_2992: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YM9

4ym9


解像度: 1.38→45.57 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 18.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1634 1814 4.7 %
Rwork0.1332 --
obs0.1346 38592 91.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→45.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 42 212 2076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.982666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.136691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.450.26170.21311929X-RAY DIFFRACTION57.6
1.6728-1.7610.17641640.1333401X-RAY DIFFRACTION99
1.761-1.87130.16831840.12353424X-RAY DIFFRACTION99
1.8713-2.01580.16631610.11923387X-RAY DIFFRACTION98
2.0158-2.21870.15271590.11253396X-RAY DIFFRACTION98
2.2187-2.53970.15941700.11713373X-RAY DIFFRACTION97
2.5397-3.19970.13761660.13483387X-RAY DIFFRACTION96
3.1997-45.570.15011660.1363411X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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