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万見
- PDB-2las: Molecular Determinants of Paralogue-Specific SUMO-SIM Recognition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2las
タイトルMolecular Determinants of Paralogue-Specific SUMO-SIM Recognition
要素
  • M-IR2_peptide
  • Small ubiquitin-related modifier 1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RanBP2 / post-translational modification (翻訳後修飾)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic periphery of the nuclear pore complex / SUMO ligase activity / SUMO ligase complex / negative regulation of transcription by transcription factor localization / annulate lamellae / SUMOylation of nuclear envelope proteins / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / SUMO is proteolytically processed / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) ...cytoplasmic periphery of the nuclear pore complex / SUMO ligase activity / SUMO ligase complex / negative regulation of transcription by transcription factor localization / annulate lamellae / SUMOylation of nuclear envelope proteins / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / SUMO is proteolytically processed / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / nuclear stress granule / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / negative regulation of action potential / nuclear pore cytoplasmic filaments / small protein activating enzyme binding / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / SUMOylation of DNA methylation proteins / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of immune response proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Maturation of nucleoprotein / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / 核外搬出シグナル / Nuclear import of Rev protein / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / SUMO transferase activity / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / Maturation of nucleoprotein / nucleocytoplasmic transport / centrosome localization / Viral Messenger RNA Synthesis / NLS-bearing protein import into nucleus / regulation of gluconeogenesis / negative regulation of protein import into nucleus / ubiquitin-specific protease binding / roof of mouth development / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of DNA binding / Vpr-mediated nuclear import of PICs / ubiquitin-like protein ligase binding / SUMOylation of DNA replication proteins / protein sumoylation / transcription factor binding / SUMOylation of transcription factors / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / potassium channel regulator activity / mRNA transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Regulation of IFNG signaling / 核膜孔 / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / cellular response to cadmium ion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / response to amphetamine / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / HCMV Late Events / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of protein-containing complex assembly / Transcriptional regulation by small RNAs / SUMOylation of intracellular receptors / PKR-mediated signaling / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / PML body / protein tag activity / ISG15 antiviral mechanism / small GTPase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / regulation of protein localization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / フォールディング / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 核膜 / cellular response to heat / snRNP Assembly / 核膜 / protein stabilization / nuclear body / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding
類似検索 - 分子機能
Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Small ubiquitin-related modifier 1, Ubl domain / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like ...Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Small ubiquitin-related modifier 1, Ubl domain / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 SUMO-protein ligase RanBP2 / Small ubiquitin-related modifier 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Namanja, A. / Li, Y. / Su, Y. / Wong, S. / Lu, J. / Colson, L. / Wu, C. / Li, S. / Chen, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Insights into High Affinity Small Ubiquitin-like Modifier (SUMO) Recognition by SUMO-interacting Motifs (SIMs) Revealed by a Combination of NMR and Peptide Array Analysis.
著者: Namanja, A.T. / Li, Y.J. / Su, Y. / Wong, S. / Lu, J. / Colson, L.T. / Wu, C. / Li, S.S. / Chen, Y.
履歴
登録2011年3月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small ubiquitin-related modifier 1
B: M-IR2_peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1922
ポリマ－13,1922
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Small ubiquitin-related modifier 1 / SUMO-1 / GAP-modifying protein 1 / GMP1 / SMT3 homolog 3 / Sentrin / Ubiquitin-homology domain ...SUMO-1 / GAP-modifying protein 1 / GMP1 / SMT3 homolog 3 / Sentrin / Ubiquitin-homology domain protein PIC1 / Ubiquitin-like protein SMT3C / Smt3C / Ubiquitin-like protein UBL1


分子量: 11575.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OK/SW-cl.43, SMT3C, SMT3H3, SUMO1, UBL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63165
#2: タンパク質・ペプチド M-IR2_peptide


分子量: 1616.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49792*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(COCA)CB
1313D HN(CA)CB
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1623D 15N-edited NOESYHSQC
1722D 1H-1H TOCSY
1822D 1H-1H NOESY
1932D 1H-13C HSQC aliphatic
11032D 1H-13C HSQC aromatic
11132D 1H-1H TOCSY
11232D 1H-1H TOCSY
11332D 1H-13C HSQC-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] SUMO1, 1.0 mM M-IR2 peptide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-15N]; perdeuterated SUMO1, 0.6 mM M-IR2 peptide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM [U-15N; U-2H] SUMO1, 0.4 mM M-IR2 peptide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMSUMO1-1[U-13C; U-15N; U-2H]1
1.0 mMM-IR2 peptide-21
0.5 mMSUMO1-3[U-15N]; perdeuterated2
0.6 mMM-IR2 peptide-42
0.6 mMSUMO1-5[U-15N; U-2H]3
0.4 mMM-IR2 peptide-63
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Brukercollection
TopSpin2.1Bruker解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
HADDOCK2Bonvin構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readデータ解析
HADDOCKBonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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