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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pqz | ||||||
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タイトル | P133G/S128A S. typhimurium siroheme synthase | ||||||
![]() | Siroheme synthase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pennington, J.M. / Stroupe, M.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site. 著者: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 300.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6p5xC ![]() 6p5zC ![]() 6p7cC ![]() 6p7dC ![]() 6pr0C ![]() 6pr1C ![]() 6pr2C ![]() 6pr3C ![]() 6pr4C ![]() 6uluC ![]() 6vebC ![]() 1pjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 50150.434 Da / 分子数: 2 / 変異: P133G, S128A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_ ...遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, E2F01_22980, FCJ89_03505, FGA22_01875, FGA24_01980, FGA25_01865, FGA26_01870, GW08_22845, JO10_22525, LZ63_24065, NCTC13348_03825, NG18_22490, NU83_22495, QA89_22165, QB40_24005, QD15_23475, RJ78_23420, SE14_03689, Y934_21155, YG50_22125, YI33_23225, YR17_23015, ZC54_23835 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0F7JCI1, UniProt: P25924*PLUS, ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.23→37.2 Å / Num. obs: 40963 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.31 Å / Num. unique obs: 3755 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1PJS 解像度: 2.23→37.19 Å / SU ML: 0.2801 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.3546
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→37.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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