PDB-3eey: CRYSTAL STRUCTURE OF PUTATIVE RRNA-METHYLASE FROM Clostridium the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eey

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF PUTATIVE RRNA-METHYLASE FROM Clostridium thermocellum

要素

Putative rRNA methylase

キーワード

TRANSFERASE / RRNA METHYLATION / S-ADENOSYL-METHIONINE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / METHYLTRANSFERASE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Rutter, M. / Hu, S. / Bain, K. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Rrna-Methylase from Clostridium Thermocellum
著者: Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Rutter, M. / Hu, S. / Bain, K. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2008年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eey.cif.gz	386.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eey.ent.gz	317.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hxv-d 3a58-3 1ozw-d 4r01-d 1oze-d 4dhw-d 3ia5-d 4yz0-d 1d9u-d 2irf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11114c

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: NYSGXRC-11114c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative rRNA methylase

B: Putative rRNA methylase

C: Putative rRNA methylase

D: Putative rRNA methylase

E: Putative rRNA methylase

F: Putative rRNA methylase

G: Putative rRNA methylase

H: Putative rRNA methylase

I: Putative rRNA methylase

J: Putative rRNA methylase

ヘテロ分子

223 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Putative rRNA methylase

C: Putative rRNA methylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative rRNA methylase

D: Putative rRNA methylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Putative rRNA methylase

H: Putative rRNA methylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.6 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Putative rRNA methylase

I: Putative rRNA methylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.6 kDa, 2 ポリマー
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5

G: Putative rRNA methylase

J: Putative rRNA methylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.156, 126.913, 125.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	TYR	TYR	A	A	2 - 138	4 - 140
2	1	THR	THR	TYR	TYR	B	B	2 - 138	4 - 140
3	1	THR	THR	TYR	TYR	C	C	2 - 138	4 - 140
4	1	THR	THR	TYR	TYR	D	D	2 - 138	4 - 140
5	1	THR	THR	TYR	TYR	E	E	2 - 138	4 - 140
6	1	THR	THR	TYR	TYR	F	F	2 - 138	4 - 140
7	1	THR	THR	TYR	TYR	G	G	2 - 138	4 - 140
8	1	THR	THR	TYR	TYR	H	H	2 - 138	4 - 140
9	1	THR	THR	TYR	TYR	I	I	2 - 138	4 - 140
10	1	THR	THR	TYR	TYR	J	J	2 - 138	4 - 140
1	2	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	147 - 189	149 - 191
2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	147 - 188	149 - 190
3	2	GLU	GLU	GLY	GLY	C	C	147 - 189	149 - 191
4	2	GLU	GLU	GLY	GLY	D	D	147 - 189	149 - 191
5	2	GLU	GLU	GLY	GLY	E	E	147 - 189	149 - 191
6	2	GLU	GLU	GLY	GLY	F	F	147 - 189	149 - 191
7	2	GLU	GLU	GLY	GLY	G	G	147 - 189	149 - 191
8	2	GLU	GLU	GLY	GLY	H	H	147 - 189	149 - 191
9	2	GLU	GLU	ILE	ILE	I	I	147 - 186	149 - 188
10	2	GLU	GLU	GLY	GLY	J	J	147 - 189	149 - 191

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative rRNA methylase 分子量: 21837.955 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア) 遺伝子: Cthe_0696 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DDA2
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化	温度: 294 K / pH: 4.5 詳細: 100MM SODIUM ACETATE, PH 4.5, 30% PEG8000, 200MM LITHIUM SULFATE, 10% GLYCEROL, 294K, pH 4.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 109977 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 9.604 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27843	3256	3 %	RANDOM
R_work	0.24361	-	-	-
obs	0.24468	105464	99.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.003 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.25 Å²	0 Å²	1.23 Å²
2-	-	2.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14565	0	292	360	15217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	15292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.176	1.989	20698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.759	5	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.908	25.863	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.138	15	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.825	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	11163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.139	0.3	6277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.5	10424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.5	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.3	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.509	2	9720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.524	3	15323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.309	3	6205
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.391	5	5346
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	899	medium positional	0.08	0.1
1	2	B	899	medium positional	0.06	0.1
1	3	C	899	medium positional	0.07	0.1
1	4	D	899	medium positional	0.06	0.1
1	5	E	899	medium positional	0.05	0.1
1	6	F	899	medium positional	0.07	0.1
1	7	G	899	medium positional	0.1	0.1
1	8	H	899	medium positional	0.07	0.1
1	9	I	899	medium positional	0.06	0.1
1	10	J	899	medium positional	0.07	0.1
2	1	A	289	medium positional	0.08	0.1
2	2	B	289	medium positional	0.07	0.1
2	3	C	289	medium positional	0.07	0.1
2	4	D	289	medium positional	0.07	0.1
2	5	E	289	medium positional	0.07	0.1
2	6	F	289	medium positional	0.07	0.1
2	7	G	289	medium positional	0.08	0.1
2	8	H	289	medium positional	0.07	0.1
2	9	I	289	medium positional	0.06	0.1
2	10	J	289	medium positional	0.08	0.1
1	1	A	899	medium thermal	3.65	5
1	2	B	899	medium thermal	4.36	5
1	3	C	899	medium thermal	2.85	5
1	4	D	899	medium thermal	2.91	5
1	5	E	899	medium thermal	2.14	5
1	6	F	899	medium thermal	2.56	5
1	7	G	899	medium thermal	3.58	5
1	8	H	899	medium thermal	3.52	5
1	9	I	899	medium thermal	3.69	5
1	10	J	899	medium thermal	3.98	5
2	1	A	289	medium thermal	3.46	5
2	2	B	289	medium thermal	5.01	5
2	3	C	289	medium thermal	3.77	5
2	4	D	289	medium thermal	3.79	5
2	5	E	289	medium thermal	3.66	5
2	6	F	289	medium thermal	3.09	5
2	7	G	289	medium thermal	4.06	5
2	8	H	289	medium thermal	3.82	5
2	9	I	289	medium thermal	4.07	5
2	10	J	289	medium thermal	4.29	5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	228	-
R_work	0.352	7485	-
obs	-	-	96.44 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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