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- PDB-4r8w: Crystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r8w
タイトルCrystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in complex with a neutralizing antibody CT149
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • Heavy chain of neutralizing antibody CT149
  • Light chain of neutralizing antibody CT149
キーワードIMMUNE SYSTEM / Influenza A Virus / Hemagglutinin / neutralizing antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.795 Å
データ登録者Wu, Y. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: A potent broad-spectrum protective human monoclonal antibody crosslinking two haemagglutinin monomers of influenza A virus
著者: Wu, Y. / Cho, M. / Shore, D. / Song, M. / Choi, J. / Jiang, T. / Deng, Y.Q. / Bourgeois, M. / Almli, L. / Yang, H. / Chen, L.M. / Shi, Y. / Qi, J. / Li, A. / Yi, K.S. / Chang, M. / Bae, J.S. ...著者: Wu, Y. / Cho, M. / Shore, D. / Song, M. / Choi, J. / Jiang, T. / Deng, Y.Q. / Bourgeois, M. / Almli, L. / Yang, H. / Chen, L.M. / Shi, Y. / Qi, J. / Li, A. / Yi, K.S. / Chang, M. / Bae, J.S. / Lee, H. / Shin, J. / Stevens, J. / Hong, S. / Qin, C.F. / Gao, G.F. / Chang, S.J. / Donis, R.O.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Heavy chain of neutralizing antibody CT149
L: Light chain of neutralizing antibody CT149
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2907
ポリマ－103,6274
非ポリマー6643
水45025
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Heavy chain of neutralizing antibody CT149
L: Light chain of neutralizing antibody CT149
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Heavy chain of neutralizing antibody CT149
L: Light chain of neutralizing antibody CT149
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Heavy chain of neutralizing antibody CT149
L: Light chain of neutralizing antibody CT149
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,87121
ポリマ－310,88012
非ポリマー1,9919
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.856, 126.856, 409.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-601-

HOH

21B-602-

HOH

31B-603-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 34993.559 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Anhui/1-BALF_RG45/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A024E3P0
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20442.463 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 340-516 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Anhui/1-BALF_RG45/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A024E3P0, UniProt: A0A024E2M1*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 Heavy chain of neutralizing antibody CT149


分子量: 24429.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 抗体 Light chain of neutralizing antibody CT149


分子量: 23761.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 28分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 30% v/v PEG 4000, 60mM Divalents, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.795→50 Å / Num. all: 31761 / Num. obs: 31761 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 66.4 Å2
反射 シェル解像度: 2.795→2.9 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4KOL and 4DN3

4kol

4dn3


解像度: 2.795→48.405 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 1606 5.06 %RANDOM
Rwork0.2624 ---
all0.265 31755 --
obs0.265 31755 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.795→48.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5608 0 42 25 5675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.787804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4422101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031025
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7949-2.88510.36951380.3007269898
2.8851-2.98820.36151340.30362709100
2.9882-3.10780.34381500.29152726100
3.1078-3.24930.29871400.29022737100
3.2493-3.42050.3261570.27752707100
3.4205-3.63480.31931490.27112735100
3.6348-3.91530.33921520.25682733100
3.9153-4.30910.28311520.23662752100
4.3091-4.93210.26251340.2413273399
4.9321-6.21180.34081560.2592278599
6.2118-48.41270.29711440.2628283497
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 55.7892 Å / Origin y: -16.1559 Å / Origin z: -21.1885 Å
111213212223313233
T0.3915 Å2-0.0004 Å2-0.0578 Å2-0.3307 Å2-0.006 Å2--0.4178 Å2
L0.3599 °2-0.0933 °2-0.0603 °2-0.2062 °20.1215 °2--0.1572 °2
S-0.1043 Å °0.0805 Å °0.0479 Å °-0.0484 Å °-0.0807 Å °0.0506 Å °-0.0562 Å °0.0251 Å °-0.0259 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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