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- PDB-5tdt: Oxygenated toluene intermediate in toluene 4-monooxygenase (T4moH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tdt
タイトルOxygenated toluene intermediate in toluene 4-monooxygenase (T4moHD) after reaction in the crystal
要素(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Intermediate / diiron
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TOLUENE / PEROXIDE ION / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, effector component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.818 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0843239 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-ENG-38 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: In-crystal reaction cycle of a toluene-bound diiron hydroxylase.
著者: Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Brunold, T.C. / Fox, B.G.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
D: Toluene-4-monooxygenase system protein A
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
F: Toluene-4-monooxygenase system protein E
G: Toluene-4-monooxygenase system protein B
H: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,43618
ポリマ－229,7208
非ポリマー71610
水36,8952048
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34850 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area62630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.898, 116.253, 181.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 8分子 ADBFCGEH

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein A / Toluene-4-monooxygenase hydroxylase subunit / T4moH


分子量: 57453.438 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-493 / 変異: residues 1-493 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E / T4moE


分子量: 36176.645 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-307 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B / T4moB


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein D / T4mo effector protein D / T4moD / Toluene-4-monooxygenase effector protein


分子量: 11629.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 4種, 2058分子

#5: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 化合物
ChemComp-MBN / TOLUENE / トルエン


分子量: 92.138 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8
#7: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2048 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.0, 18% PEG 3350, 200 mM Ammonuium Chloride, 5 mM Toluene

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98757 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月19日
放射モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98757 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.818→30 Å / Num. obs: 169602 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.818→1.85 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2124)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DHH

3dhh


解像度: 1.818→29.475 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1872 1998 1.18 %Automatic
Rwork0.1528 ---
obs0.1532 169602 89.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.818→29.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16020 0 41 2048 18109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8522507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0169799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062935
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8181-1.86350.2493650.21635445X-RAY DIFFRACTION41
1.8635-1.91390.2571080.19729035X-RAY DIFFRACTION68
1.9139-1.97020.22351330.183911180X-RAY DIFFRACTION84
1.9702-2.03380.2171460.173512281X-RAY DIFFRACTION92
2.0338-2.10640.22751520.165612801X-RAY DIFFRACTION96
2.1064-2.19080.20441550.164413000X-RAY DIFFRACTION98
2.1908-2.29040.19821560.156713043X-RAY DIFFRACTION98
2.2904-2.41110.20651560.152613042X-RAY DIFFRACTION98
2.4111-2.56210.20781550.150113071X-RAY DIFFRACTION98
2.5621-2.75980.18381540.149713007X-RAY DIFFRACTION97
2.7598-3.03730.22861540.156312968X-RAY DIFFRACTION97
3.0373-3.47620.17031550.151812951X-RAY DIFFRACTION96
3.4762-4.37730.14681540.127912879X-RAY DIFFRACTION95
4.3773-29.47860.15011550.145912901X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1555-0.0078-0.18360.15760.12850.27780.006-0.0072-0.0229-0.0533-0.01820.023-0.1274-0.0333-0.00280.10940.0322-0.02250.06430.00110.062229.01413.713722.8772
20.12360.0193-0.06540.0225-0.05740.15040.12970.07190.034-0.1168-0.05450.084-0.1938-0.07380.13630.3070.1179-0.04970.1329-0.00770.141216.709229.873917.8302
30.0181-0.00420.02610.0462-0.00410.0345-0.04890.00080.0395-0.0338-0.0147-0.0422-0.0445-0.0261-0.07130.35330.0971-0.00630.07450.01430.090128.425128.5855-2.3798
4-0.0015-0.00130.00360.01370.02870.03650.01230.01170.122-0.0085-0.00240.0046-0.17070.0095-0.01260.3737-0.02250.03470.0098-0.00890.12942.452730.531114.5161
50.0060.00170.00220.0020.00150.0009-0.01450.0204-0.02580.00430.01520.00320.00560.0323-00.1537-0.01270.00880.1176-0.0050.085257.88642.98994.7253
60.0075-0.0134-0.00330.02730.00710.00310.0464-0.0071-0.0055-0.0027-0.0192-0.03840.0220.07370.00020.1335-0.03010.00740.2501-0.01580.228378.4911.773513.7756
70.05620.0112-0.11770.0367-0.00110.27720.0085-0.06290.0209-0.01610.0382-0.0629-0.23660.32020.03610.192-0.1140.00680.1219-0.02460.101262.602716.287519.3673
80.080.02790.09790.06910.00930.1430.00510.0429-0.0416-0.05370.0583-0.0607-0.11980.17860.09540.255-0.12570.06360.1487-0.00330.111666.85218.11586.3692
90.01240.01590.00350.0240.01990.02720.02490.02980.0019-0.03310.0239-0.0514-0.12330.11360.05940.3276-0.20380.02980.1558-0.00810.213469.07330.919214.82
100.00020.00010.00040.00110.00820.0609-0.0155-0.01360.00340.0102-0.00980.0034-0.0496-0.0195-0.00790.14690.087-0.02070.1379-0.03950.15216.285231.585632.2311
110.00010.00080.00030.0045-0.00080.00010.0158-0.00120.04670.0079-0.00790.0254-0.027-0.0073-0.01340.19580.1543-0.01660.1027-0.05010.21675.476840.440432.2091
120.0076-0.00130.00410.0038-0.00290.00390.00320.00240.0029-0.02050.00240.00450.0018-0.0086-0.00090.20630.1342-0.03020.1802-0.03350.2434-0.932536.763130.9543
130.00050.00310.00090.00370.00180.0005-0.0139-0.01430.00990.0270.00730.053-0.0326-0.070500.17730.0826-0.02510.2137-0.03080.2025-3.030128.471232.7534
140.0007-0.00040.00150.00030.00040.001-0.0454-0.02160.00410.0042-0.04730.02220.00520.0278-00.27340.09990.03470.2707-0.06750.20541.565234.93844.2204
150.0033-0.0017-0.00440.0045-0.00060.0065-0.0303-0.0844-0.00950.027-0.01770.0312-0.0462-0.013-00.19180.0842-0.04840.194-0.07230.20295.5436.522139.8111
160.00140.0016-0.00110.0279-0.07360.1910.01660.1056-0.04850.0133-0.0256-0.0154-0.00730.15-0.02250.06240.01950.00330.1435-0.03280.157959.5946-10.841-27.3737
170.0308-0.0110.03810.05020.01340.04430.01290.03780.04590.0221-0.0165-0.0252-0.0215-0.0353-0.00020.0802-0.00070.01010.09940.0040.090341.726-7.0062-14.7064
180.02580.00580.03170.03290.02360.0360.01630.039-0.00710.0174-0.01090.03010.0562-0.02260.00040.0712-0.00640.00540.0855-0.00450.081638.2705-15.571-14.1097
190.015-0.00580.0029-0.0021-0.0018-0.00010.03430.0033-0.0084-0.0159-0.01270.03950.0044-0.007100.0844-0.0143-0.00780.09070.00090.099831.9816-24.1219-18.4714
200.01140.01030.01370.01130.0090.0141-0.0316-0.01670.0279-0.0129-0.01980.02280.0177-0.0047-00.0694-0.0077-0.00170.09550.0040.111933.775-6.9022-20.6122
210.02490.0060.03050.0363-0.01680.0376-0.00730.0102-0.0156-0.0074-0.00460.0578-0.01-0.020400.0732-0.01130.00540.1235-0.00530.110626.1932-9.8891-29.952
220.00780.0180.00570.050.03740.02930.0311-0.010.0018-0.03120.030.1239-0.051-0.07360.01630.0675-0.01310.01410.1369-0.0060.13911.134-15.6838-23.511
230.0101-0.0042-0.00860.0077-0.00440.03940.00510.0159-0.0372-0.0291-0.0040.05290.0313-0.058300.0831-0.0180.00750.1322-0.00680.13213.6883-27.1517-29.634
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330.0433-0.00610.00490.03340.01040.00530.0307-0.029-0.12530.0766-0.0135-0.04340.1315-0.06970.00360.1113-0.0177-0.01260.08440.0060.128840.825-30.4382-9.9595
340.0066-0.00260.00750.0032-0.00310.0136-0.00540.00730.0110.00560.0270.0103-0.06070.04-00.0874-0.00740.0010.08840.00390.076658.1557-1.8491-4.6809
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410.0046-0.00140.00410.0016-0.00080.0034-0.04210.0191-0.0006-0.0068-0.0051-0.0018-0.0313-0.0075-00.1782-0.0846-0.05040.2252-0.01760.20464.0875-38.1374-43.9464
420.00090.00160.00130.00260.0040.0044-0.0280.08450.0032-0.04160.04460.01580.0293-0.005700.1215-0.04550.01150.1973-0.05580.14598.1672-39.4304-39.5875
430.00300.00180.00070.00020.00090.01560.02650.0147-0.02930.01580.0368-0.0129-0.009700.10410.0137-0.02510.18410.03450.180723.78793.1613-36.1148
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470.01360.003-0.01360.002400.0176-0.00690.03170.0380.05740.0171-0.013-0.0341-0.00780.00040.1915-0.0305-0.01190.08970.00160.141340.788815.826-17.5615
480.0064-0.0014-0.0040.00230.00150.00480.02670.0130.0010.0050.02190.00620.00190.017100.1871-0.0060.00480.1238-0.02290.152243.94212.1409-8.9166
490.0024-0.0004-0.00020.00020.00110.00460.0118-0.01070.00760.0010.0017-0.0119-0.0377-0.001600.09640.01230.00730.0996-0.02180.10739.84683.3582-16.8779
500.00410.00150.00630.00410.00610.01380.0023-0.00530.01040.01160.034-0.0423-0.05160.02560.00020.1512-0.03510.01840.1517-0.00430.170443.85818.139-26.1301
510.0154-0.0025-0.00260.0015-0.00040.00450.0030.00520.0164-0.0183-0.00760.0066-0.00610.01410.00010.18150.0019-0.02580.20750.03090.117434.67735.5121-38.682
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 439 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 440 through 490 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 23 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 24 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 80 through 103 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 104 through 122 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 123 through 221 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 222 through 274 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 275 through 307 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 2 through 15 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 16 through 26 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 27 through 37 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 38 through 54 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 55 through 66 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 67 through 83 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 2 through 34 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 35 through 86 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 87 through 150 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 151 through 191 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 192 through 247 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 248 through 316 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 317 through 368 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 369 through 439 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 440 through 491 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 2 through 14 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 15 through 34 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 35 through 40 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 41 through 55 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 56 through 73 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 74 through 85 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 86 through 98 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 99 through 103 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 3 through 79 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 80 through 103 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 104 through 122 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 123 through 221 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 222 through 274 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 275 through 307 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 2 through 37 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 38 through 54 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 55 through 66 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 67 through 83 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 3 through 14 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 15 through 34 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 35 through 40 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 41 through 55 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 56 through 68 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 69 through 73 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resid 74 through 85 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'H' and (resid 86 through 98 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'H' and (resid 99 through 103 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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