PDB-6na6: Serial Femtosecond X-ray Crystallography Structure of ECR in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6na6

タイトル

Serial Femtosecond X-ray Crystallography Structure of ECR in complex with NADPH

要素

Putative crotonyl-CoA reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / C-cycling / ECR / NADPH / SFX Ambient temperature

機能・相同性

機能・相同性情報

crotonyl-CoA reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Kitasatospora setae (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

DeMirci, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Intersubunit Coupling Enables Fast CO2-Fixation by Reductive Carboxylases
著者: DeMirci, H. / Rao, Y. / Stoffel, G.M. / Vogeli, B. / Schell, K. / Gomez, A. / Batyuk, A. / Gati, C. / Sierra, R.G. / Hunter, M.S. / Dao, E.H. / Ciftci, H.I. / Hayes, B. / Poitevin, F. / Li, P. ...

履歴

登録	2018年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月29日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2022年5月11日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6na6.cif.gz	689.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6na6.ent.gz	569.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6na6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/6na6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/6na6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6na3C 6na4C 6na5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6owe-d 6na4-d 6na3-d 3hzz-d 6na5-d 4a10-d 3krt-d 6ezz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative crotonyl-CoA reductase

B: Putative crotonyl-CoA reductase

D: Putative crotonyl-CoA reductase

C: Putative crotonyl-CoA reductase

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.760, 78.050, 138.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.760, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative crotonyl-CoA reductase 分子量: 48823.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kitasatospora setae (strain ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054) (バクテリア) 株: ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054 遺伝子: ccr1, KSE_56510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4N096
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: batch mode / 詳細: MIDAS screen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→131 Å / Num. obs: 131589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 43.93 % / Net I/σ(I): 6.65
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.1→31.817 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3334	3074	1.22 %
R_work	0.2742	-	-
obs	0.275	251104	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.93 Å² / B_iso mean: 36.0315 Å² / B_iso min: 3.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→31.817 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13748	0	192	587	14527
B_iso mean	-	-	41.62	37.11	-
残基数	-	-	-	-	1777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2	19492
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	2096
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2528
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.181	5160

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1328	0.4844	117	0.4277	9927	10044	87
2.1328-2.1678	0.3978	134	0.4085	10672	10806	92
2.1678-2.2052	0.4145	138	0.3908	10928	11066	96
2.2052-2.2452	0.3887	137	0.3713	11250	11387	98
2.2452-2.2884	0.4035	144	0.3602	11389	11533	99
2.2884-2.3351	0.3846	141	0.3546	11336	11477	100
2.3351-2.3859	0.4054	143	0.3443	11392	11535	100
2.3859-2.4414	0.3559	143	0.3394	11464	11607	100
2.4414-2.5024	0.3914	141	0.322	11390	11531	100
2.5024-2.57	0.3711	142	0.3098	11385	11527	100
2.57-2.6456	0.3542	141	0.3015	11424	11565	100
2.6456-2.731	0.3242	141	0.289	11464	11605	100
2.731-2.8285	0.3565	140	0.2808	11417	11557	100
2.8285-2.9417	0.3668	145	0.2697	11420	11565	100
2.9417-3.0755	0.3102	141	0.2642	11398	11539	100
3.0755-3.2374	0.316	139	0.2441	11417	11556	100
3.2374-3.4401	0.3167	142	0.2391	11435	11577	100
3.4401-3.7053	0.3127	141	0.2328	11414	11555	100
3.7053-4.0775	0.3227	146	0.2283	11455	11601	100
4.0775-4.6659	0.2821	142	0.2246	11393	11535	100
4.6659-5.8725	0.3084	142	0.2357	11389	11531	100
5.8725-31.8202	0.272	134	0.2375	11271	11405	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.007	0.0009	-0.0134	0.0183	-0.0145	0.0185	0.0019	-0.0541	-0.0167	0.0221	0.0425	-0.037	-0.0146	-0.0138	0	0.2733	0.0475	0.0583	0.3541	0.0167	0.3123	-19.1466	13.5783	42.4305
2	0.0864	-0.007	0.0358	0.0581	0.0286	0.0951	-0.085	-0.0973	0.0263	0.0517	-0.0085	0.0305	-0.0373	-0.0437	-0.1644	0.0844	0.0091	-0.0408	0.0936	0.0311	0.1012	-0.9733	12.3841	35.261
3	0.0068	0.0102	0.0017	0.0567	0.018	0.0203	0.0154	0.0047	0.0098	-0.0752	0.0235	-0.0018	-0.0304	0.0234	0.0659	0.0115	0.0165	-0.1192	-0.0124	0.1047	-0.0743	6.2768	10.6064	12.7773
4	0.0282	0.0212	-0.0059	0.0203	-0.009	0.0839	0.0502	-0.1005	0.0611	-0.0011	0.0793	-0.0015	0.029	-0.0059	0.0493	0.1913	0.0483	0.0182	0.109	-0.0046	0.1967	-5.1934	24.0381	35.4591
5	0.005	0.0145	0.0012	0.0285	0.0101	0.0084	-0.0159	0.0811	-0.0258	0.0044	0.0492	-0.0788	0.0565	-0.0072	-0	0.2035	0.0063	0.0076	0.2947	0.0041	0.3099	52.4939	14.4867	22.7316
6	0.0703	0.0508	-0.0549	0.0373	-0.023	0.0376	0.042	0.0349	-0.0105	0.0058	0.0104	-0.0048	-0.0115	-0.005	0.0092	0.115	0.0023	-0.0322	0.1275	0.0068	0.1172	32.7845	15.8635	37.9475
7	0.0071	0.0079	-0.0144	0.0085	-0.0039	0.0173	0.0095	-0.002	0.1569	0.0951	0.098	-0.0208	-0.0097	-0.1796	0	0.4443	0.0058	0.0655	0.3507	0.0434	0.4424	2.0418	-11.3323	63.8508
8	0.0577	-0.0414	-0.0583	0.13	-0.0041	0.1247	-0.0492	0.0147	-0.0323	0.0846	0.0192	-0.023	0.0609	-0.0588	-0.0445	0.0976	-0.007	0.0099	0.0787	0.0143	0.0714	20.4105	-17.9972	50.2345
9	0.0051	0.0066	-0.0101	0.0142	-0.0324	0.0274	-0.0325	0.0049	0.054	-0.0993	0.0883	-0.0455	0.0041	0.0234	0	0.2609	-0.0015	0.0377	0.2795	-0.0096	0.1766	32.0536	-14.4023	-0.8183
10	0.0777	0.0329	0.0384	0.0292	-0.024	0.1021	0.0327	0.0454	0.0154	-0.0501	-0.0009	0.0011	-0.0275	0.107	0.04	0.1047	0.0002	-0.0104	0.0848	-0.0296	0.0945	27.1175	-13.4624	16.2358
11	0.0043	0.0056	0.0019	0.0099	0.011	0.0102	-0.0548	-0.0281	-0.0097	-0.0277	-0.0263	0.0592	0.0757	0.0831	-0	0.2258	-0.0181	0.0282	0.217	0.0113	0.2821	-0.03	-21.4418	16.865
12	0.0037	0.006	-0.0023	0.0316	-0.0163	0.0293	-0.0125	0.0267	-0.0539	-0.1507	0.041	0.065	0.0122	0.0732	0.0022	0.1175	-0.0097	-0.018	0.11	0.0052	0.115	12.2019	-13.6153	16.9142
13	0.013	0.0007	0.0059	0.0263	-0.0418	0.0678	0.0251	-0.0195	-0.0128	-0.0042	0.0599	0.0207	-0.0004	0.0356	0.0259	0.2111	0.0527	0.1028	0.206	-0.0261	0.2126	26.4566	-31.5377	13.1689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 139 )	A	-1 - 139
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 258 )	A	140 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 259 through 363 )	A	259 - 363
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 364 through 443 )	A	364 - 443
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 139 )	B	-1 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 140 through 443 )	B	140 - 443
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid -1 through 171 )	D	-1 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 172 through 443 )	D	172 - 443
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid -1 through 128 )	C	-1 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 129 through 247 )	C	129 - 247
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 248 through 306 )	C	248 - 306
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 307 through 405 )	C	307 - 405
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 406 through 443 )	C	406 - 443

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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