PDB-4fof: Crystal Structure of the blue-light absorbing form of the Thermos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fof

タイトル

Crystal Structure of the blue-light absorbing form of the Thermosynechococcus elongatus PixJ GAF-domain

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / phytochrome / cyanobacteriochrome / phycoviolobilin / photoreceptor / GAF-domain / blue/green photoreceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.416 Å

データ登録者

Burgie, E.S. / Walker, J.M. / Phillips Jr., G.N. / Vierstra, R.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: A Photo-Labile Thioether Linkage to Phycoviolobilin Provides the Foundation for the Blue/Green Photocycles in DXCF-Cyanobacteriochromes.
著者: Burgie, E.S. / Walker, J.M. / Phillips, G.N. / Vierstra, R.D.

履歴

登録	2012年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月15日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fof.cif.gz	89 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fof.ent.gz	67.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fof_validation.pdf.gz	801.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fof_full_validation.pdf.gz	802.3 KB	表示
XML形式データ	4fof_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	4fof_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4fof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4fof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4glqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2l3r-d 1rho-1 1wz0-d 2f1w-d 4zct-d 7hsc-d 4edn-2 1zkc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (6) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (6)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (8)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (4)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.232, 104.232, 115.314
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 19598.188 Da / 分子数: 1 / 変異: C555A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: tll0569 / プラスミド: pBAD-Myc-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: Q8DLC7
#2: 化合物	ChemComp-VRB / Phycoviolobilin, blue light-absorbing form / 3-[5-[(3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-1,2-dihydropyrrol-2-yl)methyl]-2-[[5-[(Z)-(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyr rol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid 分子量: 590.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₂N₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 50 mM NaCl, 0.3 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 10 mM HEPES-NaOH (pH 7.8), 20% polyethylene glycol 3350, 200 mM sodium formate, 40 mM glycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1271 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 10.5 % / Av σ(I) over netI: 19.82 / 数: 98670 / R_merge(I) obs: 0.107 / Χ²: 1.08 / D res high: 2.45 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9427 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.65	50	99.4	1	0.065	0.946	10
5.28	6.65	100	1	0.068	1.01	10.6
4.61	5.28	100	1	0.076	1.007	10.9
4.19	4.61	100	1	0.089	1.138	10.9
3.89	4.19	100	1	0.101	1.174	10.9
3.66	3.89	100	1	0.111	1.26	10.8
3.48	3.66	100	1	0.12	1.071	10.6
3.32	3.48	100	1	0.127	1.143	10.6
3.2	3.32	100	1	0.154	1.161	10.4
3.09	3.2	100	1	0.183	1.165	10.4
2.99	3.09	100	1	0.205	1.182	10.4
2.9	2.99	100	1	0.274	1.152	10.4
2.83	2.9	100	1	0.295	1.111	10.2
2.76	2.83	100	1	0.346	1.125	10.4
2.7	2.76	100	1	0.415	1.028	10.4
2.64	2.7	100	1	0.453	1.05	10.4
2.59	2.64	100	1	0.547	0.953	10.4
2.54	2.59	100	1	0.615	0.949	10.4
2.49	2.54	100	1	0.802	1.109	10.3
2.45	2.49	100	1	0.872	0.878	10

反射

解像度: 2.416→50 Å / Num. obs: 9427 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.45-2.49	10	0.872	1	100
2.49-2.54	10.3	0.802	1	100
2.54-2.59	10.4	0.615	1	100
2.59-2.64	10.4	0.547	1	100
2.64-2.7	10.4	0.453	1	100
2.7-2.76	10.4	0.415	1	100
2.76-2.83	10.4	0.346	1	100
2.83-2.9	10.2	0.295	1	100
2.9-2.99	10.4	0.274	1	100
2.99-3.09	10.4	0.205	1	100
3.09-3.2	10.4	0.183	1	100
3.2-3.32	10.4	0.154	1	100
3.32-3.48	10.6	0.127	1	100
3.48-3.66	10.6	0.12	1	100
3.66-3.89	10.8	0.111	1	100
3.89-4.19	10.9	0.101	1	100
4.19-4.61	10.9	0.089	1	100
4.61-5.28	10.9	0.076	1	100
5.28-6.65	10.6	0.068	1	100
6.65-50	10	0.065	1	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing dm

FOM : 0.53 / FOM acentric: 0.52 / FOM centric: 0.63 / 反射: 8808 / Reflection acentric: 7941 / Reflection centric: 867

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
4.3-6.9	0.88	0.89	0.83	1271	1093	178
3.5-4.3	0.81	0.81	0.83	1566	1404	162
3-3.5	0.61	0.61	0.62	1531	1402	129
2.6-3	0.31	0.3	0.39	2542	2362	180
2.4-2.6	0.12	0.12	0.15	1459	1351	108

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE	2.15	位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.416→48.591 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	905	10.08 %
R_work	0.1795	-	-
obs	0.1846	8976	95.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.2611 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.9895 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	9.9895 Å²	0 Å²
3-	-	-	-19.9789 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.416→48.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1357	0	53	74	1484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1497
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.845	2044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.074	577
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	218
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	268

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4164-2.5678	0.3246	137	0.2551	1208	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5678-2.7661	0.3514	145	0.2273	1275	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7661-3.0444	0.2911	148	0.2283	1331	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0444-3.4848	0.3041	154	0.2045	1378	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4848-4.39	0.2085	157	0.1642	1404	X-RAY DIFFRACTION	99
4.39-48.6005	0.1696	164	0.1494	1475	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3905	0.817	-0.9321	2.6334	-3.1219	9.2013	0.0988	-0.8481	-0.3345	0.9268	-0.2776	-0.5352	0.6611	1.1304	0.1941	0.8395	0.0976	-0.0773	0.5824	-0.0241	0.5335	25.3379	37.6422	40.9401
2	3.1297	0.5839	-0.7248	6.1164	-2.5866	5.7015	0.0041	-0.1823	0.5132	0.4677	0.2328	0.1675	-0.9193	0.0225	-0.2058	0.5854	0.0052	-0.0338	0.4376	-0.0592	0.4679	17.7234	53.233	37.7076
3	0.9319	-0.8356	0.2297	8.9478	-6.1376	4.3029	-0.057	-0.1432	-0.0649	0.2405	0.2008	-0.0339	-0.2144	-0.2918	-0.2208	0.3848	-0.0242	0.0342	0.482	0.0102	0.3776	15.6106	31.7296	44.5842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 431 through 455 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 456 through 562 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 563 through 598 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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