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Yorodumi- PDB-3q3m: Toluene 4 monooxygenase HD Complex with Inhibitor 4-Bromobenzoate -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q3m | ||||||
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Title | Toluene 4 monooxygenase HD Complex with Inhibitor 4-Bromobenzoate | ||||||
Components | (Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / aromatic hydrocarbon catabolism / iron / multi-component monooxygenase / aromatic hydroxylation / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas mendocina (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.748 Å | ||||||
Authors | Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Fox, B.G. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Crystallographic analysis of active site contributions to regiospecificity in the diiron enzyme toluene 4-monooxygenase. Authors: Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / McCoy, J.G. / Elsen, N.L. / Phillips, G.N. / Fox, B.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3q3m.cif.gz | 845.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3q3m.ent.gz | 693.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3q3m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3q3m_validation.pdf.gz | 493.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3q3m_full_validation.pdf.gz | 506.3 KB | Display | |
Data in XML | 3q3m_validation.xml.gz | 90.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3q3m_validation.cif.gz | 137.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/3q3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/3q3m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3q14C 3q2aC 3q3nC 3q3oC 3ri7C 3rmkC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4 types, 8 molecules ADBFCGEH
#1: Protein | Mass: 58169.344 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Strain: KR1 / Gene: Q00456, tmoA / Plasmid: p58kABE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 References: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of ...References: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor #2: Protein | Mass: 36176.645 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Strain: KR1 / Gene: Q00460, tmoE / Plasmid: p58kABE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 References: UniProt: Q00460, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor #3: Protein | Mass: 9600.989 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Strain: KR1 / Gene: Q00457, tmoB / Plasmid: p58kABE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 References: UniProt: Q00457, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor #4: Protein | Mass: 11629.032 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Strain: KR1 / Gene: Q00459, tmoD / Plasmid: pCDtet / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21(DE3) References: UniProt: Q00459, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
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-Non-polymers , 3 types, 2136 molecules
#5: Chemical | ChemComp-FE / #6: Chemical | ChemComp-Z82 / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 200 mM ammonium chloride, 50 mM bromobenzoate, 21% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 7, 2010 / Details: mirrors and beryllium lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.748→99 Å / Num. obs: 207654 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.156 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.748→34.087 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / Phase error: 16.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.952 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.18 Å2 / Biso mean: 17.4114 Å2 / Biso min: 3.07 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.748→34.087 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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