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万見
- PDB-2ojy: Crystal structure of indol-3-acetaldehyde derived TTQ-amide adduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ojy
タイトルCrystal structure of indol-3-acetaldehyde derived TTQ-amide adduct of aromatic amine dehydrogenase
要素
  • Aromatic amine dehydrogenase, large subunit
  • Aromatic amine dehydrogenase, small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / TTQ
機能・相同性
機能・相同性情報


aralkylamine dehydrogenase (azurin) / aralkylamine dehydrogenase (azurin) activity / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / : / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like ...Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / : / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(1H-INDOL-3-YL)ACETAMIDE / Aralkylamine dehydrogenase light chain / Aralkylamine dehydrogenase heavy chain / Aralkylamine dehydrogenase light chain / Aralkylamine dehydrogenase heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Roujeinikova, A. / Leys, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: New insights into the reductive half-reaction mechanism of aromatic amine dehydrogenase revealed by reaction with carbinolamine substrates.
著者: Roujeinikova, A. / Hothi, P. / Masgrau, L. / Sutcliffe, M.J. / Scrutton, N.S. / Leys, D.
履歴
登録2007年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月6日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Aromatic amine dehydrogenase, small subunit
H: Aromatic amine dehydrogenase, small subunit
A: Aromatic amine dehydrogenase, large subunit
B: Aromatic amine dehydrogenase, large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1226
ポリマ－108,7744
非ポリマー3482
水21,3481185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11880 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area31710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.890, 88.810, 80.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains biological heterotetramer

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要素

#1: タンパク質 Aromatic amine dehydrogenase, small subunit


分子量: 14273.616 Da / 分子数: 2 / 断片: (Residues 48-182) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0VKG6, UniProt: P84887*PLUS, EC: 1.4.99.4
#2: タンパク質 Aromatic amine dehydrogenase, large subunit


分子量: 40113.238 Da / 分子数: 2 / 断片: (Residues 73-433) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0VKG7, UniProt: P84888*PLUS, EC: 1.4.99.4
#3: 化合物 ChemComp-TSR / 2-(1H-INDOL-3-YL)ACETAMIDE / 1H-インド-ル-3-アセトアミド


分子量: 174.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10N2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 2000 MME, AMMONIUM SULPHATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 1.98 % / Av σ(I) over netI: 7.6 / 数: 239366 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.87 / D res high: 1.6 Å / D res low: 29.8 Å / Num. obs: 115670 / % possible obs: 88.2
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
3.4529.893.20.0340.862.19637
2.743.4594.40.0450.832.04702
2.392.7489.30.0660.842699
2.172.3984.80.0870.872.01678
2.022.1784.50.1110.91.99829
1.92.02850.1550.911.971070
1.81.985.50.2180.91.951195
1.721.887.20.280.881.911344
1.661.7288.10.3380.861.881537
1.61.6689.70.3670.861.841657
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 115670 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.926 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21201 5822 5 %RANDOM
Rwork0.17242 ---
obs0.17445 109712 88.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.289 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-0.31 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7341 0 26 1185 8552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0217631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.94210371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7863.00512373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0985949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71624.069349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.961151205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4941544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.028709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.25831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.23729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1060.23906
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9271.55052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2771.51945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2227650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07733255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8794.52721
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 454 -
Rwork0.259 8191 -
obs--89.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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