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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qil | ||||||
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タイトル | INACTIVE MUTANT TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 AT 2.5 A | ||||||
![]() | TOXIC SHOCK SYNDROME TOXIN-1 | ||||||
![]() | TOXIN / SUPERANTIGEN / STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Acharya, K.R. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a biologically inactive mutant of toxic shock syndrome toxin-1 at 2.5 A resolution. 著者: Papageorgiou, A.C. / Quinn, C.P. / Beer, D. / Brehm, R.D. / Tranter, H.S. / Bonventre, P.F. / Acharya, K.R. #1: ![]() 年: 1995 タイトル: Molecular Topology is Important for the Function of Staphylococcal Superantigens 著者: Tranter, H. / Brehm, R.D. / Acharya, K.R. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Superantigen Enterotoxin C2 from Staphylococcus Aureus Reveals a Zinc-Binding Site 著者: Papageorgiou, A.C. / Acharya, K.R. / Shapiro, R. / Passalacqua, E.F. / Brehm, R.D. / Tranter, H.S. #3: ![]() タイトル: Structural Basis of Superantigen Action Inferred from Crystal Structure of Toxic-Shock Syndrome Toxin-1 著者: Acharya, K.R. / Passalacqua, E.F. / Jones, E.Y. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Brehm, R.D. / Tranter, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 374.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 380.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22036.701 Da / 分子数: 3 / 変異: H135A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PUC19 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月24日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 30013 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / % possible all: 92.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 179091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 29485 / Num. reflection obs: 26854 / Rfactor all: 0.202 / Rfactor obs: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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