PDB-3i63: Peroxide Bound Toluene 4-Monooxygenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i63

タイトル

Peroxide Bound Toluene 4-Monooxygenase

要素

(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxide / T4MOH / diiron hydroxylase / monooxygenase / Aromatic hydrocarbons catabolism / FAD / Flavoprotein / Iron

機能・相同性

機能・相同性情報

toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas mendocina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Bailey, L.J. / Fox, B.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystallographic and catalytic studies of the peroxide-shunt reaction in a diiron hydroxylase.
著者: Bailey, L.J. / Fox, B.G.

履歴

登録	2009年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3i63.ent.gz	181.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3i63_validation.pdf.gz	467.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i63_full_validation.pdf.gz	487.8 KB	表示
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CIF形式データ	3i63_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i63	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3i5jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tdu-1 3q3m-d 3q3n-1 3q3o-1 3ri7-1 3dhi-3 3i5j-1 3q2a-1 5tdv-d 3ge3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
236 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.792, 116.929, 181.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-581- HOH

-
Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein A 分子量: 58169.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 株: KR1 / 遺伝子: tmoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein E 分子量: 38433.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 株: KR1 / 遺伝子: tmoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein B 分子量: 9600.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 株: KR1 / 遺伝子: tmoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein D 分子量: 11629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 株: KR1 / 遺伝子: tmoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 3種, 618分子

#5: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: .1 M Bis-Tris, 200 mM Ammonium Acetate, 24% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月11日
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→49.4 Å / Num. all: 58358 / Num. obs: 58829 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.09→2.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09→49.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 8.351 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20116	3143	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15639	-	-	-
all	0.15871	59303	-	-
obs	0.15871	58829	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→49.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7994	0	6	614	8614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.021	8344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.837	1.929	11351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.638	5	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.771	24.045	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.822	15	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.892	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.007	0.2	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	6555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.034	1.5	4951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.682	2	7996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.054	3	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.447	4.5	3349

LS精密化シェル

解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	212	-
R_work	0.154	4013	-
obs	-	-	92.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5705	0.0534	-0.152	0.2023	-0.1921	1.3656	0.0125	0.1323	-0.036	-0.0086	0.0921	0.0906	-0.0569	-0.203	-0.1046	0.1095	-0.006	-0.0142	0.0733	0.0212	0.124	-27.511	8.181	-22.255
2	10.5831	6.9359	-7.7193	4.5664	-5.1026	5.7318	0.6815	-0.4579	0.446	0.5392	-0.3862	0.2754	-0.7108	0.434	-0.2954	0.464	-0.165	-0.047	0.5412	0.0549	0.2238	5.452	9.177	2.461
3	1.1171	-0.1813	0.117	0.3946	-0.5669	1.4409	0.0362	-0.0219	0.0305	0.0934	0.0049	0.0327	-0.3018	0.1535	-0.0412	0.1528	-0.0455	0.0033	0.0427	-0.0073	0.0736	-12.977	14.97	-15.191
4	0.8881	0.4064	0.2318	0.9299	-0.037	1.4044	0.0912	-0.0224	0.0282	0.1912	-0.0605	-0.0648	-0.2961	0.308	-0.0308	0.2026	-0.1124	0.0009	0.092	-0.0005	0.0433	-6.108	21.92	-17.732
5	0.887	0.074	0.2722	0.5395	-0.2032	1.8941	-0.0041	-0.0003	0.0109	0.0047	-0.0513	-0.0014	-0.1246	0.3255	0.0555	0.1023	-0.0235	0.0018	0.0925	-0.0046	0.0599	-6.442	5.926	-17.321
6	6.0219	0.8521	1.9736	1.3117	0.1736	2.8213	0.0258	0.1587	-0.0159	-0.059	-0.0399	0.0568	-0.0969	0.1135	0.0142	0.0958	-0.0452	0.009	0.09	-0.0013	0.0363	-9.451	13.671	-35.665
7	0.6319	0.1681	-0.2709	0.8896	-0.2983	0.7269	0.016	0.0055	0.0167	-0.0011	-0.1297	-0.1645	-0.0562	0.4553	0.1136	0.0565	-0.0626	-0.0064	0.3736	0.0608	0.07	10.824	11.217	-25.076
8	0.7257	-0.8277	0.1621	0.9715	-0.1429	1.5491	0.0262	0.0487	0.1668	0.0207	-0.0848	-0.2056	-0.4081	0.4191	0.0585	0.2242	-0.2097	-0.0212	0.2066	0.043	0.1068	6.639	27.912	-32.358
9	3.4257	2.8418	0.0657	6.8819	0.1315	8.2057	0.0004	-0.1811	0.2161	0.1271	0.0373	-0.2653	-0.3276	0.2692	-0.0376	0.3734	-0.2418	-0.0057	0.1827	-0.0341	0.1303	5.872	39.947	-19.438
10	2.4729	-4.1535	0.8229	9.4736	1.6101	6.8087	-0.8174	-0.1796	0.5878	1.8134	0.3921	-1.0532	-0.9955	1.3712	0.4252	0.8149	-0.4623	-0.2924	0.6549	0.0992	0.2544	15.259	23.121	-8.528
11	10.0221	-0.6633	1.7633	5.4445	-0.5617	0.6949	0.0107	-0.6215	1.0962	0.6724	-0.1232	0.0559	-0.3245	0.0784	0.1125	0.5972	-0.2194	0.0376	0.2363	-0.0826	0.2839	-5.177	29.34	3.346
12	0.5973	0.0237	-0.0525	0.4748	-0.3186	1.3957	0.0594	-0.0407	0.146	0.1795	0.0271	0.0728	-0.4998	0.1099	-0.0866	0.2931	-0.0334	0.0387	0.0181	-0.0133	0.1025	-19.047	27.06	-12.367
13	1.3721	0.4822	0.1523	0.8849	-0.415	3.1074	-0.0216	0.0032	-0.0932	0.1291	0.176	0.2409	0.2138	-0.752	-0.1545	0.0969	-0.0594	0.0242	0.2218	0.077	0.1418	-47.346	-1.591	-10.201
14	0.8377	0.3364	-0.1995	0.8438	-0.3138	1.4007	0.0308	0.113	0.1255	0.0612	0.1644	0.2013	-0.2257	-0.4615	-0.1951	0.1016	0.0781	0.0197	0.1588	0.0842	0.1134	-39.529	15.479	-18.075
15	1.0112	0.6726	-0.0805	1.7718	-0.4829	1.5774	0.1903	-0.1118	0.1892	0.3873	0.0207	0.2441	-0.495	-0.4008	-0.2109	0.2682	0.1405	0.1266	0.1403	0.0353	0.1698	-38.348	22.901	-5.888
16	7.6408	7.03	-0.8595	9.9796	0.076	2.1408	0.0727	0.0628	0.5434	0.1641	0.1195	0.7569	-0.3033	-0.5512	-0.1923	0.1333	0.1575	0.028	0.2384	0.103	0.195	-49.006	25.595	-17.38
17	2.4762	-2.4821	2.0029	2.5535	-2.2126	2.8506	-0.2076	0.1353	0.7034	0.2328	-0.167	-0.6089	-0.6402	0.729	0.3747	0.3073	-0.373	-0.0894	0.4657	0.072	0.3821	20.73	35.954	-31.416
18	2.5657	-1.9508	-1.2682	4.1161	-2.4787	6.4147	0.0773	0.1082	0.5651	-0.0665	-0.2235	-0.8733	-0.4488	0.9292	0.1461	0.1751	-0.3129	0.0065	0.5921	0.0656	0.3628	26.258	29.769	-34.684
19	7.8528	0.9426	-0.5474	2.4576	-1.3507	0.8376	0.3205	1.4217	0.6179	-0.5928	-0.8639	-0.2296	0.2911	0.6852	0.5435	0.6866	-0.1258	0.1341	1.39	0.5179	0.8473	22.437	37.579	-43.993
20	4.6636	-1.4633	2.6407	3.5593	-3.0954	3.3621	-0.0071	0.7839	0.0895	0.0675	-0.497	-0.7572	-0.3567	0.7988	0.5041	0.4931	-0.3747	0.0264	0.6025	0.166	0.3661	19.033	36.056	-39.967
21	7.6104	0.6309	-5.0741	20.0748	2.6521	3.8561	-0.4651	0.1624	-0.5799	-1.0069	0.2148	-0.7728	0.1638	-0.056	0.2504	0.3451	0.1027	0.0283	0.5325	-0.031	0.2185	4.098	-2.083	-38.001
22	1.3195	0.5528	0.3429	1.6496	-0.6049	2.1134	0.034	0.0352	-0.1438	-0.0953	-0.014	-0.0989	0.5138	0.2588	-0.0201	0.1781	0.0649	-0.0031	0.1015	-0.0164	0.0691	-8.281	-11.97	-19.708
23	4.9395	4.4187	3.8067	7.9975	7.3413	10.0834	-0.0011	0.1791	-0.3972	0.1206	0.1611	-0.3804	0.7102	0.8511	-0.1599	0.1791	0.1237	0.0322	0.1605	0.017	0.0658	-0.432	-10.33	-20.887
24	3.5936	1.8704	4.4176	6.0992	3.064	9.6361	0.1026	0.1257	-0.0975	-0.0301	-0.1613	0.0747	0.8345	0.3802	0.0587	0.1415	0.0553	0.0143	0.1108	-0.0052	0.0671	-5.426	-8.716	-24.93
25	4.9605	-0.5699	-2.9377	0.9507	-0.017	10.0985	-0.0287	0.0939	-0.1451	0.1439	0.0878	0.1321	0.5501	-0.3825	-0.0591	0.2048	-0.0312	-0.0369	0.0433	-0.0107	0.1076	-17.354	-15.969	-17.436
26	0.4261	0.5588	-0.859	1.7151	-1.3772	3.3953	0.0027	0.1034	-0.0374	-0.0493	0.123	0.1272	0.2547	-0.1956	-0.1258	0.1137	0.0053	-0.0251	0.0797	-0.0017	0.0861	-17.301	-7.665	-18.541
27	3.4089	-2.3452	-3.0991	6.3649	0.3199	13.8182	0.0272	0.3215	0.0291	-0.6734	-0.0676	-0.0909	0.1847	0.304	0.0404	0.2425	-0.094	-0.0076	0.3279	-0.035	0.1101	-11.548	-6.138	-37.215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	147 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	196 - 241
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	242 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	273 - 381
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	382 - 451
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	452 - 470
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	471 - 492
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	4 - 20
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	21 - 90
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	91 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	121 - 239
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	240 - 284
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	285 - 307
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	3 - 40
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	41 - 55
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	56 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	69 - 84
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	3 - 10
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	11 - 37
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	38 - 47
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	48 - 56
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	57 - 66
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	67 - 97
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	98 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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