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- PDB-6ptp: Joint X-ray/neutron structure of HIV-1 protease triple mutant (V3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ptp
タイトルJoint X-ray/neutron structure of HIV-1 protease triple mutant (V32I,I47V,V82I) with tetrahedral intermediate mimic KVS-1
要素HIV-1 Protease
キーワードHYDROLASE / HIV-1 protease / aspartic protease / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Chem-KVS / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kovalevsky, A. / Das, A.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2020
タイトル: Visualizing Tetrahedral Oxyanion Bound in HIV-1 Protease Using Neutrons: Implications for the Catalytic Mechanism and Drug Design.
著者: Kumar, M. / Mandal, K. / Blakeley, M.P. / Wymore, T. / Kent, S.B.H. / Louis, J.M. / Das, A. / Kovalevsky, A.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 Protease
B: HIV-1 Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3103
ポリマ－21,5092
非ポリマー8011
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.497, 87.400, 46.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 Protease


分子量: 10754.703 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A, V32I, I47V and V82I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SSI0
#2: 化合物 ChemComp-KVS / N~2~-[(2R,5S)-5-({(2S,3S)-2-[(N-acetyl-L-threonyl)amino]-3-methylpent-4-enoyl}amino)-2-butyl-4,4-dihydroxynonanoyl]-L-glutaminyl-L-argininamide


分子量: 800.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H68N10O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, 1.0 M NaCl, pH 6.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来ビームラインタイプID波長波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.541.54
NUCLEAR REACTORLADI III22.80-4.02.80-4.0
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2016年10月5日osmic varimax
MAATEL2IMAGE PLATE2016年10月5日collimators
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
22.81
341
反射

Entry-ID: 6PTP

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.85-402094297.63.90.049125.3
2.2-40966677.33.10.16927.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.85-1.923.80.4893196
2.2-2.323.20.3273.4264.6

-
解析

ソフトウェア名称: nCNS / バージョン: 1.0.0 / 分類: 精密化
精密化

% reflection Rfree: 5 % / R Free selection details: RANDOM / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: JOINT X-RAY/NEUTRON ML

開始モデル解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-IDIsotropic thermal model
3DCR

3dcr

1.85-40X-RAY DIFFRACTION76.8727.186.860.2170.1929321884787.61
2.2-40NEUTRON DIFFRACTION0.2570.234429884067.92NULL
Refine analyze
Refine-ID#notag 0
X-RAY DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.230.2
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.130.13
Luzzati d res high-1.85
NEUTRON DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.360.31
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.530.44
Luzzati d res high-2.21
Refine funct minimized
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron ML
NEUTRON DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron ML
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 56 104 1674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg18.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.11
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.017
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg1
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_deg18.2
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.11
LS精密化 シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.85-1.940.266950.2251465X-RAY DIFFRACTION0.0312645153458
1.94-2.040.211125.40.1971954X-RAY DIFFRACTION0.022652206677.9
2.04-2.160.2521044.60.2062144X-RAY DIFFRACTION0.0252636224885.3
2.16-2.330.2161325.60.2042238X-RAY DIFFRACTION0.0192649237089.4
2.33-2.570.2231174.80.2132333X-RAY DIFFRACTION0.0212672245091.7
2.57-2.940.2591154.50.2182432X-RAY DIFFRACTION0.0242691254794.6
2.94-3.70.2511264.80.192520X-RAY DIFFRACTION0.0222712264697.5
3.7-36.820.1731455.40.1642540X-RAY DIFFRACTION0.0142853268594.1
2.21-2.310.412435.50.357739NEUTRON DIFFRACTION0.063156278250.1
2.31-2.430.365394.70.334798NEUTRON DIFFRACTION0.058155083754
2.43-2.590.336374.10.307855NEUTRON DIFFRACTION0.055157789256.6
2.59-2.790.312484.90.273939NEUTRON DIFFRACTION0.045156398763.1
2.79-3.070.296544.90.2611050NEUTRON DIFFRACTION0.041571110470.3
3.07-3.510.207544.30.1981203NEUTRON DIFFRACTION0.0281600125778.5
3.51-4.420.231694.80.1951360NEUTRON DIFFRACTION0.0281613142988.6
4.42-28.160.179815.30.1761435NEUTRON DIFFRACTION0.021703151689

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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