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万見
- PDB-3qjm: Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qjm
タイトルStructural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands
要素
  • Beta-PIX
  • SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ domain / Protein-protein interaction / Beta-PIX
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / Neurexins and neuroligins / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / vocalization behavior ...somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / Neurexins and neuroligins / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / vocalization behavior / habituation / protein localization to synapse / ankyrin repeat binding / regulation of AMPA receptor activity / dendritic spine morphogenesis / positive regulation of dendritic spine development / social behavior / adult behavior / associative learning / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / long-term memory / ionotropic glutamate receptor binding / G protein-coupled receptor binding / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / SH3 domain binding / signaling receptor complex adaptor activity / protein-containing complex assembly / scaffold protein binding / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / PDZ domain / Pdz3 Domain / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...: / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / PDZ domain / Pdz3 Domain / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.311 Å
データ登録者Lee, J.H. / Park, H. / Park, S.J. / Kim, H.J. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: The structural flexibility of the shank1 PDZ domain is important for its binding to different ligands
著者: Lee, J.H. / Park, H. / Park, S.J. / Kim, H.J. / Eom, S.H.
履歴
登録2011年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
C: Beta-PIX
D: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6934
ポリマ－26,6934
非ポリマー00
水1,44180
1
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
C: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3462
ポリマ－13,3462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
2
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
D: Beta-PIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3462
ポリマ－13,3462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.625, 57.625, 144.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-60-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 / Shank1 / GKAP/SAPAP-interacting protein / SPANK-1 / Somatostatin receptor-interacting protein / ...Shank1 / GKAP/SAPAP-interacting protein / SPANK-1 / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTR-interacting protein / SSTRIP / Synamon


分子量: 12755.696 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Shank1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WV48
#2: タンパク質・ペプチド Beta-PIX


分子量: 590.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM sodium acetate(pH 5.5-6.0), 0.8M lithium sulfate, 0.7M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 10106 / Num. obs: 10106 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.311→25.368 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / FOM work R set: 0.8143 / SU ML: 0.25 / σ(F): 2.47 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 504 5 %RANDOM
Rwork0.2346 ---
obs0.2362 10087 89.48 %-
all-10106 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.148 Å2 / ksol: 0.418 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 74.85 Å2 / Biso mean: 25.9547 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4461 Å20 Å2-0 Å2
2--5.4461 Å20 Å2
3----10.8923 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.311→25.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1602 0 0 80 1682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1352193
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.631608
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3105-2.54290.2931160.22492200231685
2.5429-2.91040.29651240.23742378250290
2.9104-3.6650.23881320.22122499263194
3.665-25.36940.26261320.23462506263889

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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