PDB-6pqz: P133G/S128A S. typhimurium siroheme synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pqz

タイトル

P133G/S128A S. typhimurium siroheme synthase

要素

Siroheme synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / precorrin-2 / tetrapyrrole biosynthesis / CysG

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrin-III C-methyltransferase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / NAD binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Pennington, J.M. / Stroupe, M.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site.
著者: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E.

履歴

登録	2019年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pqz.cif.gz	436.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pqz.ent.gz	300.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pqz_validation.pdf.gz	381.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pqz_full_validation.pdf.gz	381.7 KB	表示
XML形式データ	6pqz_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	6pqz_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p5xC 6p5zC 6p7cC 6p7dC 6pr0C 6pr1C 6pr2C 6pr3C 6pr4C 6uluC 6vebC 1pjsS 1pjq S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ulu-d 6p7c-d 6pr4-d 6pr3-d 1pjt-d 5hft-d 2iuv-d 6lin-1 4yrq-1 4yrp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Siroheme synthase

B: Siroheme synthase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.308, 98.284, 143.229
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Siroheme synthase 分子量: 50150.434 Da / 分子数: 2 / 変異: P133G, S128A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_ ...遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, E2F01_22980, FCJ89_03505, FGA22_01875, FGA24_01980, FGA25_01865, FGA26_01870, GW08_22845, JO10_22525, LZ63_24065, NCTC13348_03825, NG18_22490, NU83_22495, QA89_22165, QB40_24005, QD15_23475, RJ78_23420, SE14_03689, Y934_21155, YG50_22125, YI33_23225, YR17_23015, ZC54_23835 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F7JCI1, UniProt: P25924*PLUS, uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, precorrin-2 dehydrogenase, sirohydrochlorin ferrochelatase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→37.2 Å / Num. obs: 40963 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 43.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.23→2.31 Å / Num. unique obs: 3755

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJS

1pjs

解像度: 2.23→37.19 Å / SU ML: 0.2801 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.3546

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	1999	4.88 %
R_work	0.1811	-	-
obs	0.1842	40941	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→37.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6947	0	0	187	7134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	7120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9506	9650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0532	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	1265
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8552	4312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.23-2.29	0.3516	126	0.2489	2487	X-RAY DIFFRACTION	89.58
2.29-2.35	0.2713	142	0.2457	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.35-2.42	0.341	140	0.2341	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.42-2.5	0.3065	142	0.2187	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.5-2.59	0.2729	143	0.2176	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.59-2.69	0.2765	141	0.2198	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.69-2.81	0.2482	144	0.2019	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.81-2.96	0.2734	143	0.2047	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.96-3.15	0.2731	142	0.1964	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.15-3.39	0.2566	145	0.193	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.39-3.73	0.235	144	0.1715	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.73-4.27	0.2124	147	0.152	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-5.38	0.2127	146	0.1521	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
5.38-37.19	0.2299	154	0.1701	2968	X-RAY DIFFRACTION	98.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.57669126787	2.00800059702	-1.58248371539	2.67977907312	-0.304835510992	1.6125472417	-0.100471115035	0.118218889446	-0.319774199435	-0.0418968090308	-0.00247531852087	-0.161303327444	0.334356932791	0.0666127982071	0.105925715848	0.319413379467	0.0571289770529	-0.026480804183	0.293228963083	-0.0249835332517	0.277674839797	33.3994918212	-21.3837687312	44.4975425312
2	5.3355443833	-1.08019783002	0.841505106167	7.64889111913	-1.19069248727	4.48426960097	-0.157150393632	-0.200664265676	-0.0446090143421	-0.0803223055084	0.197377203402	0.377883233063	-0.07081498238	-0.480476117577	-0.0222767072476	0.274535881697	-0.0157158038291	0.0387054989596	0.525237979365	-0.0325675802394	0.219273444466	65.9985312582	-14.0742995163	53.3643245147
3	2.84446878215	-0.202063200381	0.00862994770984	1.99907532761	-0.0703958588326	3.87988359134	0.0338114123795	-0.225935820007	0.610848575935	0.16304257395	0.080952860152	0.00149067256427	-0.846113107091	0.104167221314	-0.0774994342708	0.462802859029	-0.0252673866865	0.0870611393874	0.292855756224	-0.0470675195695	0.427835968525	66.0980927914	2.19795390543	28.1991964786
4	5.57746082376	1.45441776985	-1.68850079041	5.14323972553	-3.42087146768	7.12879453378	0.0112872962984	0.46187491517	0.218486539438	-0.46551998579	0.0358983697052	0.14543510714	0.20747359088	-0.162226775154	-0.0442862218876	0.363876891261	0.0333394829988	-0.0309560321449	0.381132936142	0.017773320776	0.260461469303	66.9768903225	-1.29156821592	0.640271864114
5	2.60162897965	-0.2940237907	-1.02163717973	2.95020736348	0.661716428331	1.99035437888	0.0585906277042	0.144439831992	0.328831678726	-0.145482681164	0.0181988423326	0.208599411721	-0.155473659438	0.074189975128	-0.0757414073063	0.247579685539	-0.0175342905515	-0.00415733644496	0.276309212896	0.0277755726505	0.269327444568	42.7919704241	-1.51615745797	42.3824703458
6	3.57404775221	0.948605140603	-0.645401220751	2.97157412684	-1.60643878609	2.57011741878	-0.144995142041	0.119802946	-0.267826326114	-0.414633640422	-0.075667488304	-0.262686528653	0.422851994373	0.0972126863825	0.184055943412	0.390765466951	0.053825089205	0.0398399488178	0.295510317052	-0.0167249773379	0.250371843332	70.3477181867	-16.4257403109	15.4320313808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 148 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 149 through 209 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 210 through 340 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 341 through 457 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 146 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 147 through 455 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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