PDB-4yrp: Crystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yrp

タイトル

Crystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex with 1-(4-BROMOPHENYL)METHANAMINE (Chem 707)

要素

Histidyl-tRNA synthetase

キーワード

Ligase/Ligase inhibitor / ligase / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / HisRS / Trypanosoma cruzi / protein-inhibitor complex / Ligase-Ligase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Koh, C.-Y. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: A binding hotspot in Trypanosoma cruzi histidyl-tRNA synthetase revealed by fragment-based crystallographic cocktail screens.
著者: Koh, C.Y. / Siddaramaiah, L.K. / Ranade, R.M. / Nguyen, J. / Jian, T. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.

履歴

登録	2015年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yrp.cif.gz	337.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yrp.ent.gz	271.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yrp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yrp_validation.pdf.gz	499.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yrp_full_validation.pdf.gz	501.6 KB	表示
XML形式データ	4yrp_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	4yrp_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yrp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yrp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yp0C 4ypfC 4yrcC 4yreC 4yrfC 4yrgC 4yriC 4yrjC 4yrkC 4yrlC 4yrmC 4yrnC 4yroC 4yrqC 4yrrC 4yrsC 4yrtC 3lc0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yrl-1 4yrq-1 4yrg-1 4yri-1 4ypf-1 4yrf-1 4yrt-1 4yp0-1 4yrj-1 2iuv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidyl-tRNA synthetase

B: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

B: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.182, 119.174, 94.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.360, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histidyl-tRNA synthetase 分子量: 51185.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA54, histidine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Histidyl-tRNA synthetase

分子量: 51185.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA54, histidine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 263分子

#2: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PZH / 1-(4-BROMOPHENYL)METHANAMINE / 4-BROMOBENZYLAMINE 分子量: 186.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈BrN
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 23 % to 28 % PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 4.8 to 5.3, 1 mM TCEP PH範囲: 4.8 to 5.3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月5日

放射

モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→32.98 Å / Num. obs: 49246 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 101869

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.2-2.27	1.8	0.5	1.7	6979	3909	0.673	0.44	89.8
9.07-32.98	2.2	0.019	37.2	1408	643	0.999	0.017	86.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.27	データスケーリング
REFMAC	refmac_5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LC0

3lc0

解像度: 2.2→29.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 12.645 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2521	2535	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2206	-	-	-
obs	0.2222	46700	97.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.78 Å² / B_iso mean: 38.299 Å² / B_iso min: 8.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.98 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→29.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6285	0	115	246	6646
B_iso mean	-	-	43.79	30.34	-
残基数	-	-	-	-	812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	6524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.081	1.965	8834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.778	3	14241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.531	5	807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.352	23.007	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.185	15	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.348	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.488	1.606	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.488	1.608	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.838	2.398	4043

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	164	-
R_work	0.304	3094	-
all	-	3258	-
obs	-	-	88.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7129	-0.0114	0.1746	0.8967	0.5093	3.4289	0.0401	-0.2032	-0.3703	0.1194	0.0455	0.0074	0.5573	-0.1383	-0.0856	0.1533	-0.0312	-0.0086	0.0536	0.0461	0.0818	19.455	-2.621	37.616
2	9.1755	1.663	-5.7315	1.922	-5.9524	18.918	-0.1552	0.6805	-1.6152	-0.3841	0.2636	0.1997	1.9905	-1.1383	-0.1084	1.6647	-0.6252	0.4763	0.6084	0.0735	1.2905	7.469	-17.777	54.361
3	3.5493	-0.9607	0.4191	1.8454	-0.5348	2.8754	-0.0121	-0.5318	-0.259	0.2059	0.069	0.1807	0.2542	-0.443	-0.0569	0.1199	-0.0372	0.0278	0.1963	0.0341	0.0294	13.413	2.455	50.263
4	3.9381	-0.8056	0.0675	3.7844	-0.1913	10.1549	-0.113	0.1155	0.3852	-0.2387	0.0711	0.3327	-0.3816	-0.8587	0.0419	0.213	0.0366	-0.0424	0.1199	0.1004	0.2536	13.999	20.249	-0.188
5	14.9929	2.7136	-6.6358	9.4931	-2.3985	17.3566	-0.1306	-0.4723	0.2351	-0.0447	0.0726	0.3089	-0.7961	-0.0379	0.058	0.4866	0.0376	-0.0477	0.0316	0.0571	0.458	14.53	32.116	-0.104
6	1.7084	0.0319	0.2471	1.0297	0.2942	3.7128	0.0106	-0.1075	-0.231	0.0488	0.0356	0.0477	0.5861	-0.0223	-0.0462	0.1396	-0.0156	0.0064	0.0139	0.0134	0.0362	18.468	56.164	84.507
7	2.9649	2.0074	-2.4197	8.6693	-5.3481	6.1525	-0.2482	-0.5998	-0.2931	0.1026	0.1349	0.4242	0.7186	-0.1992	0.1133	0.2958	-0.0471	0.0907	0.3803	-0.0392	0.1835	11.575	57.293	107.929
8	4.4898	-0.9805	0.3986	1.4305	0.0372	2.638	0.0148	-0.0627	0.0035	-0.0252	-0.0421	0.0458	0.2266	-0.3729	0.0273	0.1058	-0.0526	0.0177	0.0665	-0.008	0.0055	12.506	60.559	90.312
9	5.2192	-0.7127	0.5327	2.2625	-0.3788	6.8753	-0.0111	0.3271	0.2408	-0.1647	-0.0363	0.3164	-0.4463	-0.3467	0.0475	0.224	0.0249	-0.0195	0.0639	0.0579	0.1623	12.657	80.981	47.358
10	9.6752	1.321	-3.4355	10.7005	-1.4663	10.5302	-0.4317	0.0706	0.7585	-0.1546	0.4315	0.0718	-1.04	-0.3566	0.0002	0.5127	0.0666	-0.0453	0.093	0.08	0.4102	13.17	92.667	48.283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	48 - 236
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	237 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	258 - 379
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	380 - 445
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	446 - 478
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	48 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	238 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	302 - 380
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	381 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	446 - 478

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