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- PDB-3i63: Peroxide Bound Toluene 4-Monooxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i63
タイトルPeroxide Bound Toluene 4-Monooxygenase
要素(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxide / T4MOH / diiron hydroxylase / monooxygenase / Aromatic hydrocarbons catabolism / FAD / Flavoprotein / Iron
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROGEN PEROXIDE / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, effector component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Bailey, L.J. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2009
タイトル: Crystallographic and catalytic studies of the peroxide-shunt reaction in a diiron hydroxylase.
著者: Bailey, L.J. / Fox, B.G.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0128
ポリマ-117,8334
非ポリマー1804
11,061614
1
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,02516
ポリマ-235,6658
非ポリマー3598
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area33190 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area62500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.792, 116.929, 181.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-581-

HOH

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要素

-
Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein A


分子量: 58169.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
: KR1 / 遺伝子: tmoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E


分子量: 38433.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
: KR1 / 遺伝子: tmoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
: KR1 / 遺伝子: tmoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein D


分子量: 11629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
: KR1 / 遺伝子: tmoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 3種, 618分子

#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Fe
#6: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : H2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: .1 M Bis-Tris, 200 mM Ammonium Acetate, 24% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月11日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→49.4 Å / Num. all: 58358 / Num. obs: 58829 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→49.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.351 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20116 3143 5.1 %RANDOM
Rwork0.15639 ---
all0.15871 59303 --
obs0.15871 58829 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7994 0 6 614 8614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0218344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.92911351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.63851003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77124.045440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.822151390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8921557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0070.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0341.54951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68227996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.05433393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4474.53349
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 212 -
Rwork0.154 4013 -
obs--92.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57050.0534-0.1520.2023-0.19211.36560.01250.1323-0.036-0.00860.09210.0906-0.0569-0.203-0.10460.1095-0.006-0.01420.07330.02120.124-27.5118.181-22.255
210.58316.9359-7.71934.5664-5.10265.73180.6815-0.45790.4460.5392-0.38620.2754-0.71080.434-0.29540.464-0.165-0.0470.54120.05490.22385.4529.1772.461
31.1171-0.18130.1170.3946-0.56691.44090.0362-0.02190.03050.09340.00490.0327-0.30180.1535-0.04120.1528-0.04550.00330.0427-0.00730.0736-12.97714.97-15.191
40.88810.40640.23180.9299-0.0371.40440.0912-0.02240.02820.1912-0.0605-0.0648-0.29610.308-0.03080.2026-0.11240.00090.092-0.00050.0433-6.10821.92-17.732
50.8870.0740.27220.5395-0.20321.8941-0.0041-0.00030.01090.0047-0.0513-0.0014-0.12460.32550.05550.1023-0.02350.00180.0925-0.00460.0599-6.4425.926-17.321
66.02190.85211.97361.31170.17362.82130.02580.1587-0.0159-0.059-0.03990.0568-0.09690.11350.01420.0958-0.04520.0090.09-0.00130.0363-9.45113.671-35.665
70.63190.1681-0.27090.8896-0.29830.72690.0160.00550.0167-0.0011-0.1297-0.1645-0.05620.45530.11360.0565-0.0626-0.00640.37360.06080.0710.82411.217-25.076
80.7257-0.82770.16210.9715-0.14291.54910.02620.04870.16680.0207-0.0848-0.2056-0.40810.41910.05850.2242-0.2097-0.02120.20660.0430.10686.63927.912-32.358
93.42572.84180.06576.88190.13158.20570.0004-0.18110.21610.12710.0373-0.2653-0.32760.2692-0.03760.3734-0.2418-0.00570.1827-0.03410.13035.87239.947-19.438
102.4729-4.15350.82299.47361.61016.8087-0.8174-0.17960.58781.81340.3921-1.0532-0.99551.37120.42520.8149-0.4623-0.29240.65490.09920.254415.25923.121-8.528
1110.0221-0.66331.76335.4445-0.56170.69490.0107-0.62151.09620.6724-0.12320.0559-0.32450.07840.11250.5972-0.21940.03760.2363-0.08260.2839-5.17729.343.346
120.59730.0237-0.05250.4748-0.31861.39570.0594-0.04070.1460.17950.02710.0728-0.49980.1099-0.08660.2931-0.03340.03870.0181-0.01330.1025-19.04727.06-12.367
131.37210.48220.15230.8849-0.4153.1074-0.02160.0032-0.09320.12910.1760.24090.2138-0.752-0.15450.0969-0.05940.02420.22180.0770.1418-47.346-1.591-10.201
140.83770.3364-0.19950.8438-0.31381.40070.03080.1130.12550.06120.16440.2013-0.2257-0.4615-0.19510.10160.07810.01970.15880.08420.1134-39.52915.479-18.075
151.01120.6726-0.08051.7718-0.48291.57740.1903-0.11180.18920.38730.02070.2441-0.495-0.4008-0.21090.26820.14050.12660.14030.03530.1698-38.34822.901-5.888
167.64087.03-0.85959.97960.0762.14080.07270.06280.54340.16410.11950.7569-0.3033-0.5512-0.19230.13330.15750.0280.23840.1030.195-49.00625.595-17.38
172.4762-2.48212.00292.5535-2.21262.8506-0.20760.13530.70340.2328-0.167-0.6089-0.64020.7290.37470.3073-0.373-0.08940.46570.0720.382120.7335.954-31.416
182.5657-1.9508-1.26824.1161-2.47876.41470.07730.10820.5651-0.0665-0.2235-0.8733-0.44880.92920.14610.1751-0.31290.00650.59210.06560.362826.25829.769-34.684
197.85280.9426-0.54742.4576-1.35070.83760.32051.42170.6179-0.5928-0.8639-0.22960.29110.68520.54350.6866-0.12580.13411.390.51790.847322.43737.579-43.993
204.6636-1.46332.64073.5593-3.09543.3621-0.00710.78390.08950.0675-0.497-0.7572-0.35670.79880.50410.4931-0.37470.02640.60250.1660.366119.03336.056-39.967
217.61040.6309-5.074120.07482.65213.8561-0.46510.1624-0.5799-1.00690.2148-0.77280.1638-0.0560.25040.34510.10270.02830.5325-0.0310.21854.098-2.083-38.001
221.31950.55280.34291.6496-0.60492.11340.0340.0352-0.1438-0.0953-0.014-0.09890.51380.2588-0.02010.17810.0649-0.00310.1015-0.01640.0691-8.281-11.97-19.708
234.93954.41873.80677.99757.341310.0834-0.00110.1791-0.39720.12060.1611-0.38040.71020.8511-0.15990.17910.12370.03220.16050.0170.0658-0.432-10.33-20.887
243.59361.87044.41766.09923.0649.63610.10260.1257-0.0975-0.0301-0.16130.07470.83450.38020.05870.14150.05530.01430.1108-0.00520.0671-5.426-8.716-24.93
254.9605-0.5699-2.93770.9507-0.01710.0985-0.02870.0939-0.14510.14390.08780.13210.5501-0.3825-0.05910.2048-0.0312-0.03690.0433-0.01070.1076-17.354-15.969-17.436
260.42610.5588-0.8591.7151-1.37723.39530.00270.1034-0.0374-0.04930.1230.12720.2547-0.1956-0.12580.11370.0053-0.02510.0797-0.00170.0861-17.301-7.665-18.541
273.4089-2.3452-3.09916.36490.319913.81820.02720.32150.0291-0.6734-0.0676-0.09090.18470.3040.04040.2425-0.094-0.00760.3279-0.0350.1101-11.548-6.138-37.215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3A86 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4A147 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5A196 - 241
6X-RAY DIFFRACTION6A242 - 272
7X-RAY DIFFRACTION7A273 - 381
8X-RAY DIFFRACTION8A382 - 451
9X-RAY DIFFRACTION9A452 - 470
10X-RAY DIFFRACTION10A471 - 492
11X-RAY DIFFRACTION11B4 - 20
12X-RAY DIFFRACTION12B21 - 90
13X-RAY DIFFRACTION13B91 - 120
14X-RAY DIFFRACTION14B121 - 239
15X-RAY DIFFRACTION15B240 - 284
16X-RAY DIFFRACTION16B285 - 307
17X-RAY DIFFRACTION17C3 - 40
18X-RAY DIFFRACTION18C41 - 55
19X-RAY DIFFRACTION19C56 - 68
20X-RAY DIFFRACTION20C69 - 84
21X-RAY DIFFRACTION21E3 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22E11 - 37
23X-RAY DIFFRACTION23E38 - 47
24X-RAY DIFFRACTION24E48 - 56
25X-RAY DIFFRACTION25E57 - 66
26X-RAY DIFFRACTION26E67 - 97
27X-RAY DIFFRACTION27E98 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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