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- PDB-6p50: Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p50
タイトルCrystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha Fab 4A10
要素
  • Interleukin-7 receptor subunit alpha
  • anti-IL-7R 4A10 Fab heavy chain
  • anti-IL-7R 4A10 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Interleukin-7 receptor extracellular dohmain / Antibody 4A10 Fab fragment / protein polymer
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-7 receptor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of T cell apoptotic process / cytokine receptor activity / regulation of cell size / B cell proliferation / T cell homeostasis ...interleukin-7 receptor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of T cell apoptotic process / cytokine receptor activity / regulation of cell size / B cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / hemopoiesis / lymph node development / Interleukin-7 signaling / antigen binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cell morphogenesis / T cell mediated cytotoxicity / cytokine-mediated signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / gene expression / T cell differentiation in thymus / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1870 / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins ...Immunoglobulin-like - #1870 / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-7 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Walsh, S.T.R. / Kashi, L. / Kohnhorst, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Leukemia / 年: 2020
タイトル: New anti-IL-7R alpha monoclonal antibodies show efficacy against T cell acute lymphoblastic leukemia in pre-clinical models.
著者: Hixon, J.A. / Andrews, C. / Kashi, L. / Kohnhorst, C.L. / Senkevitch, E. / Czarra, K. / Barata, J.T. / Li, W. / Schneider, J.P. / Walsh, S.T.R. / Durum, S.K.
履歴
登録2019年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Interleukin-7 receptor subunit alpha
H: anti-IL-7R 4A10 Fab heavy chain
L: anti-IL-7R 4A10 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8794
ポリマ－73,6573
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.113, 40.171, 105.097
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.477, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-7 receptor subunit alpha / IL-7RA / CDw127


分子量: 25691.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL7R
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Variant (発現宿主): Schneider S2 / 参照: UniProt: P16871
#2: 抗体 anti-IL-7R 4A10 Fab heavy chain


分子量: 24360.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 anti-IL-7R 4A10 Fab light chain


分子量: 23606.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→38.61 Å / Num. obs: 12886 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 56.77 Å2 / CC1/2: 0.969 / Rrim(I) all: 0.283 / Net I/σ(I): 3.63
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 1892 / CC1/2: 0.734 / Rrim(I) all: 1.14 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16rc1_3535精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DI3 for IL-7R chain and 6P4Y for 4A10

3di3

6p4y

4a10


解像度: 2.9→38.61 Å / SU ML: 0.4937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.0274
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3298 641 5 %RANDOM
Rwork0.2855 ---
obs0.2879 12872 96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3976 0 14 0 3990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00184084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50525560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.11162451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.120.41041180.38872257X-RAY DIFFRACTION89.69
3.12-3.440.39961270.36162377X-RAY DIFFRACTION95.83
3.44-3.940.40151260.33032447X-RAY DIFFRACTION96.73
3.94-4.960.3361330.25062500X-RAY DIFFRACTION98.54
4.96-38.610.2431370.23122604X-RAY DIFFRACTION99.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.511972693318-0.0505222060575-0.2100422139330.005081661738170.01992431842160.08871260578930.14563902406-0.5501287676370.4066762414520.1003133376930.188215154750.05540844107860.2536327850040.2739038553550.007475351516641.21350360687-0.0142465121513-0.2162933274430.396207175138-0.06381702850450.5620636468451.50112727668-24.3213203819108.695015698
20.1298566789020.0716473079156-0.01851345895950.0540816262926-0.1135970979231.64478270378-0.203302932169-0.193719470070.0579623877107-0.152622576716-0.0416556974496-0.0213694584908-0.223312827016-0.0840013508601-1.843651500141.42166692593-0.0691840220355-0.7233752121350.490791347847-0.04914566910380.412688243933-5.91998608503-24.5132380669106.48736285
30.0644821489937-0.0659721183147-0.04854358786150.04768999046570.05238585393990.0414150260011-0.1530253334790.153815373834-0.434162219740.0989028302369-0.559645390335-0.4130475217610.0428609557968-0.0890650683557-0.002559129530560.878136838108-0.136916678454-0.05270645454380.5583342272360.01824382950210.6130617796664.54414568595-25.8451034744101.07474407
40.133837410758-0.0211995874458-0.036001030120.0400789551215-0.02559232393510.05380324584710.211085951042-0.37246702081-0.122208388026-0.1269804570560.006482026936760.305312212763-0.331235086811-0.1770808073770.0001447775154871.33981565387-0.0520248952733-0.2941656662030.6319321973360.04150229505770.831248678182-27.4316227989-58.6559742698161.206531156
50.349918238927-0.1353884852050.6397217670630.317019915355-0.07365304599711.283675193240.222790198569-0.0216606371728-0.2431149385090.1761695539740.275791051027-0.02230652021620.03076369761240.2010800138510.5537103106741.4795801249-0.00148876416377-0.5166831383950.265026106104-0.2463176497350.631263046083-23.3540003487-61.6198526144164.440348741
60.191855238995-0.00172734725506-0.08093579762810.01284624180390.07675365210691.040756811090.183893668523-0.16036017745-0.109697573513-0.1215254111770.2684504781620.0423070922995-0.294755760513-0.3227196855860.3587407742251.590592012360.108973082149-0.4198883798750.6006768130530.1770758694130.267148173145-26.7019003304-52.9399646362158.557461385
70.3854221941810.183703060059-0.2128534567160.0944482929358-0.1048404545810.1125671383490.08021566945070.144795845730.09265292060960.150133748644-0.04888364302520.255230850091-0.195639174417-0.3859581330962.31053738319E-50.864311634599-0.041498976772-0.2257959984920.612310652132-0.140689512480.200284215903-28.226686581-39.8251100395126.801247214
80.7368529391760.2855281020640.1565703530250.431093440316-0.1971101771660.3262370751440.0549826216380.072392309422-0.166917348192-0.1769971726290.0841839596183-0.05438755614540.070844449085-0.2237809425230.5637640246920.210178512708-0.1590796160640.1640421132270.237104821310.1183881709490.139539799908-25.7784936975-46.5643474853135.220373514
90.019980445992-0.0754256827207-0.0744104010130.2990247250490.2966987670540.2968372922190.006064172183810.0703221072430.0746521579047-0.1075805101410.174015488635-0.114959136835-0.09620331184380.113401623270.8364200183760.177547284519-0.1593826173830.2248678299770.442601487690.08788216310040.319834841729-19.4546691782-39.1619665053138.711759489
100.981464009784-0.0754171040746-0.7049091802240.363489146490.4754636987481.00422178847-0.05377648250510.0991082660265-0.2614529221390.104634973231-0.2821387657590.1800192262950.204312312979-0.266518589018-0.3090456460211.20481201117-0.0696768331627-0.3961391449460.247676835138-0.08343379710790.588308837972-27.1707626321-38.8284756134145.036377334
110.0462409597654-0.145676069161-0.03497827188120.444029481902-0.2945685152830.638326867850.0722911977103-0.142738069219-0.0358807959284-0.09743967474670.2862047332510.391088928146-0.0290857432662-0.6242737901210.04853411666311.20902456718-0.0352128594521-0.3529427174830.4037898198860.06203669980020.43014305165-25.0014486632-40.8290516122133.911341456
120.7850720895860.231463178850.1662639083911.82007393670.2114184486160.06081767244540.07471597581710.313421266853-0.0487656984151-0.3269785973860.00210930489034-0.260325013359-0.116243723463-0.04839800462180.3048504397631.26288392058-0.0314260465753-0.3310292126760.2527686068330.1739296391230.374584071823-15.6838767392-33.777439967103.17775495
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 137 through 154 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 155 through 195 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 196 through 211 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 17 through 61 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 62 through 75 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 76 through 109 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 1 through 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 18 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 41 through 52 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 53 through 69 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 70 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 128 through 166 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 167 through 202 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 203 through 211 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 212 through 223 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 1 through 48 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 49 through 75 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 76 through 101 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 102 through 136 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る