[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3hzz: 2.4 Angstrom Crystal Structure of Streptomyces collinus crotonyl ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hzz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | 2.4 Angstrom Crystal Structure of Streptomyces collinus crotonyl CoA carboxylase/reductase | ||||||
![]() | Crotonyl CoA reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Reductase / Carboxylase / alcohol dehydrogenase / biocatalysis / enoyl reductase / glyoxolate cycle / acetyl CoA assimilation / methylotrophy / serine cycle / polyketide | ||||||
Function / homology | ![]() crotonyl-CoA reductase / crotonyl-CoA reductase activity / NADP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scarsdale, J.N. / Musayev, F.N. / Wright, H.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of Streptomycs collinus crotonyl COA carboxylase/reductase Authors: Scarsdale, J.N. / Musayev, F.N. / Hazzard, C. / Florova, G. / Reynolds, K. / Wright, H.T. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2009 Title: Carboxylation mechanism and stereochemistry of crotonyl-CoA carboxylase/reductase, a carboxylating enoyl-thioester reductase Authors: Erb, T.J. / Brecht, V. / Fuchs, G. / Muller, M. / Alber, B.E. #2: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2007 Title: Synthesis of C5-dicarboxylic acids from C2-units involving crotonyl-CoA carboxylase/reductase: The ethylmalonyl-CoA pathway Authors: Erb, T.J. / Berg, I.A. / Brecht, V. / Muller, M. / Fuchs, G. / Alber, B.E. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 676.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 562.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | Author-defined biological assembly is based on the fact that the dimer interface for dimers (A+B) as well as (C+D) is in a beta sheet. Size-exclusion chromatography indicates protein runs as a dimer |
-
Components
#1: Protein | Mass: 51597.969 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.39 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion with microseeding / pH: 6.2 Details: 0.1M MES, 2.0M Ammonium Sulfate, 3% PEG 200, pH 6.2, vapor diffusion with microseeding, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 13, 2008 / Details: Rigaku Varimax confocal optics |
Radiation | Monochromator: Rigaku Varimax Confocal optics / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→17.97 Å / Num. all: 82617 / Num. obs: 78199 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 11.26 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 15.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 11.08 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique all: 8154 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 92.5 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Isotropic thermal model: TLS with individual residual isotropic B factors Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.275 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.779 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→17.97 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|