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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p7d | ||||||
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Title | D104N S. typhimurium siroheme synthase | ||||||
![]() | Siroheme synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / sirohydrochlorin / precorrin-2 / tetrapyrrole biosynthesis / CysG | ||||||
Function / homology | ![]() precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrin-III C-methyltransferase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / NAD binding / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pennington, J.M. / Stroupe, M.E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site. Authors: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 440.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 303.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6p5xC ![]() 6p5zC ![]() 6p7cC ![]() 6pqzC ![]() 6pr0C ![]() 6pr1C ![]() 6pr2C ![]() 6pr3C ![]() 6pr4C ![]() 6uluC ![]() 6vebC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 50189.516 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S128A, D104N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: cobA, cysG, C2253_19735, CET98_25025, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, NCTC13348_03825 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A3V0JC15, UniProt: P25924*PLUS, uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, precorrin-2 dehydrogenase, sirohydrochlorin ferrochelatase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME), microseeded |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.11→50 Å / Num. obs: 44327 / % possible obs: 86.7 % / Redundancy: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 53.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.243 / Χ2: 3.475 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 464961 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→38.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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