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- PDB-2bnx: Crystal structure of the dimeric regulatory domain of mouse diaph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bnx
タイトルCrystal structure of the dimeric regulatory domain of mouse diaphaneous-related formin (DRF), mDia1
要素DIAPHANOUS PROTEIN HOMOLOG 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / AUTOINHIBITION / ACTIN / NUCLEATION / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron projection regeneration / multicellular organismal locomotion / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOF GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction / RHOB GTPase cycle / RHO GTPases Activate Formins ...negative regulation of neuron projection regeneration / multicellular organismal locomotion / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOF GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction / RHOB GTPase cycle / RHO GTPases Activate Formins / RHOA GTPase cycle / profilin binding / regulation of microtubule-based process / axon midline choice point recognition / brush border / synaptic vesicle endocytosis / ephrin receptor signaling pathway / actin filament polymerization / cytoskeleton organization / Neutrophil degranulation / sensory perception of sound / brain development / small GTPase binding / spindle / ruffle membrane / neuron projection development / intracellular protein localization / regulation of cell shape / presynapse / actin binding / actin cytoskeleton organization / gene expression / transmembrane transporter binding / neuron projection / centrosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formin, FH3 diaphanous domain / DRF autoregulatory / DRF Autoregulatory Domain / Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / : / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain ...Formin, FH3 diaphanous domain / DRF autoregulatory / DRF Autoregulatory Domain / Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / : / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Recoverin; domain 1 / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein diaphanous homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Otomo, T. / Otomo, C. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Rosen, M.K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of Rho Gtpase-Mediated Activation of the Formin Mdia1
著者: Otomo, T. / Otomo, C. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Rosen, M.K.
履歴
登録2005年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIAPHANOUS PROTEIN HOMOLOG 1
B: DIAPHANOUS PROTEIN HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2263
ポリマ－89,1902
非ポリマー351
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-74.7 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.365, 121.365, 95.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 DIAPHANOUS PROTEIN HOMOLOG 1 / DIAPHANOUS-RELATED FORMIN 1 / DRF1 / MDIA1 / P140MDIA


分子量: 44595.043 Da / 分子数: 2 / 断片: AMINO-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 131-516 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08808
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BINDS TO GTP-BOUND FORM OF RHO AND TO PROFILIN. ACTS IN A RHO-DEPENDENT MANNER TO RECRUIT PROFILIN ...BINDS TO GTP-BOUND FORM OF RHO AND TO PROFILIN. ACTS IN A RHO-DEPENDENT MANNER TO RECRUIT PROFILIN TO THE MEMBRANE, WHERE IT PROMOTES ACTIN POLYMERIZATION. IT IS REQUIRED FOR CYTOKINESIS, STRESS FIBER FORMATION, AND TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION OF THE SERUM RESPONSE FACTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION; PROTEIN: 11 MG/ML IN 100 MM HEPES, PH 7.25; RESERVOIR: 100 MM HEPES, PH 7.25, 9% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00691
検出器タイプ: CUSTOM / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00691 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46 Å / Num. obs: 61321 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 55.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 11.41 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 470 THROUGH 474 IN CHAIN A WERE MODELED AS ALANINES. BECAUSE SEQUENCE ASSIGNMENT WAS AMBIGUOUS DUE TO THE WEAK ELECTRON DENSITY IN THIS REGION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1542 2.5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.197 59657 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.89 Å21.44 Å20 Å2
2--2.89 Å20 Å2
3----4.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5403 0 1 249 5653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0215513
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.9737428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9555680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.36225276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.369151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.051542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.22586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.23801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2870.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8761.53526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42425474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43732210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7744.51954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.322 107
Rwork0.269 4327
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1984-0.05130.20311.40691.26754.2677-0.0469-0.1299-0.0208-0.06730.1181-0.09140.37760.4327-0.0711-0.03550.0504-0.0098-0.04680.0133-0.10085.880161.950370.1327
21.5859-0.05490.19915.42660.35033.469-0.03320.07310.0171-0.57730.0224-0.1548-0.3220.10220.01070.10970.03630.0009-0.37110.0169-0.21465.686634.699738.8424
311.38670.834820.37385.91380.606344.0766-0.7347-0.6130.3401-0.77950.49120.648-0.8845-2.81880.2435-0.00780.0181-0.0261-0.00110.0404-0.0185-14.426436.808132.2589
41.0589-0.0095-0.21771.9869-1.17653.491-0.0346-0.16130.00230.02170.06930.0968-0.1881-0.3002-0.0346-0.14160.1011-0.0247-0.1483-0.0166-0.1314-0.4439.125260.3576
52.9331.15190.10424.7204-0.79331.7391-0.11250.1598-0.0746-0.63750.0708-0.2605-0.11110.07460.04170.14660.1129-0.0093-0.2715-0.0014-0.15086.249531.658138.3441
63.7688-0.79965.67417.0412-8.09122.2912-0.48710.1970.3059-1.0520.90011.13210.0855-1.3521-0.4130.19680.0222-0.3452-0.13460.12260.0704-12.242533.951328.9427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A133 - 380
2X-RAY DIFFRACTION2A381 - 444
3X-RAY DIFFRACTION3A445 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4B133 - 370
5X-RAY DIFFRACTION5B371 - 444
6X-RAY DIFFRACTION6B445 - 477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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