PDB-4k44: Auto-inhibition and phosphorylation-induced activation of PLC-gam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k44

タイトル

Auto-inhibition and phosphorylation-induced activation of PLC-gamma isozymes

要素

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

キーワード

HYDROLASE / SH2 domain / PLC-gamma1

機能・相同性

機能・相同性情報

PECAM1 interactions / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / phosphatidylinositol catabolic process / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / ISG15 antiviral mechanism ...PECAM1 interactions / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / phosphatidylinositol catabolic process / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / ISG15 antiviral mechanism / Downstream signal transduction / Signaling by ALK / Generation of second messenger molecules / Role of phospholipids in phagocytosis / DAP12 signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / VEGFR2 mediated cell proliferation / calcium-dependent phospholipase C activity / inositol trisphosphate biosynthetic process / RET signaling / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / inositol trisphosphate metabolic process / response to curcumin / phosphoinositide phospholipase C / FCERI mediated MAPK activation / phosphatidylinositol metabolic process / COP9 signalosome / phospholipase C activity / neurotrophin TRKA receptor binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / clathrin-coated vesicle / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to gravity / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / glutamate receptor binding / ruffle / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / insulin receptor binding / phosphoprotein binding / response to hydrogen peroxide / calcium-mediated signaling / modulation of chemical synaptic transmission / receptor tyrosine kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / ruffle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / T cell receptor signaling pathway / in utero embryonic development / calcium ion binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / PLCG EF-hand motif 1 / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / : / PLCG EF-hand motif 2 / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Hajicek, N. / Sondek, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Autoinhibition and Phosphorylation-Induced Activation of Phospholipase C-gamma Isozymes.
著者: Hajicek, N. / Charpentier, T.H. / Rush, J.R. / Harden, T.K. / Sondek, J.

履歴

登録	2013年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月6日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4k44.ent.gz	79.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4k44_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k44_full_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示
XML形式データ	4k44_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	4k44_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/4k44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/4k44	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4k45C 3qgiS 3gqi C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2las-d 1t3x-d 6q2i-d 5lxy-1 5kxf-d 5lxy-5 1yel-d 3ia9-1 4kee-d 6mtu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (7) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (6) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

B: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

24.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.106, 53.337, 150.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 / Phosphoinositide phospholipase C-gamma-1 / Phospholipase C-gamma-1 / PLC-gamma-1 分子量: 12438.193 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal SH2 (cSH2) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Plcg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10686, phosphoinositide phospholipase C
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 / Phosphoinositide phospholipase C-gamma-1 / Phospholipase C-gamma-1 / PLC-gamma-1

分子量: 12438.193 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal SH2 (cSH2) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Plcg1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10686, phosphoinositide phospholipase C

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM MES, 200 mM ammonium acetate, 25% (w/v) PEG 4.000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→35.7 Å / Num. all: 175524 / Num. obs: 21853 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 4.7 / Observed criterion σ(I): 4.7 / R_merge(I) obs: 0.061
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.463 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QGI

3qgi

解像度: 1.7→35.7 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2225	1120	5.13 %	random
R_work	0.1821	-	-	-
obs	0.1843	21816	99.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1714	0	0	103	1817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1758
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	2360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.369	686
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	243
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	306

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6941-1.7712	0.2734	113	0.2087	2456	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7712-1.8645	0.2413	149	0.1981	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8645-1.9814	0.2208	135	0.199	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9814-2.1343	0.2395	152	0.1794	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1343-2.3491	0.239	126	0.1876	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3491-2.6889	0.2619	143	0.1912	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6889-3.3873	0.2327	146	0.1932	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3873-35.7306	0.1893	156	0.162	2727	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9174	-1.3241	0.112	8.1011	1.5164	4.7298	0.0143	-0.1302	0.14	0.3425	-0.0668	0.0614	-0.156	-0.193	0.0538	0.1296	0.0451	-0.0114	0.1497	0.002	0.147	-20.1123	11.5425	25.3165
2	2.8269	3.3706	0.1848	6.2955	-0.9655	4.7715	-0.0831	0.0772	-0.0024	-0.4559	0.0658	0.0519	-0.2644	0.1226	0.0529	0.1668	0.0674	0.0057	0.153	-0.0185	0.1111	-10.7307	4.436	14.9878
3	0.5054	1.058	0.5936	2.2368	1.4674	3.0033	0.0744	1.1481	-0.192	-0.183	-0.0609	-0.4186	-0.5703	0.3489	0.1079	0.1717	-0.0616	0.0255	0.4419	-0.0101	0.2056	-2.6703	13.0148	18.7121
4	3.5373	-0.2047	-2.0334	3.3687	-0.4194	8.4907	-0.3162	0.0474	-0.322	0.0063	0.1523	0.426	0.8898	-0.3918	0.1629	0.1786	0.0289	0.0212	0.156	0.0113	0.152	-17.9998	2.9058	26.9695
5	3.4779	-0.799	-1.1185	2.9744	-0.7233	2.9819	-0.0329	0.0059	-0.179	0.0597	0.0379	-0.4615	0.1437	0.3487	0.0041	0.1145	0.0437	0.0017	0.2334	-0.0266	0.1895	-7.8291	5.4279	25.3528
6	7.4175	-1.3663	-5.5934	2.4043	2.2808	7.876	-0.1273	-0.5764	0.124	0.208	0.2062	-0.2652	0.6546	0.5376	0.1057	0.2082	0.07	-0.0043	0.1878	0.0268	0.1956	-13.2329	3.2183	33.1472
7	3.1861	0.6816	2.6323	7.9977	-2.364	3.2659	-0.0487	-0.679	-0.2901	0.5577	-0.0322	-0.0253	0.4909	0.7654	0.186	0.2926	0.087	0.005	0.3997	0.0371	0.1237	-12.8498	7.6783	40.981
8	7.1418	0.594	-0.1255	4.4703	-0.2247	5.4539	0.2497	0.0435	0.1766	0.1639	-0.2935	-0.1479	-0.5163	0.2795	0.0598	0.1996	-0.0035	-0.0365	0.1416	-0.0039	0.1052	-7.0016	12.3651	33.7803
9	2.7696	-2.8281	0.8041	3.0414	-1.4271	2.6883	0.0298	0.4786	0.3589	0.0404	-0.1651	-0.1216	-0.1973	0.6078	-0.1575	0.1534	-0.0043	-0.0307	0.2676	0.0081	0.1792	-6.5649	14.1906	23.8905
10	1.8457	1.798	1.6895	2.1407	1.5365	3.8094	0.0712	0.4569	-0.7012	0.0082	0.0046	0.1727	0.1776	0.132	-0.5255	1.0157	0.1712	-0.2485	0.9813	0.0497	0.6626	-22.138	8.0004	7.9275
11	2.9876	-0.2537	1.3591	3.5837	-0.5265	4.5696	-0.0661	-0.0492	0.0726	0.0489	0.1249	0.0076	-0.1061	-0.2323	-0.0256	0.1446	0.0574	0.0099	0.0951	-0.0063	0.1295	-34.2377	23.1442	12.5493
12	5.3075	1.405	-0.0392	1.0926	-0.1102	2.326	-0.0142	-0.5629	-0.335	0.3326	0.0585	0.1975	0.0527	-0.2729	0.0204	0.1774	0.0907	0.0048	0.1772	0.0112	0.159	-28.0962	12.8536	22.7124
13	1.2327	1.8199	2.708	2.9628	4.2272	6.1391	-0.1284	-0.8051	-0.66	1.2015	-0.1303	0.1583	1.3541	-0.6027	0.2722	0.4047	-0.0219	0.056	0.2637	0.0552	0.2887	-37.2693	5.9897	18.9756
14	4.2654	0.7073	-2.8075	4.7553	-2.2015	6.1227	0.1645	-0.296	0.4807	-0.016	-0.2484	-0.268	-0.0644	0.8393	0.0644	0.1442	0.0304	0.0057	0.1982	0.0356	0.1926	-25.3287	20.2543	10.7619
15	3.1254	-1.4538	0.2443	5.6802	-3.0876	5.1425	-0.0285	-0.0175	-0.4902	-0.272	-0.0917	-0.1706	0.5615	0.0716	0.1062	0.1957	0.0535	0.0001	0.1639	0.0287	0.2099	-27.0281	12.0498	10.2461
16	3.7754	2.1871	1.3164	3.3153	0.9434	0.475	-0.1666	0.4494	-0.2529	-0.6222	0.2276	-0.353	0.5996	0.3781	-0.0535	0.3467	0.0497	0.0643	0.1762	-0.0022	0.1397	-29.5153	17.5712	-2.9728
17	3.1197	1.0047	-0.5359	7.5364	-0.1787	2.1463	-0.1257	0.0245	-0.3498	-0.157	0.2328	0.1657	0.8035	-0.2553	-0.16	0.3105	-0.0441	0.0049	0.1311	0.0136	0.1605	-36.3424	9.2163	4.5414
18	6.6944	-0.5988	-2.8585	5.1379	-4.2452	5.2049	-0.0372	0.1131	-0.4396	-0.3157	0.1737	-0.2422	0.7439	-0.8348	-0.0719	0.1764	-0.0422	0.0094	0.1599	0.0012	0.2107	-39.5966	10.2119	14.2225
19	4.1054	4.2035	5.6625	4.3979	5.6442	8.0603	0.6532	-0.4473	-0.2135	0.6957	0.2439	-1.2587	0.1091	0.3739	-0.8361	0.5224	0.0718	-0.0403	0.5535	-0.106	0.4757	-32.1386	23.4656	28.1292

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 661 through 674 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 675 through 684 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 685 through 690 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 691 through 700 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 701 through 710 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 711 through 726 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 727 through 733 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 734 through 748 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 749 through 758 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 759 through 764 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 661 through 674 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 675 through 684 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 685 through 690 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 691 through 700 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 701 through 720 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 721 through 733 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 734 through 751 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 752 through 756 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 757 through 765 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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