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万見
- PDB-6q2i: Solution state NMR structures of the RNA recognition motif (RRM) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2i
タイトルSolution state NMR structures of the RNA recognition motif (RRM) domain of human CstF-64
要素Cleavage stimulation factor subunit 2
キーワードTRANSCRIPTION / RNA recognition motif / RNA cleavage and polyadenylation / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cleavage body / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / cellular response to nerve growth factor stimulus / nuclear body ...cleavage body / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / cellular response to nerve growth factor stimulus / nuclear body / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cleavage stimulation factor subunit 2, hinge domain / Hinge domain of cleavage stimulation factor subunit 2 / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain superfamily / Transcription termination and cleavage factor C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Cleavage stimulation factor subunit 2, hinge domain / Hinge domain of cleavage stimulation factor subunit 2 / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain superfamily / Transcription termination and cleavage factor C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage stimulation factor subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Latham, M.P. / Masoumzadeh, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM128906-01 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: A missense mutation in the CSTF2 gene that impairs the function of the RNA recognition motif and causes defects in 3' end processing is associated with intellectual disability in humans.
著者: Grozdanov, P.N. / Masoumzadeh, E. / Kalscheuer, V.M. / Bienvenu, T. / Billuart, P. / Delrue, M.A. / Latham, M.P. / MacDonald, C.C.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage stimulation factor subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0951
ポリマ－12,0951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cleavage stimulation factor subunit 2 / CF-1 64 kDa subunit / Cleavage stimulation factor 64 kDa subunit / CstF-64


分子量: 12095.447 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA recognition motif, residues 1-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSTF2 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33240

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D CBCA(CO)NH
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 980 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA Recognition Motif, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N, 13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 980 uM / 構成要素: RNA Recognition Motif / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 10 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
NMRDraw9.6Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDraw9.6Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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