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Yorodumi- PDB-6ey2: Crystal structure of XIAP-BIR3 in complex with a cIAP1-selective SM -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ey2 | ||||||
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Title | Crystal structure of XIAP-BIR3 in complex with a cIAP1-selective SM | ||||||
Components | E3 ubiquitin-protein ligase XIAP | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Zinc finger motif / smac-mimetic / protein-ligand complex / BIR domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway ...endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / regulation of innate immune response / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of PTEN localization / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Cossu, F. / Corti, A. / Milani, M. / Mastrangelo, E. | ||||||
Funding support | Italy, 1items
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Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2018 Title: Structure-based design and molecular profiling of Smac-mimetics selective for cellular IAPs. Authors: Corti, A. / Milani, M. / Lecis, D. / Seneci, P. / de Rosa, M. / Mastrangelo, E. / Cossu, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ey2.cif.gz | 190.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ey2.ent.gz | 149.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ey2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6ey2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6ey2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6exwC 3clxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: 0
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