PDB-6q1g: Human antibody H1244 of the human antibody lineage 652

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q1g

タイトル

Human antibody H1244 of the human antibody lineage 652

要素

H1244 Fab heavy chain
H1244 Fab lambda chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI089618	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI117892	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Affinity maturation in a human humoral response to influenza hemagglutinin.
著者: McCarthy, K.R. / Raymond, D.D. / Do, K.T. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2019年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q1g.cif.gz	190 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q1g.ent.gz	148.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q0eC 6q0hC 6q0iC 6q0lC 6q0oC 6q18C 6q19C 6q1aC 6q1eC 6q1jC 6q1kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mjj-1 6c5i-d 5tpl-d 6q1k-d 4qt5-2 4f57-d 3u36-4 1kcr-d 4jn1-d 5ig7-3 1q72-d 4kte-d 3fzu-1 5y2k-2 6mqs-2 6xun-1 5eor-d 3ujt-1 5vz1-2 1acy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: H1244 Fab lambda chain

H: H1244 Fab heavy chain

ヘテロ分子

49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.140, 67.470, 95.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	H1244 Fab lambda chain 分子量: 23074.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	H1244 Fab heavy chain 分子量: 25866.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→42.612 Å / Num. obs: 44531 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06771 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / R_merge(I) obs: 1.225 / Num. unique obs: 4380 / CC_1/2: 0.66 / % possible all: 99.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→42.612 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	2178	4.89 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.1809	44514	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.29 Å² / B_iso mean: 31.2986 Å² / B_iso min: 15.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→42.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3303	0	18	453	3774
B_iso mean	-	-	57.33	40.65	-
残基数	-	-	-	-	442

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.75-1.788	0.3287	144	0.302	2572
1.788-1.8295	0.3314	128	0.2737	2636
1.8295-1.8753	0.2756	125	0.242	2619
1.8753-1.926	0.231	134	0.2133	2600
1.926-1.9827	0.197	133	0.1939	2635
1.9827-2.0467	0.2389	133	0.1898	2609
2.0467-2.1198	0.2507	116	0.1903	2636
2.1198-2.2047	0.2367	138	0.1848	2614
2.2047-2.305	0.2014	149	0.1867	2600
2.305-2.4265	0.2311	122	0.1875	2650
2.4265-2.5786	0.2059	138	0.1926	2649
2.5786-2.7776	0.2052	151	0.1918	2634
2.7776-3.0571	0.2118	153	0.1847	2652
3.0571-3.4992	0.206	127	0.1704	2688
3.4992-4.408	0.1654	150	0.1493	2694
4.408-42.612	0.1879	137	0.1618	2848

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0063	0.3508	0.0898	0.2401	0.2826	0.6033	-0.0465	-0.1899	0.65	-0.0057	-0.0434	0.1451	-0.1532	-0.2957	-0.1217	0.2637	0.0123	0.0027	0.2579	0.0879	0.33	-18.9319	-11.0794	12.1063
2	2.4036	0.2157	-0.0671	0.6887	0.2136	0.9684	-0.023	0.2858	0.2365	-0.135	0.0431	0.0487	0.0956	-0.1155	0.0001	0.259	0.0074	0.0121	0.2315	0.0398	0.1926	-12.0865	-18.2646	9.3071
3	0.2933	-0.2968	-0.1587	0.4898	-0.01	0.4229	0.0467	0.0346	-0.0647	0.0092	0.0171	-0.0016	0.0942	0.0716	0.0002	0.1895	-0.0073	0.0048	0.2256	-0.0044	0.2144	-9.441	-13.7748	48.7445
4	0.9845	-0.2726	-0.1232	0.5649	-0.2682	0.8705	-0.0184	-0.0558	0.0008	-0.0124	0.0386	-0.0292	-0.078	-0.0445	0	0.187	0.001	-0.0045	0.1955	-0.0293	0.2095	-13.117	-7.9036	47.2343
5	1.6126	1.131	0.1205	1.513	0.8821	2.4819	0.1087	-0.0815	-0.04	-0.0178	-0.0397	-0.1509	0.2001	0.393	0.0006	0.2472	0.0576	0.0099	0.2415	0.0075	0.2087	8.2404	-20.0738	13.6674
6	0.4299	-0.2037	-0.2849	0.1147	0.0872	0.266	0.0526	0.1459	-0.0457	-0.0535	0.0474	-0.0439	0.0299	0.2937	0.0001	0.3184	-0.0063	0.015	0.2383	0.0138	0.2279	1.8853	-20.3457	17.3647
7	0.1237	-0.1482	-0.0009	0.1375	-0.0395	0.0299	0.24	-0.2134	0.114	0.2789	-0.1633	0.3048	0.0874	-0.0702	0.0071	0.2408	-0.0575	0.0956	0.2721	-0.0507	0.3634	-10.095	-21.5382	51.3444
8	1.1065	-0.4434	-0.1999	0.7227	-0.4372	0.7526	-0.0671	-0.0299	-0.1227	0.0087	0.0639	0.0918	0.0334	0.0071	-0.0001	0.1855	-0.017	0.0113	0.1836	-0.0209	0.2092	-1.8766	-22.3063	44.0166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 3 through 17 )	L	3 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 18 through 109 )	L	18 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 110 through 132 )	L	110 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 133 through 212 )	L	133 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 1 through 109 )	H	1 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 110 through 136 )	H	110 - 136
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 137 through 151 )	H	137 - 151
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 152 through 232 )	H	152 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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