[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6aqk: Crystal structure of the C-terminal toxin domain of RHS2 from Yer... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6aqk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the C-terminal toxin domain of RHS2 from Yersinia entomophaga | ||||||
Components | Toxin protein | ||||||
Keywords | TOXIN / ADP-ribosylation / ADP-ribosyltransferase | ||||||
Function / homology | Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / Rhs repeat-associated core / BROMIDE ION / : / RHS2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Yersinia entomophaga (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Busby, J.N. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S. | ||||||
Funding support | New Zealand, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of the C-terminal toxin domain of RHS2 from Yersinia entomophaga Authors: Busby, J.N. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6aqk.cif.gz | 60.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6aqk.ent.gz | 41.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6aqk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6aqk_validation.pdf.gz | 416.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6aqk_full_validation.pdf.gz | 416.9 KB | Display | |
Data in XML | 6aqk_validation.xml.gz | 10.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6aqk_validation.cif.gz | 14.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 26063.283 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 738-963 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia entomophaga (bacteria) / Gene: RHS2 / Plasmid: pDEST17 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): LOBSTR(DE3) / References: UniProt: A0A2D0TC51*PLUS | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-PT / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-BR / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | First 4 N-terminal residues GSGA are from a purification tag | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.81 % / Description: plate |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 / Details: 29% PEG 2000 MME, 0.15 M KBr |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 1.07219 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 15, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07219 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50.41 Å / Num. obs: 18821 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13.523 % / Biso Wilson estimate: 42.029 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.091 / Net I/σ(I): 11.92 / Num. measured all: 499693 / Scaling rejects: 398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 15837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→50.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.233 / WRfactor Rwork: 0.181 / FOM work R set: 0.8024 / SU B: 3.682 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.1308 / SU Rfree: 0.1281 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 180.4 Å2 / Biso mean: 38.567 Å2 / Biso min: 24.51 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→50.41 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|