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- PDB-4yrt: Crystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yrt
タイトルCrystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex with N-(5-hydroxynaphthalen-2-yl)propanamide (Chem 1781)
要素Histidyl-tRNA synthetase
キーワードLigase/Ligase inhibitor / ligase / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / HisRS / Trypanosoma cruzi / protein-inhibitor complex / Ligase-Ligase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(5-hydroxynaphthalen-2-yl)propanamide / HISTIDINE / histidine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Koh, C.-Y. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: A binding hotspot in Trypanosoma cruzi histidyl-tRNA synthetase revealed by fragment-based crystallographic cocktail screens.
著者: Koh, C.Y. / Siddaramaiah, L.K. / Ranade, R.M. / Nguyen, J. / Jian, T. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.
履歴
登録2015年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7155
ポリマ－51,1861
非ポリマー5304
水3,909217
1
A: Histidyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

A: Histidyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,43010
ポリマ－102,3712
非ポリマー1,0598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area8480 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area33260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.432, 119.340, 66.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

HOH

21A-787-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histidyl-tRNA synthetase


分子量: 51185.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA54, histidine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 221分子

#2: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#3: 化合物 ChemComp-781 / N-(5-hydroxynaphthalen-2-yl)propanamide / N-(5-hydroxynaphthalen-2-yl)prop-2-enamide, bound form


分子量: 215.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13NO2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE 781 LIGAND IS ATTACHED TO SG ATOM OF CYS A 365 TO FORM A COVALENT LINKAGE. THE LIGAND 781 ...THE 781 LIGAND IS ATTACHED TO SG ATOM OF CYS A 365 TO FORM A COVALENT LINKAGE. THE LIGAND 781 REPRESENTS THE FINAL BOUND PRODUCT. THE STARTING MATERIAL FOR 781 LIGAND IS N-(5-HYDROXYNAPHTHALEN-2-YL)PROP-2-ENAMIDE WHICH HAS A DOUBLE BOND BETWEEN C8 AND C9 ATOM GROUPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 23 % to 28 % PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 4.8 to 5.3, 1 mM TCEP
PH範囲: 4.8 to 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月21日
放射モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.09 Å / Num. obs: 31152 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 79897
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.05-2.112.10.4611.9453321710.740.36887.7
8.94-37.372.50.01177.692436610.00991.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
REFMACrefmac_5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LC0

3lc0


解像度: 2.05→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.462 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2256 1597 5.1 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1874 29548 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.49 Å2 / Biso mean: 38.198 Å2 / Biso min: 17.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20 Å2-1.14 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3201 0 36 217 3454
Biso mean--32.35 36.55 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.9724518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73937271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4155419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77523.034145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.18215537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4891528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6941.9891665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6941.9891663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1362.9752075
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 95 -
Rwork0.254 1946 -
all-2041 -
obs--87.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1848-0.1006-0.51881.21990.23562.23740.09870.13990.3593-0.03270.01-0.0716-0.52030.0979-0.10870.1216-0.02440.02080.01710.02140.061772.0563.16121.829
20.365-1.86660.817913.2561-2.78652.6530.02140.22750.134-0.9423-0.3211-0.2085-0.54630.6950.29960.458-0.0950.09790.5780.14250.313382.687.456-0.963
32.28780.620.27281.66410.17652.1580.07640.30350.1539-0.0318-0.0509-0.0153-0.15660.0185-0.02550.01840.01220.01130.05870.02350.01474.428-2.81913.002
44.08310.6865-0.69493.4326-0.34865.41660.0803-0.0128-0.4268-0.1268-0.05130.29040.3894-0.3745-0.02890.0409-0.0335-0.03060.0440.02050.160940.605-23.50443.023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A48 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2A239 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3A292 - 379
4X-RAY DIFFRACTION4A380 - 478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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