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万見
- PDB-6pry: X-ray crystal structure of the blue-light absorbing state of PixJ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pry
タイトルX-ray crystal structure of the blue-light absorbing state of PixJ from Thermosynechococcus elongatus by serial femtosecond crystallographic analysis
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / photosensor / photoreversible / GAF domain / bilin / phycoviolobilin
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / HAMP domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...Double Cache domain 1 / Cache domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / HAMP domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phycoviolobilin, blue light-absorbing form / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
Model detailsStructure of photoconvertible TePixJ as Pb
データ登録者Burgie, E.S. / Clinger, J.A. / Miller, M.D. / Phillips Jr., G.N. / Vierstra, R.D. / Orville, A.M. / Kern, J.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Photoreversible interconversion of a phytochrome photosensory module in the crystalline state.
著者: Burgie, E.S. / Clinger, J.A. / Miller, M.D. / Brewster, A.S. / Aller, P. / Butryn, A. / Fuller, F.D. / Gul, S. / Young, I.D. / Pham, C.C. / Kim, I.S. / Bhowmick, A. / O'Riordan, L.J. / ...著者: Burgie, E.S. / Clinger, J.A. / Miller, M.D. / Brewster, A.S. / Aller, P. / Butryn, A. / Fuller, F.D. / Gul, S. / Young, I.D. / Pham, C.C. / Kim, I.S. / Bhowmick, A. / O'Riordan, L.J. / Sutherlin, K.D. / Heinemann, J.V. / Batyuk, A. / Alonso-Mori, R. / Hunter, M.S. / Koglin, J.E. / Yano, J. / Yachandra, V.K. / Sauter, N.K. / Cohen, A.E. / Kern, J. / Orville, A.M. / Phillips Jr., G.N. / Vierstra, R.D.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,77211
ポリマ－34,3052
非ポリマー1,4679
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.788, 61.417, 116.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 17152.381 Da / 分子数: 2 / 断片: GAF domain / 変異: C555A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: tll0569 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DLC7

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非ポリマー , 5種, 221分子

#2: 化合物 ChemComp-VRB / Phycoviolobilin, blue light-absorbing form / 3-[5-[(3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-1,2-dihydropyrrol-2-yl)methyl]-2-[[5-[(Z)-(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyr rol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 590.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, MgCl2, Bistris, NaCl, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.3051 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月3日
放射モノクロメーター: none / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→24.41 Å / Num. obs: 51176 / % possible obs: 97.86 % / 冗長度: 174.1 % / CC1/2: 0.969 / Net I/σ(I): 56.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.526 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.001 / Num. unique obs: 1616 / CC1/2: 0.046

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.04 Å24.41 Å
Translation6.04 Å24.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
cctbx.xfelデータ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: modified PDBID 4FOF

4fof


解像度: 1.55→24.086 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1852 2737 5.92 %
Rwork0.1574 --
obs0.1588 46217 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.29 Å2 / Biso mean: 36.879 Å2 / Biso min: 13.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→24.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 274 245 2935
Biso mean--34.19 47.97 -
残基数----299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.55-1.57680.43621450.4055126060
1.5768-1.60540.43241980.3864189090
1.6054-1.63630.37622330.3538205598
1.6363-1.66970.33782010.32932128100
1.6697-1.7060.32511590.28762170100
1.706-1.74570.25081270.25642215100
1.7457-1.78930.24811050.22992265100
1.7893-1.83770.28471370.19582183100
1.8377-1.89170.23751080.19492245100
1.8917-1.95270.22931250.17792244100
1.9527-2.02250.23941100.15762230100
2.0225-2.10340.16761220.14562239100
2.1034-2.19910.17051200.14522240100
2.1991-2.3150.1841170.14412270100
2.315-2.45990.18071260.14982257100
2.4599-2.64960.19131140.15042279100
2.6496-2.91580.17591210.15122265100
2.9158-3.33680.1471130.1392286100
3.3368-4.20040.11551290.12212327100
4.2004-24.0860.15291270.14062432100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18050.1176-0.0121.7177-0.13722.7053-0.0637-0.04890.0088-0.02460.03820.0702-0.00930.0158-0.00380.13730.00660.01620.14190.00010.1638-2.94-6.2847.514
21.41370.07710.52952.9221-0.53623.41560.023-0.00090.0433-0.1328-0.0578-0.0494-0.15940.0447-0.00370.1612-0.0332-0.00320.18030.00430.193210.47-11.4136.516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 435:584 OR RESID 601:601 ) )A435 - 584
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 435:584 OR RESID 601:601 ) )A601
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 435:584 OR RESID 601:601 ) )B435 - 584
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 435:584 OR RESID 601:601 ) )B601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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