PDB-4a10: Apo-structure of 2-octenoyl-CoA carboxylase reductase CinF from s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a10

タイトル

Apo-structure of 2-octenoyl-CoA carboxylase reductase CinF from streptomyces sp.

要素

OCTENOYL-COA REDUCTASE/CARBOXYLASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CCR / PKS BUILDING BLOCKS / ROSSMANN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

crotonyl-CoA reductase activity / nucleotide binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES SP. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Quade, N. / Huo, L. / Rachid, S. / Heinz, D.W. / Muller, R.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Unusual Carbon Fixation Giving Rise to Diverse Polyketide Extender Units
著者: Quade, N. / Huo, L. / Rachid, S. / Heinz, D.W. / Muller, R.

履歴

登録	2011年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Other
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a10.cif.gz	640.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a10.ent.gz	529.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a0sC 3krtS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6na5-d 6na6-d 6na3-d 6na4-d 3krt-d 4a0s-d 6owe-d 3hzz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OCTENOYL-COA REDUCTASE/CARBOXYLASE

B: OCTENOYL-COA REDUCTASE/CARBOXYLASE

C: OCTENOYL-COA REDUCTASE/CARBOXYLASE

D: OCTENOYL-COA REDUCTASE/CARBOXYLASE

192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.640, 85.220, 113.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	OCTENOYL-COA REDUCTASE/CARBOXYLASE / CINF 分子量: 48030.520 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-448 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STREPTOMYCES SP. (バクテリア) / 株: JS360 / プラスミド: PSTW42 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F0V3Z3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.1M TRIS PH7, 20% GLYCEROL, 12% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月8日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.48 Å / Num. obs: 107076 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.78
反射シェル	解像度: 2.1→2.25 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KRT

3krt

解像度: 2.25→48.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 15.311 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26867	4361	5 %	RANDOM
R_work	0.20943	-	-	-
obs	0.2124	82859	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.906 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	0 Å²	-0.7 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12537	0	0	1515	14052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	12787
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.954	17377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.994	5	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.855	23.352	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.858	15	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.313	15	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.367	1.5	8338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.733	2	13286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.438	3	4449
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.526	4.5	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	317	-
R_work	0.254	6038	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7791	-0.1234	-0.0823	1.1309	0.0331	0.9488	0.0156	-0.0871	-0.0697	0.1481	0.0424	-0.038	0.1368	-0.0002	-0.058	0.1614	-0.0235	0.0187	0.1261	0.0186	0.1387	-3.975	-21.993	43.895
2	0.658	0.143	-0.0924	0.1835	-0.1903	0.4136	0.0317	0.0126	-0.0216	-0.0258	-0.0035	0.0069	0.0782	0.0131	-0.0281	0.1559	-0.003	0.0254	0.1245	-0.0136	0.1452	4.287	-15.407	28.496
3	2.1347	-0.198	0.305	1.2782	0.2994	3.5245	0.0393	-0.0494	-0.2248	0.056	0.0155	-0.1236	0.4884	0.3206	-0.0547	0.1261	0.073	0.0196	0.0945	-0.0114	0.1646	27.068	-24.711	22.491
4	1.5584	0.3699	0.3039	1.1647	0.0382	1.1088	-0.0525	0.1034	-0.1257	0.0323	0.03	-0.1871	0.0768	0.2001	0.0225	0.1851	0.0084	0.039	0.1701	-0.0229	0.2083	16.832	-12.531	26.013
5	0.9668	-0.1852	-0.043	1.4531	-0.6389	1.6493	-0.0085	0.1409	-0.1531	-0.1013	0.0245	-0.0028	0.2548	0.0359	-0.0161	0.2047	-0.0444	0.0164	0.1132	-0.0354	0.189	-2.53	-29.332	23.925
6	0.9632	0.1923	0.2141	1.3853	-0.2373	0.8661	-0.0732	0.0151	0.1277	-0.05	0.0078	0.1576	-0.0535	-0.0716	0.0655	0.1264	0.03	0.0168	0.1302	-0.0284	0.1796	-6.18	20.365	40.622
7	1.1103	-1.3436	-0.2853	2.6521	1.0412	0.5543	0.0305	0.0561	-0.1352	-0.1563	-0.0977	0.1618	-0.0685	-0.0408	0.0672	0.1209	-0.0087	0.033	0.1156	-0.0222	0.1692	-0.252	10.123	33.005
8	0.8774	-0.039	-0.44	0.2001	0.0202	0.7399	-0.0099	0.0433	0.1208	0.0022	-0.0032	-0.0514	-0.1256	0.0534	0.0131	0.1308	-0.0153	0.0104	0.1104	0.0138	0.1836	17.167	19.846	36.491
9	1.7199	0.3613	0.035	2.132	0.2355	1.7073	-0.0562	0.3135	0.3215	-0.197	0.0279	0.038	-0.3109	-0.0178	0.0283	0.1267	-0.0186	0.0095	0.1095	0.0772	0.1711	25.085	25.313	19.85
10	0.7061	-0.1592	0.0666	0.7996	0.0798	0.5348	-0.0412	0.0009	0.1418	-0.0187	0.036	-0.0645	-0.0689	0.068	0.0052	0.1392	-0.0179	0.0088	0.1221	-0.0053	0.1953	14.01	23.271	38.914
11	1.7758	-1.4911	0.5167	2.6854	-0.3014	1.0929	0.0764	0.3117	0.0715	-0.1873	-0.162	-0.1312	0.0595	0.4168	0.0856	0.067	0.0363	0.0435	0.3283	0.1018	0.0601	38.839	5.654	-16.482
12	1.0859	-0.4131	0.7599	0.8674	-0.1338	1.2103	-0.0572	0.2083	0.1875	0.0353	-0.109	-0.0217	-0.1049	0.2612	0.1663	0.0549	0.008	0.036	0.2478	0.089	0.0942	39.322	7.099	-5.128
13	0.7126	0.0895	0.0082	0.5581	-0.0789	0.6638	0.0283	0.1518	0.0337	-0.0701	-0.0798	0.0019	0.0263	0.0843	0.0515	0.1181	0.0493	0.0249	0.207	0.0231	0.1281	25.634	-1.225	1.475
14	1.4338	-0.0252	0.4957	2.2259	0.6398	2.0067	-0.0064	0.0812	0.2196	-0.229	-0.0638	0.3	-0.234	-0.1997	0.0701	0.0745	0.0285	0.003	0.1489	0.0083	0.1514	4.332	7.642	7.93
15	0.4855	0.0354	0.2153	0.6359	-0.0002	0.6199	0.0161	0.1801	-0.0261	-0.1203	-0.0646	0.0681	0.1364	0.0771	0.0485	0.1279	0.0458	0.0208	0.2202	-0.0137	0.1052	23.024	-5.564	-7.535
16	1.6147	0.4504	-1.2942	5.5419	-2.1726	3.0347	0.1267	-0.0675	0.3008	-0.1407	-0.2896	-0.27	-0.2136	0.8411	0.1628	0.0398	-0.0798	-0.0086	0.3675	0.14	0.164	68.396	7.096	19.566
17	0.5834	-0.3361	0.5201	0.8252	-0.4021	1.3625	0.0724	0.0976	-0.0234	0.0031	-0.0369	-0.0167	0.2569	0.121	-0.0355	0.1034	0.0284	0.0191	0.1962	0.0379	0.1314	57.949	-11.382	26.118
18	0.9037	-0.2955	-0.1153	0.402	0.0201	0.5342	0.0001	0.054	0.0609	0.0534	-0.0567	-0.0596	0.0221	0.0713	0.0567	0.1094	-0.0087	0.0149	0.1586	0.0359	0.1474	44.471	1.771	29.185
19	1.0088	0.0981	-0.3125	0.9677	0.2332	0.8114	-0.0383	-0.1631	-0.1535	0.2522	-0.0482	-0.0413	0.1505	-0.0554	0.0864	0.1493	0.002	0.0165	0.1491	0.0387	0.1395	31.514	-3.988	41.657
20	1.2031	-0.1205	0.1185	1.3226	0.3999	0.5297	0.0134	-0.0599	0.2448	0.1378	-0.1068	-0.0933	-0.0415	0.0989	0.0934	0.1121	-0.006	-0.0132	0.1839	0.0196	0.1613	55.621	6.23	40.083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	118 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	265 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	347 - 380
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	381 - 445
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 139
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	140 - 174
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	175 - 263
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	264 - 337
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	346 - 444
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 58
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	59 - 130
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	131 - 263
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	264 - 355
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	356 - 444
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 28
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	29 - 121
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	122 - 263
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	264 - 380
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	381 - 444

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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