PDB-6q1j: Antibody H2227 from the human antibody lineage 652

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q1j

タイトル

Antibody H2227 from the human antibody lineage 652

要素

Fab heavy chain
Fab lambda light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.703 Å

データ登録者

McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. / Raymond, D.D.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI089618	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI117892	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Affinity maturation in a human humoral response to influenza hemagglutinin.
著者: McCarthy, K.R. / Raymond, D.D. / Do, K.T. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2019年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q1j.cif.gz	176.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q1j.ent.gz	141.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q0eC 6q0hC 6q0iC 6q0lC 6q0oC 6q18C 6q19C 6q1aC 6q1eC 6q1gC 6q1kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mns-1 1acy-d 6q19-d 4jn1-d 4m61-2 6cdp-d 1mjj-1 6q1k-d 3e8u-d 5eoc-1 4xbe-d 3cfb-1 5mp5-4 4k3d-2 6bzw-4 5vh4-2 6srv-1 4jzo-2 4qt5-2 2gsi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab heavy chain

L: Fab lambda light chain

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.300, 69.380, 142.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 25679.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab lambda light chain 分子量: 22774.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 100mM ammonium sulfate, 40% (v/v) PEG 400, 100mM sodium citrate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→44.691 Å / Num. obs: 15536 / % possible obs: 95.77 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1392 / Net I/σ(I): 13.65
反射シェル	解像度: 2.7→44.18 Å / R_merge(I) obs: 0.9699 / Num. unique obs: 1530 / CC_1/2: 0.703 / % possible all: 95.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.703→44.691 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2456	763	4.91 %
R_work	0.2252	-	-
obs	0.2263	15530	95.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.54 Å² / B_iso mean: 42.7153 Å² / B_iso min: 24.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.703→44.691 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3298	0	0	0	3298
残基数	-	-	-	-	443

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7032-2.9119	0.404	174	0.3404	2935	98
2.9119-3.2048	0.2789	165	0.2589	2983	99
3.2048-3.6684	0.2574	144	0.2466	2969	97
3.6684-4.621	0.2018	149	0.1873	2923	95
4.621-44.691	0.2066	131	0.197	2957	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2092	0.1161	-0.313	0.1826	-0.3235	0.7064	-0.0721	0.6197	-0.5391	-0.236	0.1024	-0.5735	0.2116	0.0956	-0.0217	0.3786	-0.0109	-0.0042	0.4741	-0.02	0.5479	4.8641	-1.651	-12.7959
2	0.8208	0.1291	0.482	1.4363	0.6292	0.6624	0.1342	0.0525	-0.3373	0.1069	-0.2179	0.1603	0.2414	-0.0365	0	0.2957	-0.0255	0.0041	0.394	0.0184	0.36	7.1679	0.761	-1.2727
3	0.1766	0.09	0.067	0.2861	0.0162	0.5484	-0.0934	-0.2285	-0.8036	0.0065	-0.0515	-0.2054	0.449	0.0454	-0.0156	0.4313	-0.0105	-0.0675	0.4168	0.1017	0.5552	7.4147	-6.8324	-3.5768
4	0.5381	-0.0115	0.7836	0.6405	1.2837	0.4803	-0.0648	-0.2475	-0.0948	0.0547	0.0456	0.0858	0.1146	-0.1348	0.0014	0.263	-0.0354	-0.0245	0.4147	0.0679	0.3221	8.7933	6.3873	2.7351
5	1.5931	-0.7994	0.09	0.3554	-0.0049	0.1728	-0.4981	-0.3495	-0.1602	-0.0927	0.1306	0.1155	-0.396	-0.1333	-0.0608	0.4747	-0.1164	0.0324	0.3951	-0.1063	0.3234	-2.4015	0.8256	-19.9158
6	0.3241	-0.4498	1.0418	2.0193	0.3035	0.6631	0.1674	0.0111	0.302	-0.2207	-0.0367	0.1077	0.041	0.0898	0	0.4821	-0.0311	-0.0097	0.3525	-0.0042	0.3519	2.9512	14.2929	-32.8931
7	2.2341	-0.1005	0.5207	0.6818	1.0065	1.4837	0.5452	-0.109	0.0443	-0.5563	-0.3227	-0.1844	0.6002	0.2217	0.4719	0.5357	0.1009	0.0639	0.2947	-0.031	0.321	8.5192	7.6324	-36.385
8	1.0412	-1.2009	0.0816	0.6803	0.3876	0.4727	-0.0732	-0.3399	0.0543	0.7147	0.0812	0.1338	-0.2913	-0.0963	-0.0006	0.4296	0.0288	-0.0142	0.3892	0.0527	0.3933	0.0717	23.6727	3.8392
9	1.8601	-1.261	1.2058	1.6662	0.2152	1.1968	-0.1479	-0.0732	0.1037	0.1104	0.0505	-0.103	-0.1196	-0.0784	-0.0001	0.2801	-0.0113	-0.0149	0.3585	0.018	0.3217	8.722	20.0867	1.3891
10	0.2789	-0.4	0.0957	0.5934	-0.0474	0.8948	0.0865	0.0345	-0.0278	-0.3162	0.0624	0.1229	0.0599	0.1336	0.1499	0.3984	-0.0189	-0.0792	0.3218	-0.0058	0.3948	-1.7503	20.1234	-25.4958
11	0.563	-0.7226	-0.8002	2.0106	0.1786	1.6974	-0.0027	-0.0862	-0.0996	-0.379	0.0406	0.4349	0.0788	-0.1892	0.0176	0.407	-0.0457	-0.1028	0.338	0.0178	0.3635	-8.9532	23.533	-34.06

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 18 through 64 )	H	18 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 65 through 83 )	H	65 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 84 through 120 )	H	84 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 121 through 136 )	H	121 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 137 through 205 )	H	137 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 206 through 231 )	H	206 - 231
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 1 through 29 )	L	1 - 29
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 30 through 97 )	L	30 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 98 through 132 )	L	98 - 132
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 133 through 212 )	L	133 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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