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- PDB-4qj6: Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qj6
タイトルCrystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (L449F)
要素
  • Protease
  • p1-p6 peptide
キーワードHYDROLASE / co-evolution / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag polyprotein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lin, K.H. / Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
著者: Ozen, A. / Lin, K.H. / Kurt Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
C: Protease
D: Protease
E: p1-p6 peptide
F: p1-p6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9228
ポリマ－45,7306
非ポリマー1922
水7,278404
1
A: Protease
B: Protease
E: p1-p6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0575
ポリマ－22,8653
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
2
C: Protease
D: Protease
F: p1-p6 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8653
ポリマ－22,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.375, 59.759, 60.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological assembly is a homodimer

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要素

#1: タンパク質
Protease / Retropepsin


分子量: 10828.831 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, D25N, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ARV2/SF2 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド p1-p6 peptide / p6*


分子量: 1207.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (ARV2/SF2 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03349*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月25日
放射モノクロメーター: Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 219497 / Num. obs: 56731 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.75
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 4861 / Rsym value: 0.379 / % possible all: 83.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→30.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.017 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2885 5.1 %RANDOM
Rwork0.17108 ---
obs0.17298 53823 97.39 %-
all-219497 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.711 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20 Å2-0.42 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 10 404 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.9895029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71638583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0375493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.27924.776134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.4315658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.921521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5910.9721900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.590.9711899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9721.4522417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9721.4532418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6941.0961775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6771.0881768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0651.5952601
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.8029.5113854
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.8019.523855
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.537 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 175 -
Rwork0.234 3295 -
obs-4861 81.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16171.79653.5022.5039-0.18667.084-0.2985-0.08160.1695-0.10570.13330.1118-0.4933-0.33350.16520.20980.0204-0.01330.0634-0.01160.1232-5.52869.6307-5.6823
219.25651.68753.35782.91-0.51413.1178-0.2323-0.22050.42590.07780.22920.3453-0.0817-0.0810.0030.09720.02240.01240.0638-0.01320.1352-11.84385.08410.3945
39.91942.45962.19616.86133.81096.0707-0.0558-0.08280.23480.0825-0.08910.29980.151-0.48720.14490.06090.0124-0.00930.126-0.01280.0694-25.95131.43-0.3654
420.1796-4.8095-5.29321.14831.30042.705-0.0417-0.32980.66080.01410.0753-0.161-0.01040.0482-0.03360.1349-0.00140.00050.0865-0.04030.1434-19.14723.02332.3097
53.1239-0.6946-0.69424.58841.25492.4582-0.0152-0.00570.04080.00020.040.0038-0.00820.0382-0.02480.0962-0.0046-0.00530.07630.00510.0628-8.3741-4.9009-4.832
69.1245-1.965-8.01691.5392.780417.6602-0.2552-0.0992-0.18890.18210.0770.02940.35870.03910.17820.1051-0.0127-0.00670.04670.00290.0782-16.871-8.13891.4825
710.52221.3732-0.302110.45942.59512.5726-0.07840.0125-0.4773-0.0980.08690.8495-0.20920.0235-0.00850.0612-0.0029-0.00050.09480.02630.152-27.8239-12.90381.6498
821.435.25223.03236.56951.39962.4347-0.22370.6913-0.4169-0.21440.22840.33770.1230.1896-0.00480.11710.00140.01270.0783-0.00180.143-16.4212-18.8960.9554
98.75917.83511.217511.54251.39262.6692-0.0214-0.0129-0.21260.08310.0055-0.1666-0.19880.04630.01590.0829-0.0008-0.00990.07150.03080.0768-6.6505-14.62315.4261
1013.5695-3.46826.63022.2889-3.03957.0221-0.078-0.2146-0.44740.09850.14760.14750.0391-0.1367-0.06960.0844-0.01750.00170.03010.0060.1421-20.9-15.33462.1877
113.18283.18472.789719.3755-3.54474.9859-0.01560.1603-0.3224-0.250.2919-0.25060.0963-0.0036-0.27630.0717-0.01720.01670.1694-0.04320.0843-24.8507-7.1433-6.7454
1218.09179.3091-1.02849.0199-10.653124.34570.505-0.58911.73180.1381-0.2860.92890.1658-0.0494-0.2190.2280.03440.05110.1251-0.03420.2417-21.88553.5498-9.0235
132.1187-2.44043.7543.0722-4.86048.23140.03640.0918-0.0606-0.03730.032-0.0341-0.0466-0.0585-0.06850.0995-0.02550.01610.1206-0.04630.1321-21.1958-8.7234-4.9586
142.0428-0.6411-1.19270.5604-0.41272.74650.0399-0.08010.04560.04550.0759-0.0177-0.02250.0163-0.11580.1128-0.0046-0.01340.0836-0.01080.0733-13.4453-5.98690.4662
154.5493-0.52530.82293.2914-0.9385.5898-0.14980.10660.20690.02730.03760.0686-0.1061-0.05920.11230.0973-0.0079-0.01020.0960.00710.0572-15.3551-2.5083-11.8438
1616.16953.73233.15224.32590.90975.8044-0.16030.5762-0.3094-0.31340.2308-0.0433-0.21140.398-0.07060.1375-0.02730.00360.08490.01820.0433-3.2832.5589-13.8859
174.12886.6495-3.118218.4567-11.200511.046-0.060.23640.026-0.7892-0.0025-0.54930.06790.11860.06250.2189-0.03750.08310.16310.00410.125-4.0937-1.6896-16.5125
185.0406-3.00675.17641.8531-2.71139.11150.2030.1953-0.4018-0.1099-0.01470.22990.31460.2286-0.18830.1265-0.03520.01320.2329-0.08960.1103-6.1635-9.1995-13.3832
1920.5071.31796.34922.30562.20265.0014-0.06770.7662-0.1431-0.18310.1657-0.3624-0.07620.331-0.0980.0861-0.01480.03650.1034-0.00080.123712.3786-6.7205-8.824
2014.1667-7.0211-0.58417.28780.44160.67460.02450.3019-0.0586-0.1646-0.0639-0.162200.0420.03940.0883-0.01070.00420.1086-0.02270.0646.2704-8.496-7.8267
213.83780.75022.03212.99131.07165.00720.0376-0.0267-0.04060.08360.0054-0.08610.02920.0357-0.04310.0941-0.01410.00220.0665-0.00360.0824-1.7088-0.57770.3477
227.2455-6.2043-0.395116.7026-1.3882.5399-0.0685-0.0412-0.30140.1433-0.06970.00290.16720.12290.13820.092-0.0053-0.00020.08720.00190.06947.886-9.57481.5528
238.3384.0549-1.54086.8951.50449.07940.2153-0.15440.1683-0.4213-0.1179-0.5167-0.08410.7551-0.09730.08590.00680.01910.17680.02250.247717.9867-5.92515.6959
2421.06048.4441-4.72636.0836-2.37577.3348-0.2351-0.55350.47140.1367-0.0035-0.0103-0.31270.33340.23860.0929-0.0221-0.04340.10460.00310.074611.582-2.49413.5065
2517.66663.80269.15662.4282.45794.89380.0847-0.55540.18590.1407-0.19490.08880.0904-0.30960.11020.1612-0.0317-0.00220.13540.01650.0655-2.3565-7.11779.8315
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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