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- PDB-6pyc: Structure of kappa-on-heavy (KoH) antibody Fab bound to the cardi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pyc
タイトルStructure of kappa-on-heavy (KoH) antibody Fab bound to the cardiac hormone marinobufagenin
要素
  • (KoH body Fab ...) x 2
  • (anti-kappa antibody Fab ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Marinobufagenin / antibody engineering / Bence-Jones dimer
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-P4S
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Franklin, M.C. / Macdonald, L.E. / McWhirter, J. / Murphy, A.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Kappa-on-Heavy (KoH) bodies are a distinct class of fully-human antibody-like therapeutic agents with antigen-binding properties.
著者: Macdonald, L.E. / Meagher, K.A. / Franklin, M.C. / Levenkova, N. / Hansen, J. / Badithe, A.T. / Zhong, M. / Krueger, P. / Rafique, A. / Tu, N. / Shevchuk, J. / Wadhwa, S. / Ehrlich, G. / ...著者: Macdonald, L.E. / Meagher, K.A. / Franklin, M.C. / Levenkova, N. / Hansen, J. / Badithe, A.T. / Zhong, M. / Krueger, P. / Rafique, A. / Tu, N. / Shevchuk, J. / Wadhwa, S. / Ehrlich, G. / Bautista, J. / Grant, C. / Esau, L. / Poueymirou, W.T. / Auerbach, W. / Morton, L. / Babb, R. / Chen, G. / Huang, T. / MacDonald, D. / Graham, K. / Gurer, C. / Voronina, V.A. / McWhirter, J.R. / Guo, C. / Yancopoulos, G.D. / Murphy, A.J.
履歴
登録2019年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: KoH body Fab heavy chain
L: KoH body Fab light chain
A: anti-kappa antibody Fab heavy chain
B: anti-kappa antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4067
ポリマ－94,5094
非ポリマー8973
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, Anti-kappa antibody is a crystallization aid, not required for the KoH Fab binding to marinobufagenin.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.483, 128.483, 333.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 HLAB

#1: 抗体 KoH body Fab heavy chain


分子量: 23150.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 KoH body Fab light chain


分子量: 23586.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 anti-kappa antibody Fab heavy chain


分子量: 23943.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 anti-kappa antibody Fab light chain


分子量: 23828.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-P4S / (3beta,5beta,14alpha,15beta)-3,5-dihydroxy-14,15-epoxybufa-20,22-dienolide / マリノブファゲニン


分子量: 400.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid; 0.8 M ammonium sulfate; pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→100 Å / Num. obs: 15341 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.32 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 1.118 / Num. unique obs: 766 / CC1/2: 0.539 / Rpim(I) all: 0.452 / Rrim(I) all: 1.215 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHY, 5DQD, 4LRN, 1EEQ, 4WCY

4yhy

5dqd

4lrn

1eeq

4wcy


解像度: 3.6→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / WRfactor Rfree: 0.2691 / WRfactor Rwork: 0.2232 / FOM work R set: 0.7847 / SU B: 84.457 / SU ML: 0.565 / SU R Cruickshank DPI: 0.607 / SU Rfree: 0.7491 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.749 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2871 711 4.8 %RANDOM
Rwork0.2339 ---
obs0.2364 14000 88.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 226.81 Å2 / Biso mean: 92.198 Å2 / Biso min: 47.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å20 Å20 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3---3.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6475 0 63 0 6538
Biso mean--73.18 --
残基数----843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0136712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.6639163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2151.58514055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6715837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0122.852291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.483151066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7071528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6054.6063366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6054.6063365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.096.9094197
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 47 -
Rwork0.343 882 -
all-929 -
obs--77.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.80713.21950.81594.98810.00665.23040.6044-0.6923-0.59581.0401-0.3956-0.3880.22120.0511-0.20890.4003-0.0691-0.07280.11870.01880.456928.421112.36572.395
23.7490.5722-0.55695.4914-1.26589.8783-0.1375-0.05670.25170.41470.1172-0.1551-0.1706-0.05370.02030.09750.1292-0.11530.2921-0.11470.306646.096143.60272.533
31.48181.5968-0.225310.94010.99364.7835-0.02330.28540.1407-0.25770.17870.3252-0.07440.0614-0.15540.01190.0097-0.03760.12450.00440.328222.947121.64152.428
48.007-0.71024.11751.0928-0.19746.0190.08150.3255-0.10660.060.0637-0.3870.37750.5899-0.14520.12490.08290.05470.1084-0.04010.405852.708139.11757.541
54.03550.5673-1.03564.13520.46886.2780.2350.54580.4954-0.3604-0.1528-0.478-0.47990.7328-0.08220.26110.0196-0.05060.34760.15990.572942.862159.50137
65.50593.44023.38582.23991.91492.902-0.0626-0.21.09490.1961-0.23450.6594-1.1022-0.28610.2971.67540.24220.09471.02660.41351.464628.307177.94516.487
76.164-0.62210.99224.8384-1.19937.22730.24140.7203-0.5376-0.85910.03160.1030.2851-0.3401-0.2730.35890.05270.00880.3875-0.07050.196628.244144.55227.486
83.98691.85830.46121.71462.01763.9126-0.52181.09360.8915-0.80440.50230.3979-1.1660.26970.01951.41770.5001-0.0261.67890.50630.715527.118171.5631.196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H2 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2H113 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4L108 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6A119 - 218
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8B108 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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