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- PDB-3lby: Crystal structure of SMU.1697c, a putative methyltransferase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lby
タイトルCrystal structure of SMU.1697c, a putative methyltransferase from streptococcus mutans in complex with SAH
要素Putative uncharacterized protein SMU.1697c
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / streptococcus mutans / SAH
機能・相同性Putative rRNA methylase / Putative rRNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / rRNA methylase
機能・相同性情報
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, K.-T. / Nan, J. / Su, X.-D.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of SMU.1697c, a putative methyltransferase from streptococcus mutans in complex with SAH
著者: Wang, K.-T. / Nan, J. / Su, X.-D.
履歴
登録2010年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein SMU.1697c
B: Putative uncharacterized protein SMU.1697c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3903
ポリマ－41,0062
非ポリマー3841
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.210, 92.210, 107.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-185-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein SMU.1697c


分子量: 20502.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: SMU_1697c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DSS3
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-tris pH5.5, 1.0M Na Formate, 15% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→30 Å / Num. obs: 35822 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 34.15 Å2
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→26.601 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.845 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 2012 5.62 %
Rwork0.2104 33809 -
obs0.2123 35821 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 91.076 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 162.84 Å2 / Biso mean: 48.808 Å2 / Biso min: 19.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.255 Å2-0 Å20 Å2
2---0.255 Å2-0 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 26 251 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0273496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.02928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.28611470.24912426X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10540.26431400.24222370X-RAY DIFFRACTION100
2.1054-2.16740.28561400.22562386X-RAY DIFFRACTION100
2.1674-2.23730.25661480.2092404X-RAY DIFFRACTION100
2.2373-2.31720.22981460.19132422X-RAY DIFFRACTION100
2.3172-2.40990.24651440.19652371X-RAY DIFFRACTION100
2.4099-2.51950.2651410.20222420X-RAY DIFFRACTION100
2.5195-2.65220.26551460.21112408X-RAY DIFFRACTION100
2.6522-2.81820.27041430.22282423X-RAY DIFFRACTION100
2.8182-3.03560.25221400.21032428X-RAY DIFFRACTION100
3.0356-3.34050.23861440.20252441X-RAY DIFFRACTION100
3.3405-3.82270.23681460.18672459X-RAY DIFFRACTION100
3.8227-4.81150.17261480.17252447X-RAY DIFFRACTION99
4.8115-26.60330.26921390.24262404X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1161-0.47970.46881.66760.4993.03090.1422-0.10660.0906-0.2221-0.2140.0089-0.1182-0.07680.08590.07430.05680.0430.2396-0.03140.13915.121238.67062.2443
21.4461-1.62130.18732.04640.36572.2996-0.2932-0.78670.28590.38090.2047-0.0456-0.01650.13640.01240.11890.01720.00360.737-0.1210.211716.946142.66931.8269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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