PDB-6pfq: Structure of Kluyveromyces marxianus Usb1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pfq

タイトル

Structure of Kluyveromyces marxianus Usb1

要素

Uncharacterized protein YLR132C

キーワード

HYDROLASE / exonuclease / U6 snRNA / 2H phosphodiesterase superfamily

機能・相同性

U6 snRNA phosphodiesterase 1 / Uncharacterised conserved protein / U6 snRNA 3'-end processing / nuclease activity / lyase activity / nucleus / U6 snRNA phosphodiesterase 1

機能・相同性情報

生物種

Kluyveromyces marxianus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nomura, Y. / Montemayor, E.J. / Butcher, S.E.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	R01 GM065166	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	R35 GM118131	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the evolution of cyclic phosphodiesterase activity in the U6 snRNA exoribonuclease Usb1.
著者: Nomura, Y. / Montemayor, E.J. / Virta, J.M. / Hayes, S.M. / Butcher, S.E.

履歴

登録	2019年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pfq.cif.gz	268 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pfq.ent.gz	215.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pfq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pfq_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pfq_full_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示
XML形式データ	6pfq_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	6pfq_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6pglC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jbj-2 5z11-d 4pqh-2 5a9h-d 1qil-1 4gix-d 6g6i-1 6ihg-d 6aqk-d 6w9r-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Uncharacterized protein YLR132C

A: Uncharacterized protein YLR132C

B: Uncharacterized protein YLR132C

ヘテロ分子

74.4 kDa, 3 ポリマー
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1

C: Uncharacterized protein YLR132C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Uncharacterized protein YLR132C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Uncharacterized protein YLR132C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.927, 107.364, 113.902
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YLR132C / U6 snRNA phosphodiesterase 分子量: 24478.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kluyveromyces marxianus (strain DMKU3-1042 / BCC 29191 / NBRC 104275) (酵母) 株: DMKU3-1042 / BCC 29191 / NBRC 104275 / 遺伝子: KLMA_50491 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0TCJ5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.2 M potassium sodium tartrate, 100 mM HEPES, 30% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→107.36 Å / Num. obs: 80145 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 4528

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→59.593 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2231	7681	5.01 %
R_work	0.1921	-	-
obs	0.1936	153425	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→59.593 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4854	0	66	436	5356

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5045
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.177	6826
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.365	4195
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.119	794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3364	223	0.3056	4895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8205-1.8419	0.2894	241	0.2924	4928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	0.3578	255	0.2837	4816	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.2891	233	0.2806	4914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.2914	275	0.2705	4797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.2906	281	0.2723	4866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.2821	303	0.262	4767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.9961	0.2831	240	0.2408	4951	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9961-2.0272	0.2572	272	0.2312	4824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0605	0.2836	268	0.2195	4806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.096	0.2469	244	0.2065	4850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	0.2339	242	0.2056	4861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1752	0.2616	267	0.2062	4868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2196	0.241	253	0.198	4817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2196-2.2678	0.2522	222	0.2035	4922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3206	0.2303	257	0.2042	4870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.3786	0.2735	299	0.2069	4827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3786-2.443	0.2424	285	0.1978	4798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.443-2.5148	0.2306	255	0.1881	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5148-2.596	0.2284	218	0.1966	4916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.6888	0.2249	266	0.1889	4866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6888-2.7964	0.2167	271	0.1876	4833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.9237	0.2456	287	0.1909	4815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9237-3.0779	0.229	240	0.177	4870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0779-3.2707	0.2031	230	0.1693	4897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2707-3.5232	0.1796	261	0.1676	4854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5232-3.8777	0.2011	225	0.1675	4898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8777-4.4386	0.1724	271	0.1625	4836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4386-5.5916	0.1932	277	0.1752	4819	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5916-59.6254	0.2369	220	0.2043	4898	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9001	-0.6677	0.0723	1.465	-0.0161	0.883	-0.1151	-0.0566	0.0224	0.2387	0.1218	-0.0352	-0.0445	-0.0163	-0	0.2209	0.0199	-0.0038	0.2172	0.0268	0.2144	23.2903	0.1217	-5.8656
2	0.9927	0.4564	-0.031	2.1247	0.0462	0.591	-0.008	-0.0183	0.0791	0.0288	-0.0022	-0.0233	-0.0012	0.0758	-0	0.1676	0.0075	0.0097	0.214	-0.0111	0.1784	48.5675	-18.8836	-6.3102
3	1.3513	-1.5114	-0.6956	3.3258	2.4501	1.63	-0.0073	-0.213	0.1298	-0.0332	0.2423	-0.3802	0.0694	0.2377	0.089	0.2256	0.02	0.0204	0.2496	-0.034	0.2098	24.5513	-17.8931	29.6247

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain C and resseq 60:275)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 60:275)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resseq 60:275)

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関連情報:EMDBヘッダ

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