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万見
- PDB-2pzy: Structure of MK2 Complexed with Compound 76 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pzy
タイトルStructure of MK2 Complexed with Compound 76
要素MAP kinase-activated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / MK2 / Protein Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of macrophage cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / toll-like receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / inner ear development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of cellular response to heat / p38MAPK events / regulation of mRNA stability / response to cytokine / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / ciliary basal body / protein phosphorylation / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B18 / STAUROSPORINE / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者White, A. / Wu, J.P. / Wang, J. / Abeywardane, A. / Andersen, D. / Emmanuel, M. / Gautschi, E. / Goldberg, D.R. / Kashem, M.A. / Lukas, S. ...White, A. / Wu, J.P. / Wang, J. / Abeywardane, A. / Andersen, D. / Emmanuel, M. / Gautschi, E. / Goldberg, D.R. / Kashem, M.A. / Lukas, S. / Mao, W. / Martin, L. / Morwick, T. / Moss, N. / Pargellis, C. / Patel, U.R. / Patnaude, L. / Peet, G.W. / Skow, D. / Snow, R.J. / Ward, Y. / Werneburg, B.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: The discovery of carboline analogs as potent MAPKAP-K2 inhibitors
著者: Wu, J.-P. / Wang, J. / Abeywardane, A. / Andersen, D. / Emmanuel, M. / Gautschi, E. / Goldberg, D.R. / Kashem, M.A. / Lukas, S. / Mao, W. / Martin, L. / Morwick, T. / Moss, N. / Pargellis, C. ...著者: Wu, J.-P. / Wang, J. / Abeywardane, A. / Andersen, D. / Emmanuel, M. / Gautschi, E. / Goldberg, D.R. / Kashem, M.A. / Lukas, S. / Mao, W. / Martin, L. / Morwick, T. / Moss, N. / Pargellis, C. / Patel, U.R. / Patnaude, L. / Peet, G.W. / Skow, D. / Snow, R.J. / Ward, Y. / Werneburg, B. / White, A.
履歴
登録2007年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4337
ポリマ－150,0854
非ポリマー1,3483
水00
1
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9622
ポリマ－37,5211
非ポリマー4411
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9622
ポリマ－37,5211
非ポリマー4411
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9882
ポリマ－37,5211
非ポリマー4671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5211
ポリマ－37,5211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子

A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子

A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,29921
ポリマ－450,25612
非ポリマー4,0439
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area56530 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area141560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)159.610, 159.610, 134.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細biological unit is the monomer; there are four distinct biological units in the asym.

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要素

#1: タンパク質
MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2 / MK2


分子量: 37521.332 Da / 分子数: 4 / 断片: MAPK-Activated protein kinase 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-B18 / (4R)-N-[4-({[2-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]AMINO}CARBONYL)-1,3-THIAZOL-2-YL]-4-METHYL-1-OXO-2,3,4,9-TETRAHYDRO-1H-BETA-CARBOLINE-6-CARBOXAMIDE


分子量: 440.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N6O3S
#3: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.65 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 1.85 M AMMONIUM SULFATE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月8日 / 詳細: Osmics confocal blue optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→34.32 Å / Num. all: 42263 / Num. obs: 42263 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 8.2 / Scaling rejects: 960
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.68 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. measured all: 10846 / Num. unique all: 4042 / Χ2: 0.65 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→34.32 Å / FOM work R set: 0.74 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.313 2118 RANDOM
Rwork0.251 --
all-42263 -
obs-42263 -
原子変位パラメータBiso mean: 73.012 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9488 0 97 0 9585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 42

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.9-2.920.41470.369893940
2.92-2.950.378430.36934977
2.95-2.970.334630.352906969
2.97-30.36480.339916964
3-3.030.423410.341949990
3.03-3.050.401360.336946982
3.05-3.080.416470.33917964
3.08-3.110.364510.318922973
3.11-3.140.385420.336946988
3.14-3.180.398500.323942992
3.18-3.210.379540.319935989
3.21-3.240.357550.303913968
3.24-3.280.346350.314949984
3.28-3.320.437470.327950997
3.32-3.360.391390.2959851024
3.36-3.40.359490.287935984
3.4-3.450.291560.263931987
3.45-3.490.433580.2879741032
3.49-3.540.336480.2589881036
3.54-3.60.328540.241939993
3.6-3.650.319500.2349501000
3.65-3.710.336480.2399791027
3.71-3.780.297710.2039311002
3.78-3.850.321440.2439701014
3.85-3.920.304630.2269521015
3.92-40.296460.219901036
4-4.090.331530.2229651018
4.09-4.180.331500.2289811031
4.18-4.290.31400.2329781018
4.29-4.40.302540.2129641018
4.4-4.530.3600.1999861046
4.53-4.680.302450.2099701015
4.68-4.850.255490.1989811030
4.85-5.040.21510.1969751026
5.04-5.270.355570.2629721029
5.27-5.550.351580.279761034
5.55-5.90.376490.2889891038
5.9-6.350.353510.2689821033
6.35-6.990.271530.2399801033
6.99-80.27540.2319941048
8-10.080.265590.2189701029
10.08-500.010.213500.244940990

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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