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- PDB-6pcm: Crystal Structure of Mycobacterium smegmatis Topoisomerase I with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pcm
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium smegmatis Topoisomerase I with ssDNA bound to both N- and C-terminal domains
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*T)-3')
  • DNA topoisomerase 1
キーワードISOMERASE/DNA / Topoisomerase I / ss DNA binding / N-terminal domain / C-terminal Domain / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 ...Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.107 Å
データ登録者Tan, K. / Cao, N. / Tse-Dinh, Y.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM054226 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Mechanistic insights from structure of Mycobacterium smegmatis topoisomerase I with ssDNA bound to both N- and C-terminal domains.
著者: Cao, N. / Tan, K. / Zuo, X. / Annamalai, T. / Tse-Dinh, Y.C.
履歴
登録2019年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 1
B: DNA topoisomerase 1
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,62426
ポリマ－200,5114
非ポリマー2,11322
水00
1
A: DNA topoisomerase 1
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,40814
ポリマ－100,2552
非ポリマー1,15312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area44050 Å2
手法PISA
2
B: DNA topoisomerase 1
D: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,21612
ポリマ－100,2552
非ポリマー96110
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area43630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.325, 135.067, 145.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 1 / DNA topoisomerase I


分子量: 92589.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: topA, MSMEG_6157, MSMEI_5999 / プラスミド: pET-His6-Mocr TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3)
参照: UniProt: A0R5D9, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*T)-3')


分子量: 7665.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris:HCl, 1.5M lithium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.5 Å / Num. obs: 47334 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 110 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.928 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2351 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.391 / Rrim(I) all: 0.938 / Χ2: 0.742 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CQI

6cqi


解像度: 3.107→47.442 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2751 2282 4.83 %random
Rwork0.2254 ---
obs0.2279 47242 98.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.107→47.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11351 984 110 0 12445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44317629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6517397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372033
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1068-3.17440.40091410.36482715X-RAY DIFFRACTION97
3.1744-3.24820.37521360.34092793X-RAY DIFFRACTION100
3.2482-3.32940.32941470.32282803X-RAY DIFFRACTION100
3.3294-3.41940.35311540.2952758X-RAY DIFFRACTION99
3.4194-3.520.36411050.27892853X-RAY DIFFRACTION99
3.52-3.63350.28351240.24542753X-RAY DIFFRACTION98
3.6335-3.76340.29211380.24372804X-RAY DIFFRACTION100
3.7634-3.9140.32381530.24392816X-RAY DIFFRACTION100
3.914-4.0920.29141600.23652796X-RAY DIFFRACTION100
4.092-4.30760.30671510.21432818X-RAY DIFFRACTION99
4.3076-4.57730.24811320.20642791X-RAY DIFFRACTION98
4.5773-4.93040.26821430.19522761X-RAY DIFFRACTION97
4.9304-5.42590.24981580.21162845X-RAY DIFFRACTION99
5.4259-6.20960.30681310.23412859X-RAY DIFFRACTION99
6.2096-7.81770.28671420.22992844X-RAY DIFFRACTION98
7.8177-47.4480.22761670.19312951X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5199-2.2246-1.24952.67922.28512.1376-0.24090.21790.2104-0.60460.3443-0.43510.4213-0.1573-0.10711.1191-0.1661-0.01390.87650.03280.6033-21.0644-65.4645-29.2943
22.3943-1.1353-2.90162.11241.45143.5393-0.29890.0958-0.14840.33190.08340.36891.0315-0.82130.26861.8604-0.35050.02261.3209-0.0230.6607-37.4817-89.0133-5.4249
33.4371-0.1856-3.44740.01560.04753.875-0.4016-1.8002-0.16930.7858-0.42160.64381.19170.54910.79553.1648-0.48270.71261.66380.0351.5648-51.3385-99.19245.4221
41.7675-0.5401-0.36753.8412-0.66454.2611-0.02180.41410.0665-0.19090.07230.1009-0.0498-1.1142-0.0440.7889-0.1625-0.10511.1986-0.09160.6405-43.5953-57.3315-12.3293
55.08123.32191.87188.56932.84283.95750.5760.01840.42110.4805-0.1711-0.09020.1592-0.3088-0.27521.371-0.00250.03071.10090.11190.5652-44.3718-30.548731.1789
67.7894-1.5469-5.10284.5623-0.91688.2952-0.16680.86210.0145-1.0458-0.23740.7203-0.5028-0.70970.19451.2203-0.011-0.25081.0748-0.0330.6619-27.0477-1.853426.7844
70.9230.32611.22130.34440.46122.40720.03940.1267-0.13740.1792-0.01170.00830.07250.2585-0.02721.3874-0.20210.06510.87990.04430.67690.2007-17.939941.971
85.7784-1.41242.45380.735-0.21123.9079-0.2254-0.6152-0.22910.11580.23340.00880.4676-0.97870.05151.3236-0.17110.07130.86250.0250.6138-9.3778-17.39257.0443
91.2370.39790.9426-0.19130.33015.2356-0.0390.28050.29590.38560.1382-0.3454-0.82390.4917-0.07411.3084-0.35160.06080.93040.02310.75561.339-15.920533.6395
102.45460.4521-0.97.548-0.69330.2038-0.04791.0763-0.2212-1.03070.1036-1.0209-0.13120.8376-0.61131.1651-0.05040.05341.2859-0.29990.88688.6572-33.946713.0974
111.82022.54631.4125.52254.10434.40180.3316-0.0122-0.12430.22020.1034-0.99440.81170.9313-0.54771.36540.1851-0.31821.01450.00261.01162.7202-66.436-3.4094
125.32324.63535.23563.89674.79237.8975-0.56850.43580.3864-0.54370.7422-0.4276-0.81011.2952-0.2921.3367-0.1614-0.03191.3566-0.16070.8592-21.0306-34.979-8.1655
136.70125.03565.80128.3034.31024.56480.48710.1372-0.76860.9161-0.0849-2.09870.06171.354-0.21581.14210.0482-0.27061.614-0.08811.096-9.8707-64.2902-16.253
146.36365.62525.49655.02394.85854.6997-1.1650.8114-0.263-1.3120.6227-0.6695-1.3369-0.17950.55151.8542-0.0389-0.17191.4207-0.29831.4459-22.5716-31.2496-6.8478
158.59965.38946.48153.61874.22134.98591.76280.4854-1.77860.8402-0.51610.11841.2525-1.9963-2.13181.1875-0.1176-0.10511.1307-0.35171.0571-13.6583-14.623715.8465
163.6385-0.24690.50963.4521-3.70633.9491-2.97891.7713-3.7167-3.80060.504-0.43090.2827-0.61342.18361.5469-0.27970.08991.1204-0.16060.8749-22.7152-11.320332.9933
175.07336.2815.75127.71647.08716.5007-1.4628-1.3177-0.1329-3.15590.75032.6065-2.3025-0.83680.61571.653-0.1081-0.23151.49740.2661.139-40.45-21.81925.6343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 208 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 209 through 439 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 440 through 498 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 499 through 691 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 692 through 838 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 13 through 99 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 100 through 320 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 321 through 464 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 465 through 618 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 619 through 710 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 711 through 839 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 16 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 17 through 25 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 2 through 11 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 12 through 16 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 17 through 21 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 22 through 25 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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