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Yorodumi- PDB-5tdv: Intermediate O2 diiron complex in the Q228A variant of Toluene 4-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tdv | |||||||||
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Title | Intermediate O2 diiron complex in the Q228A variant of Toluene 4-moonoxygenase (T4moHD) | |||||||||
Components | (Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / diiron / oxygen activation / complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas mendocina (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.001 Å | |||||||||
Authors | Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / Fox, B.G. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2017 Title: In-crystal reaction cycle of a toluene-bound diiron hydroxylase. Authors: Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Brunold, T.C. / Fox, B.G. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tdv.cif.gz | 840.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tdv.ent.gz | 692 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tdv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tdv_validation.pdf.gz | 493 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5tdv_full_validation.pdf.gz | 510.6 KB | Display | |
Data in XML | 5tdv_validation.xml.gz | 83.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5tdv_validation.cif.gz | 122.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tdsC 5tdtC 5tduC 3dhhS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4 types, 8 molecules ADBFCGEH
#1: Protein | Mass: 58099.242 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q228A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Gene: tmoA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21_RILP References: UniProt: Q00456, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor #2: Protein | Mass: 38410.227 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Gene: tmoE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21_RILP References: UniProt: Q00460, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor #3: Protein | Mass: 9600.989 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Gene: tmoB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21_RILP References: UniProt: Q00457, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor #4: Protein | Mass: 11642.073 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Gene: tmoD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21_RILP References: UniProt: Q00459, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
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-Non-polymers , 3 types, 1515 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-FE / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 100 mM Bis-Tris pH 6.0, 20% PEG 3350, 200 mM Ammonium Chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.987 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 6, 2009 |
Radiation | Monochromator: C111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.001→42.28 Å / Num. obs: 140977 / % possible obs: 98.69 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.32 |
Reflection shell | Resolution: 2.001→2.03 Å / Redundancy: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 92 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3DHH Resolution: 2.001→42.276 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.001→42.276 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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