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- PDB-6q63: BT0459 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q63
タイトルBT0459
要素Beta-hexosaminidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 20 / complex N-glycans / microbiota / bacteroidetes
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fn3 associated repeat / Fn3 associated / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain ...Fn3 associated repeat / Fn3 associated / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Basle, A. / Crouch, L. / Bolam, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M029018/1 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Complex N-glycan breakdown by gut Bacteroides involves an extensive enzymatic apparatus encoded by multiple co-regulated genetic loci.
著者: Briliute, J. / Urbanowicz, P.A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Paterson, N. / Rebello, O. / Hendel, J. / Ndeh, D.A. / Lowe, E.C. / Martens, E.C. / Spencer, D.I.R. / Bolam, D.N. / Crouch, L.I.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
B: Beta-hexosaminidase
C: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,71912
ポリマ－259,7453
非ポリマー9749
水2,540141
1
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9064
ポリマ－86,5821
非ポリマー3253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9064
ポリマ－86,5821
非ポリマー3253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9064
ポリマ－86,5821
非ポリマー3253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.842, 186.880, 242.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase


分子量: 86581.516 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: exo I_10, ERS852511_03057 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174QSL3, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 10 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→49.75 Å / Num. obs: 147443 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.551 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MrBUMP位相決定
Cootモデル構築
PARROT位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RCN

3rcn


解像度: 2.44→49.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 17.428 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23493 7654 5.2 %RANDOM
Rwork0.21068 ---
obs0.21194 139765 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.44→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17880 0 6 141 18027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01318335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01716568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.65124927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0791.57838620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96352249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80523.686936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.005153024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4041575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.22394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0220552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5623.9029008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5623.9029007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9955.85211253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9955.85211254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5473.9579327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5473.9589328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.9715.90913675
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.0343.61219114
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.02743.60519104
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 503 -
Rwork0.364 10306 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8696-0.49960.48790.7262-0.66480.80640.17090.1039-0.0483-0.2612-0.08060.02890.33190.0973-0.09030.14820.025-0.05710.04330.02480.072418.67651.554130.8414
21.8692-0.47660.10390.3507-0.26530.29740.0573-0.10240.56780.0928-0.0659-0.1879-0.07190.06840.00860.1287-0.0232-0.02480.08930.05140.31440.084467.023157.1499
30.4218-0.1035-0.39670.42391.07862.8329-0.1022-0.1039-0.17670.24240.2358-0.06480.69330.6716-0.13350.27030.18-0.02450.1958-0.06830.178751.094174.5112-0.4078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 903
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 903
3X-RAY DIFFRACTION3C24 - 903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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